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- PDB-9ll2: Crystal structure of the Helicobacter pylori copper resistance de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ll2
タイトルCrystal structure of the Helicobacter pylori copper resistance determinant CrdA in the apo form
要素Copper resistance protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CrdA / copper ion
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Ki, D.W. / Oh, H.B. / Cho, H.Y. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00208153 韓国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Structural basis of Cu(I) ion recognition by the Helicobacter pylori copper resistance determinant CrdA.
著者: Ki, D.U. / Oh, H.B. / Cho, H.Y. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
履歴
登録2025年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper resistance protein
B: Copper resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8375
ポリマ－24,5492
非ポリマー2883
水2,612145
1
A: Copper resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5624
ポリマ－12,2741
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6360 Å2
手法PISA
2
B: Copper resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2741
ポリマ－12,2741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.597, 39.392, 145.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSPROPRO(chain 'A' and (resid 18 through 32 or (resid 33...AA18 - 703 - 55
12ALAALALEULEU(chain 'A' and (resid 18 through 32 or (resid 33...AA77 - 12562 - 110
23LYSLYSPROPRO(chain 'B' and (resid 18 through 70 or resid 77...BB18 - 703 - 55
24ALAALALEULEU(chain 'B' and (resid 18 through 70 or resid 77...BB77 - 12562 - 110

