PDB-9lgt: Cryo-EM structure of the glucose-specific PTS transporter IIC fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lgt

タイトル

Cryo-EM structure of the glucose-specific PTS transporter IIC from V. cholerae in the inward-facing conformation

要素

PTS system glucose-specific EIICB component

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / PTS transporter / cryo-em / V. cholerae

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-phosphocysteine-glucose phosphotransferase system transporter activity / protein-Npi-phosphohistidine-D-glucose phosphotransferase / protein-N(PI)-phosphohistidine-carbohydrate phosphotransferase activity / D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae M66-2 (コレラ菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å

データ登録者

Guo, H.H. / Zhang, Q.S. / Wang, Z. / Zhang, K. / Fu, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the glucose-specific PTS transporter IIC from V. cholerae in the inward-facing conformation
著者: Guo, H.H.

履歴

登録	2025年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月14日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月14日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月14日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月14日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月14日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月14日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lgt.cif.gz	132.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lgt.ent.gz	102.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lgt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/9lgt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/9lgt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	63072MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PTS system glucose-specific EIICB component

B: PTS system glucose-specific EIICB component

80 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	PTS system glucose-specific EIICB component / EIICB-Glc 分子量: 39997.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae M66-2 (コレラ菌) / 遺伝子: ptsG, VCM66_1937 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C3LNW4, protein-Npi-phosphohistidine-D-glucose phosphotransferase
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: PTS system glucose-specific EIIC component / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Vibrio cholerae serotype O1 (strain M66-2) (コレラ菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87760 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3.68 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	5798
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.622	7904
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.352	800
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.048	916
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	1000

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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