PDB-9lrf: Killer immunoglobulin receptor KIR2DL2 in complex with KIR2DL2_KI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lrf

タイトル

Killer immunoglobulin receptor KIR2DL2 in complex with KIR2DL2_KIR2DL2/3 agonist 61-Fab

要素

KIR2DL2_KIR2DL2/3 agonist 61 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
KIR2DL2_KIR2DL2/3 agonist 61 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / KIR / NATURAL KILLER RECEPTOR / INHIBITORY RECEPTOR / 2DL2 / IMMUNOGLOBULIN

機能・相同性

機能・相同性情報

immune response-regulating signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Nishikawa, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: Selective agonists of KIR and NKG2A to evade missing self response of natural killer cells.
著者: Hiura, S. / Kuwasaki, Y. / Nishikawa, Y. / Kimura, T. / Yoshida, S. / Nakayama, M. / Makino, T. / Ueno, S.

履歴

登録	2025年1月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lrf.cif.gz	253.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lrf.ent.gz	202.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lrf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9lrf_validation.pdf.gz	946.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9lrf_full_validation.pdf.gz	954.9 KB	表示
XML形式データ	9lrf_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	9lrf_validation.cif.gz	33.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/9lrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/9lrf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lraC 9lrhC 2dl2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2) #132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (2) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
#132 - 2010年12月
アデノウイルス (Adenovirus)
類似性 (2)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (2)

登録構造単位

K: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2

H: KIR2DL2_KIR2DL2/3 agonist 61 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

L: KIR2DL2_KIR2DL2/3 agonist 61 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

70.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.109, 79.244, 64.364
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 / CD158 antigen-like family member B1 / Natural killer-associated transcript 6 / NKAT-6 / p58 natural ...

分子量: 23234.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR2DL2, CD158B1, NKAT6 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43627

#2: 抗体

KIR2DL2_KIR2DL2/3 agonist 61 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

分子量: 24105.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 抗体

KIR2DL2_KIR2DL2/3 agonist 61 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

分子量: 23024.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 100mM imidazole-HCl pH7.5, 200mM Calcium acetate, 10% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.33 Å / Num. obs: 29367 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 0.79 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 99820
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 1.085 / Num. measured all: 11977 / Num. unique obs: 3339 / CC_1/2: 0.551 / R_pim(I) all: 0.662 / R_rim(I) all: 1.273 / Χ²: 0.53 / Net I/σ(I) obs: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DL2

2dl2

解像度: 2.5→38.08 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2742	1454	4.95 %
R_work	0.2338	-	-
obs	0.2358	29353	98.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4632	0	28	14	4674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.524	6510
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.64	1662
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	738
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	836

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.59	0.3948	137	0.3841	2805	X-RAY DIFFRACTION	99
2.59-2.69	0.4141	141	0.348	2810	X-RAY DIFFRACTION	99
2.69-2.82	0.337	143	0.3321	2772	X-RAY DIFFRACTION	99
2.82-2.96	0.3737	136	0.3298	2799	X-RAY DIFFRACTION	99
2.96-3.15	0.3871	137	0.3018	2808	X-RAY DIFFRACTION	99
3.15-3.39	0.3454	165	0.2806	2782	X-RAY DIFFRACTION	99
3.39-3.73	0.2862	142	0.2619	2752	X-RAY DIFFRACTION	98
3.73-4.27	0.255	146	0.2114	2781	X-RAY DIFFRACTION	98
4.27-5.38	0.1989	160	0.1702	2747	X-RAY DIFFRACTION	97
5.38-38.08	0.2535	147	0.2068	2843	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3151	0.8345	0.038	3.3535	-1.3942	1.7094	0.0212	0.0784	1.0421	-0.0163	-0.3232	-0.4912	-0.4993	0.0902	0.0581	0.7376	0.0438	0.092	0.5654	0.0349	1.1463	49.8206	54.3333	-3.8523
2	1.046	-0.3684	-0.3814	0.4296	0.3407	2.8311	0.279	0.2995	1.2528	-0.4446	0.0464	-0.6684	-0.3115	0.5036	0.0682	0.6845	0.0933	0.1035	0.7061	0.1665	1.326	51.6178	53.6665	-5.0903
3	1.5039	-2.097	-2.675	9.2505	1.197	5.7517	0.5033	0.947	2.2713	0.7352	-0.0411	-1.7351	0.1065	1.5323	0.1643	0.8215	0.0046	0.0251	0.9127	-0.1129	1.3009	53.4855	60.3324	5.623
4	3.398	0.9678	1.4544	1.4953	-0.4557	1.1623	-0.031	-0.017	0.2135	-0.8016	-0.0895	-0.2264	0.2131	-0.2019	-0.1081	0.8876	0.0746	-0.1403	0.8243	-0.0099	0.7649	27.3567	42.4246	-16.0651
5	2.3508	-1.0757	0.3329	1.5836	-1.5997	3.5289	0.0483	0.5943	-0.7789	-1.3245	-1.128	0.1198	-0.1222	-0.497	-0.1149	0.8862	-0.0547	-0.1388	1.2013	-0.1613	1.0612	23.9129	39.9203	-10.6742
6	2.8198	0.8964	0.4042	2.6553	-0.6373	2.0846	0.0278	0.4952	0.0055	-0.6412	-0.2234	0.2002	0.1539	0.3377	0.1044	0.8242	0.1152	-0.066	0.7343	-0.0216	0.6653	28.4695	44.5934	-15.6521
7	3.9451	-2.1357	-0.1662	2.8447	-0.7637	4.5464	-0.2205	-0.6386	0.851	1.0817	0.2439	0.0975	-0.198	-0.2214	-0.0787	0.7825	0.0283	-0.0603	0.6799	-0.1771	0.6741	55.7015	36.6528	16.3431
8	1.5527	-0.6131	0.2839	3.187	-2.2096	1.7493	-0.2177	-0.4008	0.3707	0.9814	0.1911	-0.3262	-0.6323	-0.6092	0.0662	0.8042	0.0537	-0.0527	0.7732	-0.1599	0.7369	57.4758	32.2818	17.4362
9	2.8048	0.6914	-0.1966	2.8626	1.7265	3.6092	-0.2966	0.2301	-0.0929	-0.1628	0.2112	0.1109	-0.0692	-0.3746	0.0487	0.5814	-0.0328	-0.0628	0.7341	-0.0873	0.7113	64.5299	2.7524	51.7679
10	4.2	-0.6381	0.2074	6.0408	-0.5546	1.6056	0.0775	0.317	0.0957	-0.364	-0.0186	-0.8244	0.0497	0.2816	-0.0326	0.4312	-0.0091	0.0201	0.4988	-0.0566	0.5494	65.3372	22.7711	0.6269
11	4.0495	0.5273	0.1149	4.5051	-0.8878	3.5507	-0.2963	-0.5546	-0.4957	0.5585	0.1156	0.1846	0.4047	0.0924	0.2541	0.694	0.1514	0.1474	0.8018	0.1301	0.8127	90.576	-5.7234	19.6161

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'K' and (resid 25 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'K' and (resid 74 through 103 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'K' and (resid 104 through 117 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'K' and (resid 118 through 162 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'K' and (resid 163 through 180 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'K' and (resid 181 through 221 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 1 through 73 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 74 through 129 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 130 through 224 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 1 through 111 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 112 through 210 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)