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要素

#1: タンパク質 Copper resistance protein


分子量: 12274.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: B0X44_01495, B0X54_06630 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2A6UQS9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: ammonium sulfate, bicine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→30 Å / Num. obs: 26939 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 17.98 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 38.4
反射 シェル解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 1266 / CC1/2: 0.876 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→29.71 Å / SU ML: 0.1365 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.05
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2153 1409 5.24 %
Rwork0.1895 25475 -
obs0.1909 26884 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→29.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1653 0 15 145 1813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00591691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93122286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0576258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058293
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.94631048
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.70.24731320.21362379X-RAY DIFFRACTION94.08
1.7-1.770.24091380.21222452X-RAY DIFFRACTION97.11
1.77-1.850.22041420.20532471X-RAY DIFFRACTION97.35
1.85-1.950.2271230.18972538X-RAY DIFFRACTION98.45
1.95-2.070.21751600.17832526X-RAY DIFFRACTION99.15
2.07-2.230.22021340.18492552X-RAY DIFFRACTION99.74
2.23-2.450.24661240.19132597X-RAY DIFFRACTION99.78
2.45-2.810.24581290.20552610X-RAY DIFFRACTION99.89
2.81-3.530.20911350.18842647X-RAY DIFFRACTION99.89
3.53-29.710.19271920.17882703X-RAY DIFFRACTION98.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.71811208966-4.478658818055.482895253334.24551965785-5.183919163356.579209951430.1172299980410.112387822323-0.05537603493420.198639781567-0.144077740377-0.179116384594-0.03586092074910.1937803036720.1330717809430.152322885112-0.004909949252810.01058671488460.185823396748-0.01397114089940.215907914319-3.137380686092.6997086850829.4618069979
20.3989475193010.4132309526630.5958503293972.95183647077-0.4118557559282.004637149330.07490547627370.08662504681140.228040271411-0.143620751234-0.0353383344009-0.2491503092540.03340641477690.0919330010221-0.02515059161570.103978998936-0.008094408070620.03714902284550.109266820094-0.01637848709330.0904001169691-7.51999850105-1.9292631497824.9071473447
38.26522359378-5.16588644175-6.498220523046.001324332185.623833721597.84472666044-0.154190511548-0.2173186031670.1574440259740.347009601352-0.01427975681710.232018698910.0717910206262-0.2268758400050.1844817659520.1655584137670.00591012817395-0.0003568204109490.139813519271-0.002765799628810.149317934831-18.873795342-3.5137859682237.9160786231
42.92889174542-2.40861497222-1.37545715043.463417881591.943584518322.850651298450.05649932741920.07497974246360.02952552027880.0977349865038-0.08500469841350.08930043464440.0935036003424-0.1390754936760.03719766707610.0914716236757-0.0196448281180.02176841832410.1018930033520.01451268895060.0746292604626-12.6017741251-4.2679517831828.917610127
57.17887827555-7.65634056911-0.7357275613129.423609256090.6455450930641.05314403837-0.08861913500010.02186337384780.1066013389640.3062474488280.0207717409021-0.2311350686550.08230346418780.083281553447-0.0446542028930.100866924044-0.02173012360990.01339798278350.1420350681210.008013585839930.124923889153-4.8788128449-5.8732660795934.7312989646
66.27501224581-5.812770368063.068646756868.78601312791-5.153484744946.44225983346-0.219944081498-0.06796439804880.2542270952290.3223863725690.0468455026334-0.288881654813-0.02624646428740.232198069810.2429295912760.167568245487-0.0237249222443-0.0213224150380.1274355981820.05622591219050.199893795238-7.84066712436.315566065016.40348368442
73.51083585555-1.72463676543-0.7142180393267.420211952220.4586897039562.315112509580.182411840802-0.00970977643194-0.247553380251-0.0893915893933-0.143115148802-0.003502664744610.3218476568990.226949400429-0.01926601655270.1812470617330.0190733447712-0.02187812988560.1243396387070.03284249195470.0918328571666-9.6282673666-1.9747947828611.4296231502
84.58224764863-2.22842173166-0.1838055966527.399036321321.010948360733.026375326530.1402255967650.100104282948-0.183433738723-0.289783361339-0.2034308299870.211208993648-0.0544824325755-0.1548131925360.02744238118990.153790752127-0.01298438085910.004516136011060.1346057777590.06784418473480.0810308814529-18.25728081273.49343213556.38452418718
92.57487009407-2.137283926580.1994077497443.534148640972.946087372125.517003521660.1023480040820.826136989818-1.0795938406-1.266220604980.451873792136-0.1509222875360.09071938814830.31906674398-0.3121832328530.607636966023-0.1106087767050.1572522734590.472623507501-0.1470775481460.554864185258-11.5411224896-16.1478619159-6.02838107398
102.79853351027-2.05372969974-2.528539452095.908657430875.627649319176.35988062239-0.04571352449490.0147139821267-0.22801461390.368231811221-0.03497595756480.09883835133820.494693992096-0.3557637528520.1460241817930.243953468454-0.012532097468-0.000742254333070.164786988940.0544071041850.165756672997-19.2959287567-1.4280778883410.8684272234
112.54510996165-1.81321985148-0.2705887914352.963692140140.5223939501040.97084270211-0.1404406025570.00720503006938-0.2793156772840.3281590769710.0500415482593-0.1592180112990.527590174124-0.1179170808850.0953054497690.3111348520060.02564758261910.02222924842520.1325148883410.0654241544990.205861411963-12.8623999752-6.896071923919.61308155867
129.02329156438-5.37212138628-1.745180210428.168708649832.361809284281.040874354970.2449738072020.7937862906650.204172569008-0.11292186333-0.366403479035-0.3915537814730.043249651634-0.1343300337790.07532421506980.1780601787650.02016873059960.01485220517190.146246693030.03841757769170.116295426922-14.9324794547-1.05288952650.991961640257
137.47358645364-6.65795722243-0.2311187299768.06860104401-0.3777284329482.43211287975-0.07850294587580.2114295876750.2765877228330.193482324021-0.0405313537078-0.2850411543310.132289623270.06143212261940.0998010018030.11196266489-0.0134090203069-0.02047819493390.08706926887150.004413062672590.14802205178-16.74893532135.102018835942.13481827233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 61 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 62 through 82 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 110 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 111 through 125 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 18 through 36 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 37 through 53 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 54 through 69 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 70 through 78 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 79 through 89 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 90 through 101 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 102 through 110 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 111 through 125 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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