PDB-9lph: Neutron structure of GH1 beta-glucosidase Td2F2 ligand-free form ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lph

タイトル

Neutron structure of GH1 beta-glucosidase Td2F2 ligand-free form at room temperature

要素

BETA-GLUCOSIDASE

キーワード

HYDROLASE / TIM BARREL / beta-glucosidase / Neutron / room-temperature

機能・相同性

DEUTERATED WATER

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.19 Å

データ登録者

Yano, N. / Fushinobu, S.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22K06157	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H00929	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	24H02269	日本

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Neutron crystallography of the covalent intermediate of beta-glucosidase reveals remodeling of the catalytic center.
著者: Yano, N. / Kashima, T. / Arakawa, H. / Lin, C.C. / Ishiwata, A. / Namiki, H. / Takaya, N. / Tanaka, K. / Kusaka, K. / Fushinobu, S.

履歴

登録	2025年1月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年11月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2025年11月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lph.cif.gz	188.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lph.ent.gz	151.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/9lph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/9lph	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lpiC 9lpvC 9lpxC 9lpyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BETA-GLUCOSIDASE

ヘテロ分子

51.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.720, 71.030, 97.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	BETA-GLUCOSIDASE 分子量: 50846.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence refers to UniParc database UPI0002639209. / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta TM (DE3) / 参照: beta-glucosidase
#2: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES 分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₇NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-DOD / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: Protein solution: protein 20mg/mL, 5mM Tris-DCl (pD 8.9), Reservoir solution: 0.1M CHES (pD 9.5), 0.912M K/Na tartrate, 5% (w/v) 1-butylpyridinium chloride, 0.2M Li2SO4 in heavy water

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	293	1	N
2	293	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A		1	1
SPALLATION SOURCE	JPARC MLF	BL-03	J-PARC MLF BEAMLINE BL-03	2	2.28-6.19

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2021年10月20日
iBIX	2	DIFFRACTOMETER	2021年6月29日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	2.28	1
3	6.19	1

反射

Entry-ID: 9LPH / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.19-44.3	154133	99.6	6.6	0.998	0.079	0.033	1	11.4
1.8-22.15	45104	99.1	8	0.983	0.25	0.093	2	8.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	Diffraction-ID	% possible all	Mean I/σ(I) obs
1.19-1.21	6.4	0.829	7472	0.755	0.347	1	98.6
1.8-1.86	6.3	0.972	4400	0.466	0.41	2	98.3	1.7

-
解析

精密化

SU ML: 0.16 / R Free selection details: Random selection / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 15.43 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)	Refine-ID	B_iso mean (Å²)	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	Diffraction-ID
1.19-44.3	X-RAY DIFFRACTION	22.95	0.1676	0.1524	0.1532	7694	154041	4.99	99.5	1
1.8-22.15	NEUTRON DIFFRACTION		0.1732	0.1492	0.1504	2256	45096	5	99.23	2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.19→44.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3458	0	13	346	3817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3575
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.003	4882
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.077	1273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	506
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	727

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.19-1.2	0.2389	256	0.2522	4764	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2-1.22	0.2473	250	0.2464	4777	X-RAY DIFFRACTION	99
1.22-1.23	0.2409	258	0.2482	4782	X-RAY DIFFRACTION	99
1.23-1.25	0.2679	249	0.2401	4803	X-RAY DIFFRACTION	98
1.25-1.26	0.2633	249	0.2378	4773	X-RAY DIFFRACTION	99
1.26-1.28	0.2402	250	0.2391	4806	X-RAY DIFFRACTION	99
1.28-1.3	0.2182	257	0.2317	4827	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3-1.32	0.2097	246	0.2309	4807	X-RAY DIFFRACTION	99
1.32-1.34	0.2194	250	0.2152	4833	X-RAY DIFFRACTION	99
1.34-1.36	0.211	253	0.2121	4853	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.39	0.2366	265	0.2052	4802	X-RAY DIFFRACTION	99
1.39-1.41	0.2358	245	0.1966	4831	X-RAY DIFFRACTION	99
1.41-1.44	0.1915	252	0.1925	4866	X-RAY DIFFRACTION	99
1.44-1.47	0.1894	259	0.1861	4831	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.5	0.171	251	0.1859	4871	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.53	0.2064	263	0.1793	4872	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.57	0.171	256	0.1788	4859	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.62	0.188	251	0.1782	4916	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.66	0.1775	259	0.1674	4863	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.72	0.1909	255	0.1652	4890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.78	0.1506	251	0.1609	4904	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.85	0.1696	268	0.1475	4883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.84	0.3125	127	0.2756	2625	X-RAY DIFFRACTION	98
1.85-1.93	0.1584	253	0.1441	4944	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.03	0.1524	263	0.1409	4901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.16	0.1397	257	0.1346	4932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.33	0.1419	265	0.1325	4954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.56	0.1556	261	0.1308	4952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.93	0.1618	258	0.1401	4985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.7	0.1545	266	0.1269	5040	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-44.3	0.1438	278	0.1212	5226	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.88	0.2968	140	0.2625	2610	NEUTRON DIFFRACTION	98
1.88-1.93	0.2662	141	0.2419	2610	NEUTRON DIFFRACTION	99
1.93-1.98	0.2603	137	0.226	2640	NEUTRON DIFFRACTION	99
1.98-2.04	0.226	146	0.2127	2627	NEUTRON DIFFRACTION	99
2.04-2.11	0.2347	133	0.1949	2660	NEUTRON DIFFRACTION	99
2.11-2.18	0.2018	149	0.1817	2671	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.18-2.27	0.1778	136	0.1708	2665	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.27-2.37	0.19	139	0.1558	2687	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.37-2.5	0.1995	147	0.1398	2678	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.5-2.65	0.1667	135	0.1339	2685	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.65-2.86	0.1539	145	0.1288	2702	NEUTRON DIFFRACTION	100
2.86-3.14	0.1418	145	0.1185	2708	NEUTRON DIFFRACTION	100
3.14-3.6	0.1294	145	0.1085	2726	NEUTRON DIFFRACTION	100
3.6-4.52	0.1102	144	0.0933	2772	NEUTRON DIFFRACTION	100
4.52-22.15	0.0976	147	0.0883	2774	NEUTRON DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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