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- PDB-9lim: Crystal structure of the monkeypox virus N-tagged I7L protease in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lim
タイトルCrystal structure of the monkeypox virus N-tagged I7L protease in the P212121 space group
要素I7L
キーワードVIRAL PROTEIN / cysteine protease
機能・相同性Peptidase C57, Vaccinia virus protein I7 / Vaccinia virus I7 processing peptidase / cysteine-type peptidase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / virion component / proteolysis / I7L
機能・相同性情報
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Wang, Y.H. / Su, H.X. / Li, M.J. / Xu, Y.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2025
タイトル: Dynamic Cap-Mediated Substrate Access and Potent Inhibitor Design of Monkeypox Virus I7L Protease.
著者: Su, H. / Wu, G. / Xiong, M. / Wang, Y. / Cao, J. / You, M. / Xiang, Y. / Nie, T. / Li, M. / Xiao, G. / Zhang, L. / Shao, Q. / Xu, Y.
履歴
登録2025年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: I7L
B: I7L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8675
ポリマ－98,5792
非ポリマー2883
水3,585199
1
A: I7L
ヘテロ分子

B: I7L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8675
ポリマ－98,5792
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area31320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.992, 113.502, 193.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 I7L


分子量: 49289.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (strain Zaire-96-I-16) (ウイルス)
遺伝子: I7L
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8V512
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12.5% PEG 8000, 0.1 M sodium acetate (pH 5.0), and 0.2 M lithium sulfate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→97.86 Å / Num. obs: 42335 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.429 / Rpim(I) all: 0.133 / Rrim(I) all: 0.45 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 468188
反射 シェル解像度: 2.32→2.44 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 4.066 / Num. measured all: 68872 / Num. unique obs: 6068 / CC1/2: 0.342 / Rpim(I) all: 1.248 / Rrim(I) all: 4.256 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→97.86 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 2050 4.87 %
Rwork0.2174 --
obs0.2186 42132 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→97.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6036 0 15 199 6250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4218374
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1882222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037931
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021048
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.370.35571360.31612637X-RAY DIFFRACTION99
2.37-2.430.33491200.30962574X-RAY DIFFRACTION99
2.43-2.490.35331290.2972621X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.570.31621350.28742627X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.650.29161310.27332639X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.750.30531400.25782632X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.860.26931240.252692X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.990.26741470.24492615X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.140.24961280.23792661X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.340.26691580.22272667X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.60.2421500.19892669X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.960.19821280.1822703X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.530.20191440.16512694X-RAY DIFFRACTION100
4.53-5.710.18231370.18562763X-RAY DIFFRACTION100
5.71-97.860.2221430.2022888X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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