[日本語] English
万見
- PDB-9ln5: Crystal structure of P450revI A241L mutant in complex with revero... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ln5
タイトルCrystal structure of P450revI A241L mutant in complex with reveromycin T
要素Putative monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Heme / Reveromycin / Biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-RRM / Putative monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. SN-593 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Fujiyama, K. / Yong, Y.F. / Takahashi, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H00416 日本
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2025
タイトル: Biosynthesis of reveromycin derivatives by altering the regioselectivity of cytochrome P450revI
著者: Yong, Y.F. / Liu, S. / Sakai, K. / Fujiyama, K. / Takagi, H. / Futamura, Y. / Shimizu, T. / Osada, H. / Ong, E.B.B. / Takahashi, S.
履歴
登録2025年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0265
ポリマ－44,7941
非ポリマー1,2324
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.791, 72.791, 348.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-720-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative monooxygenase / Reveromycin T hydroxylase


分子量: 44794.074 Da / 分子数: 1 / 変異: A241L / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The initial 'GSH' is residual amino acid from thrombin recognition site.
由来: (組換発現) Streptomyces sp. SN-593 (バクテリア)
遺伝子: revI, RVR_8636 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G1UDU7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-RRM / (2E,4S,5S,6E,8E)-10-{(2R,3S,6S,8R,9S)-9-butyl-8-[(1E,3E)-4-carboxy-3-methylbuta-1,3-dien-1-yl]-3-methyl-1,7-dioxaspiro[5.5]undec-2-yl}-5-hydroxy-4,8-dimethyldeca-2,6,8-trienoic acid


分子量: 544.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C32H48O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1.0M Sodium citrate, 0.2M Sodium chloride, 0.1M Tris (pH 7.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.025 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.025 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→42.707122167 Å / Num. obs: 31933 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 37.6 % / Biso Wilson estimate: 41.3171336863 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 25.01
反射 シェル解像度: 2.13→2.206 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.51 / Num. unique obs: 3118 / CC1/2: 0.936

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Jun 30, 2023 BUILT=20230630データ削減
XDSVERSION Jun 30, 2023 BUILT=20230630データスケーリング
pointless1.12.15データスケーリング
Aimless0.7.13データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.8.92モデル構築
REFMAC5.8.0419精密化
PHENIX1.11.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→42.707 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 1574 4.93 %
Rwork0.229 --
obs0.2313 31930 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→42.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3100 0 84 150 3334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.584533
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0242020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.19880.40221430.34722669X-RAY DIFFRACTION100
2.1988-2.27740.36151460.33342697X-RAY DIFFRACTION100
2.2774-2.36860.35651250.32232687X-RAY DIFFRACTION100
2.3686-2.47630.34531450.30222684X-RAY DIFFRACTION100
2.4763-2.60690.35031300.30792730X-RAY DIFFRACTION100
2.6069-2.77020.35881310.29882715X-RAY DIFFRACTION100
2.7702-2.9840.34771310.27362739X-RAY DIFFRACTION100
2.984-3.28420.30911500.24682760X-RAY DIFFRACTION100
3.2842-3.75920.24141560.2082765X-RAY DIFFRACTION100
3.7592-4.73520.20541670.1712830X-RAY DIFFRACTION100
4.7352-42.7070.24271500.1843080X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る