PDB-9lrh: Killer immunoglobulin receptor KIR2DL2 in complex with KIR2DL2_KI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lrh

タイトル

Killer immunoglobulin receptor KIR2DL2 in complex with KIR2DL2_KIR2DL2/3 agonist 61-scFv

要素

KIR2DL2_KIR2DL2/3 agonist 61 scFV
Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / KIR / NATURAL KILLER RECEPTOR / INHIBITORY RECEPTOR / 2DL2 / IMMUNOGLOBULIN

機能・相同性

機能・相同性情報

immune response-regulating signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Nishikawa, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: Selective agonists of KIR and NKG2A to evade missing self response of natural killer cells.
著者: Hiura, S. / Kuwasaki, Y. / Nishikawa, Y. / Kimura, T. / Yoshida, S. / Nakayama, M. / Makino, T. / Ueno, S.

履歴

登録	2025年1月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lrh.cif.gz	190 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lrh.ent.gz	148.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lrh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9lrh_validation.pdf.gz	896.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9lrh_full_validation.pdf.gz	900.4 KB	表示
XML形式データ	9lrh_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	9lrh_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/9lrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/9lrh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lraC 9lrfC 2dl2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2) #132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (2) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
#132 - 2010年12月
アデノウイルス (Adenovirus)
類似性 (2)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (2)

登録構造単位

K: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2

H: KIR2DL2_KIR2DL2/3 agonist 61 scFV

L: KIR2DL2_KIR2DL2/3 agonist 61 scFV

ヘテロ分子

76.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.855, 98.855, 403.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質

Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 / CD158 antigen-like family member B1 / Natural killer-associated transcript 6 / NKAT-6 / p58 natural ...

分子量: 23234.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR2DL2, CD158B1, NKAT6 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43627

#2: 抗体

KIR2DL2_KIR2DL2/3 agonist 61 scFV

分子量: 26362.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 100mM BIS-TRIS propane pH7.0, 29% Tacsimate pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→49.43 Å / Num. obs: 14337 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.209 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.217 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 193259
反射シェル	解像度: 3.4→3.67 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 3.364 / Num. measured all: 40580 / Num. unique obs: 2882 / CC_1/2: 0.589 / R_pim(I) all: 0.92 / R_rim(I) all: 3.489 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DL2

2dl2

解像度: 3.4→44.38 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2527	706	4.94 %
R_work	0.2267	-	-
obs	0.228	14289	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→44.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3241	0	28	5	3274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.522
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.798	1202
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4-3.66	0.4263	114	0.3809	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
3.66-4.03	0.3454	138	0.29	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.61	0.2474	160	0.1954	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.61-5.81	0.2183	144	0.2019	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
5.81-44.38	0.2377	150	0.2177	2863	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6687	-2.2724	-4.8228	6.2463	1.6549	7.642	-0.9119	0.9638	0.7537	0.3454	0.4812	2.3078	1.1695	-1.475	0.3459	1.0635	0.0571	0.052	1.4167	0.2991	1.8917	13.0292	29.1184	37.273
2	1.6466	0.2207	0.2489	5.2535	5.7095	6.1357	-1.4369	0.6705	-0.0337	0.9567	0.288	2.4607	0.1574	-1.4585	1.4773	0.7816	0.0345	-0.0234	1.4916	0.2775	1.5082	13.3861	40.7193	36.2915
3	3.4105	-3.8692	1.1727	9.2657	-2.1595	3.4971	-0.0547	0.0806	-0.0083	0.3357	0.1951	0.6781	-0.1344	-0.3285	-0.1899	1.016	-0.0239	-0.0896	1.2269	0.1013	1.2465	16.2255	32.3298	37.3344
4	5.2726	3.118	-1.262	7.0806	-2.9001	7.3741	-0.1193	0.0886	0.542	0.1464	0.2023	0.1111	0.5875	-0.2041	0.0463	1.143	0.0022	-0.0351	1.2354	-0.0576	1.2086	28.7357	11.2197	46.3502
5	6.0968	1.6806	-0.36	6.6264	-3.3268	4.4174	-0.5116	0.2906	1.4104	-0.4851	0.5719	0.4222	0.3731	0.5044	-0.2447	1.3732	0.1245	-0.0617	1.1901	-0.2173	1.222	26.8694	14.9262	40.7153
6	2.7158	2.1502	-3.8543	7.0263	-0.3671	6.7913	0.7736	-0.4746	1.7064	1.1503	-0.0295	1.1336	-0.7413	-0.3715	-1.1537	1.365	-0.0209	0.05	1.1085	0.0795	1.3465	32.8018	61.5655	27.9732
7	4.7171	3.1726	-0.7054	6.4853	-2.2291	4.4125	0.4904	-0.0188	0.2126	0.2474	-0.0173	0.1327	-0.3617	0.0132	-0.416	0.9671	0.0568	0.1486	1.2053	-0.0649	1.2649	31.4075	51.479	28.3112
8	6.321	2.2924	3.7709	3.4027	-1.1555	9.3435	2.9189	-1.2536	2.634	4.2709	1.3657	-1.1514	-0.7019	2.0628	-2.2768	2.2371	-0.1301	0.137	1.6964	-0.3196	1.8452	39.6687	30.7549	27.2828
9	5.9832	-1.3572	-1.1502	2.7843	1.9392	2.7944	0.0106	0.6133	-0.3005	-1.0183	0.3003	0.1091	0.3003	-0.1964	-0.2647	1.144	-0.0579	-0.0683	1.1087	0.0239	0.999	31.7628	42.6217	8.9606

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'K' and (resid 25 through 51 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'K' and (resid 52 through 73 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'K' and (resid 74 through 134 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'K' and (resid 135 through 201 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'K' and (resid 202 through 223 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 1 through 25 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 26 through 123 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid -7 through 3 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 4 through 108 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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