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- PDB-9lnf: Crystal structure of SpoIVB_101-426-S378A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lnf
タイトルCrystal structure of SpoIVB_101-426-S378A
要素SpoIVB peptidase 42 kDa isoform
キーワードHYDROLASE / SpoIVB / Sporulation
機能・相同性
機能・相同性情報


SpoIVB peptidase / sporulation resulting in formation of a cellular spore / serine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase S55, SpoIVB / Peptidase S55, sporulation stage IV, protein B / SpoIVB peptidase S55 / SpoIVB peptidase domain profile. / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Jiang, L.G. / Zhu, J. / Huang, M.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32370990 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SpoIVB_101-426-S378A
著者: Jiang, L.G. / Zhu, J. / Huang, M.D.
履歴
登録2025年1月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SpoIVB peptidase 42 kDa isoform


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5791
ポリマ－35,5791
非ポリマー00
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.190, 72.190, 108.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 SpoIVB peptidase 42 kDa isoform / Sporulation factor IV B protease


分子量: 35578.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: spoIVB, BSU24230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17896
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, and 0.1 M HEPES pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 11228 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / Num. unique obs: 1143 / CC1/2: 0.787

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→23.63 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2874 544 4.87 %
Rwork0.2356 --
obs0.2379 11172 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→23.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2497 0 0 12 2509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2843418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.399343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.740.34511540.34212617X-RAY DIFFRACTION100
2.74-3.140.36291320.27762673X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.950.29961320.26772644X-RAY DIFFRACTION100
3.95-23.630.25121260.19612694X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5737-0.1646-0.13090.02290.04960.89950.1052-0.1553-0.10020.15910.0988-0.20971.51640.66820.0030.6355-0.1567-0.17670.3979-0.0450.532215.51212.28966.554
20.15030.08460.01470.0404-0.02130.0422-0.4769-0.46180.12430.58750.9121-0.96950.7910.84260.0041.34390.3174-0.31851.53330.01170.98926.20518.89498.394
30.08880.03910.00870.0629-0.04370.054-0.68190.38520.4238-0.1513-0.0056-1.25290.02340.21580.00481.01460.07970.01191.6657-0.24781.289433.39419.01489.71
41.3039-0.53110.32650.6287-0.15021.1388-0.2502-0.5169-0.0296-0.19960.2606-0.07130.5631-0.1587-0.01190.6421-0.0993-0.03650.58420.05470.537513.57716.85582.81
50.16650.0093-0.07040.1231-0.19680.64970.4237-0.37290.0945-0.1581-0.19230.37280.0238-0.04810.00091.1493-0.2579-0.04090.65760.01620.74621.09714.7978.29
61.1901-0.3538-0.37981.493-0.25991.93560.15170.08640.0166-0.03590.0374-0.14280.2842-0.64340.00370.5646-0.1931-0.10340.47080.04410.42934.25119.72161.134
70.0169-0.18510.13840.502-0.74771.16660.16080.0638-0.25340.17930.1166-0.18940.66260.17250.00030.67150.0281-0.07790.3907-0.0560.555414.3119.07760.097
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID -4:127 )A-4 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 128:175 )A128 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 176:191 )A176 - 191
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 192:264 )A192 - 264
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 265:288 )A265 - 288
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 289:395 )A289 - 395
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 396:426 )A396 - 426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る