PDB-9lhs: Crystal structure of an ice-binding protein from Candidatus Cryos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lhs

タイトル

Crystal structure of an ice-binding protein from Candidatus Cryosericum odellii

要素

DUF3494 domain-containing protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Ice binding protein / Antifreeze protein / DUF3494 / Ice affinity / Candidatus Cryosericum odellii SMC5

機能・相同性

Ice-binding protein / Ice-binding-like / : / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / DUF3494 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Cryosericum odellii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Hoang, T. / Do, H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Ice affinity purification system for recombinant proteins using a DUF3494 ice-binding protein.
著者: Hoang, T. / Nguyen, D.L. / Kim, B. / Choi, W. / Cho, S.M. / Kim, H.W. / Han, S.J. / Kim, K. / Lee, J.H. / Do, H.

履歴

登録	2025年1月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lhs.cif.gz	61.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lhs.ent.gz	40.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lhs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9lhs_validation.pdf.gz	415.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9lhs_full_validation.pdf.gz	415.3 KB	表示
XML形式データ	9lhs_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	9lhs_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/9lhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/9lhs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lhnC 9lhrC 9li0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DUF3494 domain-containing protein

22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.810, 66.810, 142.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-457- HOH
2	1	A-513- HOH

#1: タンパク質	DUF3494 domain-containing protein / Ice binding domain 分子量: 22879.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The Ice Binding Domain (DUF3494) region was truncated from CoIBP3 (WP_119120131.1) 由来: (組換発現) Candidatus Cryosericum odellii (バクテリア) 遺伝子: SMC5_06950 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A398DEW6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.5 M sodium formate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→29.259 Å / Num. obs: 29297 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 35.2
反射シェル	解像度: 1.83→1.87 Å / R_merge(I) obs: 0.63 / Num. unique obs: 1774

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.83→29.259 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.006 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2094	1430	4.881 %
R_work	0.1772	27867	-
all	0.179	-	-
obs	-	29297	99.945 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.933 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.006 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.006 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.012 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→29.259 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1570	0	0	215	1785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.669	1.63	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.468	1.564	3503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.115	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.688	24.783	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.253	15	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.353	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	331
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	807
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.117	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.136	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.981	2.6	899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.978	2.596	898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.473	3.886	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.474	3.89	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.928	2.82	698
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.923	2.821	698
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.019	4.125	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.019	4.129	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.87	32.777	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.743	32.078	1652

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.878	0.25	108	0.22	2023	X-RAY DIFFRACTION	99.9062
1.878-1.929	0.235	103	0.188	1954	X-RAY DIFFRACTION	100
1.929-1.985	0.2	110	0.172	1907	X-RAY DIFFRACTION	100
1.985-2.046	0.223	87	0.177	1862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.046-2.113	0.207	114	0.174	1777	X-RAY DIFFRACTION	99.9472
2.113-2.187	0.221	94	0.175	1754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.187-2.269	0.282	75	0.176	1704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.269-2.362	0.216	78	0.173	1648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.362-2.467	0.206	71	0.179	1579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.467-2.587	0.266	79	0.189	1502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.587-2.726	0.241	73	0.201	1430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.726-2.892	0.215	77	0.208	1368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.892-3.091	0.265	64	0.216	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.091-3.338	0.261	55	0.206	1227	X-RAY DIFFRACTION	100
3.338-3.655	0.18	54	0.171	1116	X-RAY DIFFRACTION	100
3.655-4.085	0.187	55	0.147	1013	X-RAY DIFFRACTION	100
4.085-4.713	0.137	49	0.126	914	X-RAY DIFFRACTION	100
4.713-5.763	0.177	36	0.15	789	X-RAY DIFFRACTION	100
5.763-8.114	0.233	25	0.179	638	X-RAY DIFFRACTION	100
8.114-29.259	0.157	23	0.193	379	X-RAY DIFFRACTION	96.8675

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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