[日本語] English
万見
- PDB-9lgn: Crystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naph... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lgn
タイトルCrystal structure of human PKMYT1 protein kinase domain with Naphthyridinone Inhibitor compound 40
要素Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
キーワードTRANSFERASE / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of mitotic nuclear division / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity ...negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of mitotic nuclear division / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / meiotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / kinase activity / mitotic cell cycle / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine/threonine-protein kinase, Cdc2 inhibitor / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Xu, Z.H. / Chen, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of Naphthyridinone Derivatives as Selective and Potent PKMYT1 Inhibitors with Antitumor Efficacy.
著者: Chen, B. / Liu, X. / Mu, T. / Xu, J. / Zhao, D. / Dey, F. / Tang, Y. / Xu, Z. / Yang, J. / Huang, K. / Li, C. / Chen, S. / Zhu, S. / Wang, S. / Yao, X. / Yan, Z. / Tu, Y. / Dai, Y. / Qiu, H. ...著者: Chen, B. / Liu, X. / Mu, T. / Xu, J. / Zhao, D. / Dey, F. / Tang, Y. / Xu, Z. / Yang, J. / Huang, K. / Li, C. / Chen, S. / Zhu, S. / Wang, S. / Yao, X. / Yan, Z. / Tu, Y. / Dai, Y. / Qiu, H. / Yang, J. / Jiang, T. / Qi, Y. / Li, Y. / Shen, H.C. / Zhu, W. / Tan, X. / Wu, J.
履歴
登録2025年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
B: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,35511
ポリマ－63,0322
非ポリマー1,3239
水1,946108
1
A: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1295
ポリマ－31,5161
非ポリマー6134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
2
B: Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2256
ポリマ－31,5161
非ポリマー7105
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.450, 110.405, 72.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Membrane-associated tyrosine- and threonine-specific cdc2-inhibitory kinase / Myt1 kinase


分子量: 31515.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKMYT1, MYT1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q99640, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1EJU / 3-azanyl-4-(7-fluoranyl-2H-indazol-4-yl)-8-methoxy-1H-1,5-naphthyridin-2-one


分子量: 325.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12FN5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6.9 MG/ML MYT1, 25 mM HEPES, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 0.5 mM DTT, 0.1 M CALCIUM CHLORIDE, 0.05 M TRIS pH 8.5, 10 % PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→46.48 Å / Num. obs: 27917 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.032→2.283 Å / Num. unique obs: 1421 / CC1/2: 0.399

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.03→46.48 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 1361 4.88 %
Rwork0.1937 --
obs0.1961 27917 59.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→46.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4387 0 83 108 4578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024608
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5086248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.011760
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038647
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004823
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.10.141330.1413187X-RAY DIFFRACTION20
2.1-2.190.4379260.3283498X-RAY DIFFRACTION20
2.19-2.290.3963390.3012672X-RAY DIFFRACTION20
2.29-2.410.3118530.29181059X-RAY DIFFRACTION24
2.41-2.560.34881210.31442489X-RAY DIFFRACTION56
2.56-2.760.32622140.2934075X-RAY DIFFRACTION91
2.76-3.030.29992100.26884416X-RAY DIFFRACTION99
3.03-3.470.2322250.1974455X-RAY DIFFRACTION99
3.47-4.370.2092280.1574357X-RAY DIFFRACTION98
4.37-100.222420.15994348X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.15894.9262-5.08476.8079-6.15078.7798-0.42690.25570.2463-0.42880.51381.17151.4891-2.224-0.12920.7081-0.19460.14330.729-0.11110.9545-23.4574-12.683838.0324
24.5611-0.6603-3.33674.99622.3086.749-0.1052-0.6485-0.30881.2111-0.4505-0.36591.62950.62140.28070.97770.06640.32120.19290.11970.8551-10.2769-21.06834.6616
31.1369-0.5814-2.49274.04421.3725.5597-0.18710.2184-0.2680.25110.02960.32810.9672-0.21270.05490.2325-0.06080.06550.2529-0.06420.3894-12.6912-9.895131.6748
42.41410.62441.1235.27181.35564.3199-0.0526-0.0076-0.3498-0.42630.24790.18470.42010.1743-0.08970.3143-0.0197-0.00530.2432-0.00740.255-1.3558-13.00715.1888
54.68621.38471.03765.99730.93655.3316-0.1662-0.23220.15910.24770.2833-0.4084-0.0050.3706-0.07660.24150.0214-0.00660.276-0.0030.18697.7845-2.732320.7427
60.54931.35050.97954.24353.07452.54240.15980.0543-0.73380.55980.3344-1.87450.40670.7702-0.48730.64680.26440.11060.91090.01230.810718.3104-8.74098.7853
76.8761-2.06410.05855.87421.0557.7763-0.23030.6534-0.3931-1.03450.40930.0750.28810.2073-0.29550.452-0.05490.04040.3414-0.02480.12375.0015-2.38184.9929
82.73671.21272.34274.4237-1.75577.185-0.18320.13620.67470.2446-0.218-0.277-0.60080.60740.22780.1617-0.0015-0.03460.25660.04210.57115.7744-39.080229.8207
92.58050.17040.20115.5754-0.02482.7407-0.07880.1485-0.1059-0.41590.03970.13950.0561-0.16190.08290.26180.02130.01470.24920.00790.138-4.2427-45.346611.3439
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 76 through 104 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 105 through 129 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 130 through 188 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 189 through 249 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 250 through 316 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 317 through 329 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 330 through 361 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 76 through 188 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 189 through 361 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る