[日本語] English
万見
- PDB-9lj9: Crystal structure of a bifunctional 3-hexulose-6-phosphate syntha... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lj9
タイトルCrystal structure of a bifunctional 3-hexulose-6-phosphate synthase/6-phospho-3-hexuloisomerase
要素3-hexulose-6-phosphate synthase
キーワードISOMERASE / dimer / 3-hexulose-6-phosphate Synthase / Formaldehyde Assimilation / ribulose monophosphate cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


hexulose-6-phosphate synthase activity / formaldehyde assimilation via ribulose monophosphate cycle / 3-hexulose-6-phosphate synthase / carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / isomerase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
3-hexulose-6-phosphate synthase / 3-hexulose-6-phosphate isomerase / HPS/KGPDC domain / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family ...3-hexulose-6-phosphate synthase / 3-hexulose-6-phosphate isomerase / HPS/KGPDC domain / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
3-hexulose-6-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Wang, H. / Feng, Y. / Liu, L. / Li, Y.X. / Ji, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2025
タイトル: Crystal Structure, Mutations, and Catalytic Properties of 3-Hexulose-6-phosphate Synthase from Pyrococcus horikoshii.
著者: Li, Y. / Liu, Y. / Ji, Y. / Xu, H. / Wang, H. / Feng, Y. / Liu, L.
履歴
登録2025年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: 3-hexulose-6-phosphate synthase
A: 3-hexulose-6-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6116
ポリマ－93,3712
非ポリマー2414
水2,954164
1
B: 3-hexulose-6-phosphate synthase
A: 3-hexulose-6-phosphate synthase
ヘテロ分子

B: 3-hexulose-6-phosphate synthase
A: 3-hexulose-6-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,22312
ポリマ－186,7414
非ポリマー4818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area11240 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area61070 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area31810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.923, 205.698, 143.374
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-673-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 3-hexulose-6-phosphate synthase


分子量: 46685.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
遺伝子: PH1938 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O59601, 3-hexulose-6-phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.8 M Sodium formate 0.1 M Tris pH7.5 8 % w/v PEG 20,000 8 % v/v PEG 500 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→33.63 Å / Num. obs: 29508 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 51.1 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.98
反射 シェル解像度: 2.64→2.734 Å / Num. unique obs: 2861 / CC1/2: 0.578

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
IPCASモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→32.59 Å / SU ML: 0.358 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.7258
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2646 1457 4.94 %
Rwork0.2211 28061 -
obs0.2232 29478 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→32.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5486 0 12 164 5662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00425554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6317490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0468918
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.59832078
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.64-2.730.33221370.29752618X-RAY DIFFRACTION94.58
2.73-2.840.32921550.28192774X-RAY DIFFRACTION99.83
2.84-2.970.33771420.26882762X-RAY DIFFRACTION99.93
2.97-3.120.331500.24812827X-RAY DIFFRACTION99.97
3.12-3.320.25981480.242781X-RAY DIFFRACTION99.93
3.32-3.580.26891190.23642828X-RAY DIFFRACTION99.9
3.58-3.930.25811540.20682811X-RAY DIFFRACTION99.93
3.94-4.50.24241270.19522865X-RAY DIFFRACTION99.97
4.5-5.670.2311490.19892844X-RAY DIFFRACTION99.9
5.67-32.590.24771760.20762951X-RAY DIFFRACTION99.78

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る