PDB-9ll3: X-ray structure of Enterobacter cloaca transaldolase in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ll3

タイトル

X-ray structure of Enterobacter cloaca transaldolase in complex with D-fructose-6-phosphate.

要素

Fructose-6-phosphate aldolase

キーワード

TRANSFERASE / transaldolase

機能・相同性

機能・相同性情報

ketone catabolic process / fructose 6-phosphate aldolase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 / fructose metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Kamitori, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2025
タイトル: Synthetic Study of 8- and 9-Carbon Sugars by Transaldolase.
著者: Yoshihara, A. / Miyoshi, E. / Tomino, S. / Hanaki, Y. / Mochizuki, S. / Yoshida, H. / Izumori, K. / Kamitori, S.

履歴

登録	2025年1月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ll3.cif.gz	399.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ll3.ent.gz	326.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ll3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ll3_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ll3_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9ll3_validation.xml.gz	53.5 KB	表示
CIF形式データ	9ll3_validation.cif.gz	71 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/9ll3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/9ll3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lkpC 9ui2C 3s1vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fructose-6-phosphate aldolase

B: Fructose-6-phosphate aldolase

C: Fructose-6-phosphate aldolase

D: Fructose-6-phosphate aldolase

E: Fructose-6-phosphate aldolase

ヘテロ分子

128 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fructose-6-phosphate aldolase

B: Fructose-6-phosphate aldolase

C: Fructose-6-phosphate aldolase

D: Fructose-6-phosphate aldolase

E: Fructose-6-phosphate aldolase

ヘテロ分子

A: Fructose-6-phosphate aldolase

B: Fructose-6-phosphate aldolase

C: Fructose-6-phosphate aldolase

D: Fructose-6-phosphate aldolase

E: Fructose-6-phosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
256 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.560, 179.960, 133.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-434- HOH

#1: タンパク質	Fructose-6-phosphate aldolase 分子量: 25331.182 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: fsa, DP202_18755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A330G8J7, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-F6R / FRUCTOSE -6-PHOSPHATE 分子量: 260.136 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM cacodylate buffer, pH 6.5, 10% (w/v) PEG3000, 10% (w/v) PEG 8000, 200 mM of MgCl2, 20 mM dihydroxtacetone, 20 mM, 20 mM D,L-glyceraldehyde-3-phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→19.6 Å / Num. obs: 90439 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 1.92→1.97 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.912 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 6596 / CC_1/2: 0.771

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3S1V

3s1v

解像度: 1.92→19.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 5.816 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20128	4537	5 %	RANDOM
R_work	0.16583	-	-	-
obs	0.16762	85902	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.293 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.92→19.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8170	0	0	661	8831

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	8290
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	8275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.119	1.804	11295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.435	1.727	19045
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.652	5	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.557	5	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.61	10	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	9545
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.661	1.749	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.659	1.749	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.272	3.137	5485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.273	3.138	5486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.4	2.183	3895
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.387	2.177	3892
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.039	3.849	5811
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.282	18.65	9211
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.254	17.92	9028
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.969 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	352	-
R_work	0.228	6246	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1653	-0.1069	-0.0263	0.2151	0.0067	0.0087	-0.0086	0.0034	-0.013	-0.0135	0.0137	0.0246	0.0101	0	-0.0052	0.0204	-0.0049	-0.0103	0.018	-0.002	0.0088	-13.73	-60.5441	16.7519
2	0.1307	0.0591	-0.0105	0.227	0.0039	0.0029	0.0057	-0.0063	-0.0049	-0.0328	-0.0002	-0.032	0.0008	0.0013	-0.0055	0.0233	0.0001	0.006	0.0066	-0.0036	0.0114	20.5908	-56.4156	17.9126
3	0.219	-0.1673	-0.0109	0.2923	0.0362	0.0068	0.042	0.0258	0.0307	-0.0227	-0.0305	-0.0496	-0.0036	-0.0068	-0.0115	0.0173	0.0118	0.0151	0.0161	0.0132	0.0231	27.1812	-22.4356	18.0629
4	0.204	-0.0699	0.0512	0.1308	0.0121	0.0228	0.0104	0.0003	0.0181	-0.0372	-0.0029	-0.0246	-0.0076	-0.0057	-0.0075	0.0142	0.0057	0.0122	0.0195	0.0136	0.0154	-2.9938	-5.3452	17.2591
5	0.0608	0.0372	0.0051	0.3008	-0.0245	0.0297	0.016	0.0152	0.0016	-0.0061	0.0024	0.0383	0.0073	-0.0113	-0.0184	0.0059	0.003	-0.0042	0.0226	0.007	0.0134	-28.317	-29.0102	16.2724

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 220
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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