PDB-9lh0: High-resolution crystal structure of an isoform of Chitin Binding...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lh0

タイトル

High-resolution crystal structure of an isoform of Chitin Binding Protein from Iberis umbellata L.

要素

(Chitin Binding ...) x 2

キーワード

PLANT PROTEIN / Isoform / Chitin Binding Protein / Iberis / Candytuft

機能・相同性

ACETIC ACID / : / NITRATE ION

機能・相同性情報

生物種

Iberis umbellata (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.91 Å

データ登録者

Saeed, A. / Betzel, C. / Brognaro, H. / Rajaiah Prabhu, P. / Alves Franca, B. / Mehmood, S. / Khaliq, B. / Ishaq, U. / Akrem, A.

資金援助

パキスタン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Chitin Binding Protein from Iberis umbellata L.
著者: Saeed, A. / Betzel, C. / Brognaro, H. / Rajaiah Prabhu, P. / Alves Franca, B. / Mehmood, S. / Ishaq, U. / Khaliq, B. / Akrem, A.

履歴

登録	2025年1月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lh0.cif.gz	58.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lh0.ent.gz	40.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9lh0_validation.pdf.gz	469.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9lh0_full_validation.pdf.gz	471.5 KB	表示
XML形式データ	9lh0_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	9lh0_validation.cif.gz	9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/9lh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/9lh0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gvhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chitin Binding Protein

B: Chitin Binding Protein

ヘテロ分子

12.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.352, 72.981, 31.373
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
Chitin Binding ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質・ペプチド	Chitin Binding Protein 分子量: 3757.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Iberis umbellata (植物)
#2: タンパク質	Chitin Binding Protein 分子量: 8216.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Iberis umbellata (植物)

-
非ポリマー , 5種, 42分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#5: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#6: 化合物	ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3 詳細: 2.2M Ammonium sulfate, 0.2M Sodium Nitrate or Ammonium nitrate/Lithium nitrate/Potasium nitrate 16-20mg Protein in 50mM Sodium acetate, 150mM Sodium Chloride, pH 4.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.6888 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月22日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.91→28.82 Å / Num. obs: 76151 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 11.64 Å² / CC_1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/av σ(I): 9.39 / Net I/σ(I): 9.39
反射シェル	解像度: 0.91→0.92 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 9.39 / Num. unique obs: 555 / CC_1/2: 0.012 / CC star: 0.16 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.06 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.91→28.82 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1861	3828	5.03 %
R_work	0.1763	-	-
obs	0.1768	76084	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.91→28.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	833	0	31	34	898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.763
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.975	335
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	129
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	163

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.91-0.92	0.2791	142	0.2468	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
0.92-0.93	0.2391	134	0.2263	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
0.93-0.94	0.2217	154	0.208	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
0.94-0.96	0.2016	151	0.1909	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
0.96-0.97	0.2201	134	0.1788	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
0.97-0.99	0.1797	120	0.1744	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
0.99-1	0.1804	137	0.1676	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1-1.02	0.1582	134	0.1503	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.02-1.04	0.1522	128	0.1481	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.04-1.06	0.1695	144	0.1463	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.06-1.08	0.1703	144	0.1528	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.08-1.1	0.1774	145	0.1512	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1-1.13	0.1248	148		2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.13-1.16	0.1483	155	0.1346	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.16-1.19	0.1353	149	0.1353	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.19-1.22	0.1685	148	0.1398	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.22-1.26	0.1369	147		2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.26-1.31	0.1493	136	0.1396	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.31-1.36	0.1497	140	0.145	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.42	0.1387	142	0.1384	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.5	0.1578	126	0.1489	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.59	0.1795	133	0.1492	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.71	0.1832	128	0.1569	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.89	0.2127	153	0.1792	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-2.16	0.2123	132	0.1839	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.72	0.2084	154	0.1952	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-8.8	0.1914	170		2875	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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