PDB-9lgg: Crystal structure of the human MuSK(Ig3_Fz)/L1 peptide complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lgg

タイトル

Crystal structure of the human MuSK(Ig3_Fz)/L1 peptide complex

要素

Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / muscle-specific receptor tyrosine kinase / MuSK / neuromuscular junction / RaPID peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein geranylgeranylation / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / Wnt-protein binding / neuromuscular junction development / ECM proteoglycans / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / neuromuscular junction / receptor protein-tyrosine kinase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Matoba, K. / Mizutani, F. / Arimori, T. / Takagi, J.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Structure
タイトル: Muscle-specific tyrosine kinase activation by a peptide-based dimerizer is orientation dependent
著者: Mizutani, F. / Matoba, K. / Peacock, H. / Yamada, M. / Mihara, E. / Higuchi, O. / Suga, H. / Arimori, T. / Takagi, J.

履歴

登録	2025年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lgg.cif.gz	496.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lgg.ent.gz	345.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lgg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9lgg_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9lgg_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9lgg_validation.xml.gz	40.7 KB	表示
CIF形式データ	9lgg_validation.cif.gz	52.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/9lgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/9lgg	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (3)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (2)
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ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
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インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide

B: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide

C: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide

D: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide

B: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide

C: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide

D: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide

ヘテロ分子

A: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide

B: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide

C: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide

D: Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
253 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.644, 103.644, 305.216
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄
Space group name Hall	P6₄
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+2/3 #3: y,-x+y,z+1/3 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z

#1: タンパク質

Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide / Muscle-specific tyrosine-protein kinase receptor / MuSK / L1 peptide

分子量: 31187.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: MUSK / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15146, receptor protein-tyrosine kinase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Na-Acetate(pH 6.0), 0.2M NaCl, 7% PEG 8000, 10% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→49.07 Å / Num. obs: 50770 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.51 % / B_iso Wilson estimate: 72.51 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 10.38
反射シェル	解像度: 2.69→2.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 8124 / CC_1/2: 0.673 / R_sym value: 1.096 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.69→38.68 Å / SU ML: 0.4441 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2658
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2425	2535	5 %
R_work	0.2039	48185	-
obs	0.2059	50720	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→38.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7923	0	126	0	8049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8243
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6361	11219
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0428	1310
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	1417
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.8797	1125

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.69-2.75	0.458	135	0.4395	2570	X-RAY DIFFRACTION	95.82
2.75-2.8	0.3741	144	0.3809	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.8-2.86	0.3353	138	0.3138	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.86-2.93	0.3303	140	0.274	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.93-3	0.3255	141	0.2696	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3-3.08	0.3196	142	0.2636	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.08-3.17	0.3068	141	0.2674	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.17-3.28	0.3378	141	0.2829	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.28-3.39	0.3035	142	0.268	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.39-3.53	0.2663	140	0.2127	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.53-3.69	0.2703	143	0.2106	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.69-3.88	0.244	139	0.1937	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.88-4.13	0.2221	142	0.1822	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.54
4.13-4.44	0.1866	141	0.1589	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.45-4.89	0.1742	142	0.1504	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.89-5.6	0.2131	142	0.167	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.58
5.6-7.04	0.2283	141	0.19	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.37
7.05-38.68	0.2031	141	0.1785	2673	X-RAY DIFFRACTION	97.98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.28376162947	0.218249562999	-3.51742252904	3.61562781858	-0.0293818510095	9.04337538651	-0.0026265032525	-0.3937479378	-0.0899056908094	0.219268969418	0.0135242512969	-0.131571793338	0.290453074242	0.0322961138534	-0.0153522171709	0.522580884955	-0.118011898018	-0.0648682683463	0.377352875138	0.0376180613438	0.454134274732	-62.0342985536	-45.2204194683	-11.407751427
2	7.1396338886	-2.99221361573	0.848886928353	9.290420351	-2.68586951095	9.04104113439	-0.248727522284	0.512619753153	-0.780267895146	-0.652218624728	0.47978351167	0.677487883126	0.842430716504	-0.935627327975	-0.235720650097	0.847714117128	-0.225412163752	0.0609428592968	0.56665713299	0.0178160066122	0.521184878364	-62.9367037811	-44.1966984029	-42.8630909379
3	5.08303221125	0.168296749374	1.6493993629	5.78174025035	-4.60302637505	4.49869272091	-0.377525834422	-0.114657533269	0.1613746703	-0.0357287624167	0.348282529308	0.523407262041	-0.404742648671	-1.40331785734	0.0280438246774	0.68604511659	-0.00756614841393	0.014877226132	0.571364681587	0.118834628256	0.472687538895	-64.7069846744	-31.3925522996	-36.6159550795
4	3.52700500284	-0.0793089477595	-2.58096743077	4.9121430669	-2.78207753421	6.43566192197	-0.0669412682231	0.184415467263	0.276720601164	-0.223779991654	-0.102109035919	-0.46816858317	-0.222535677287	0.543758795788	0.113693563053	0.678378475987	-0.1315833197	0.0397224040653	0.530647020002	0.126457133685	0.575243684254	-56.0578080785	-28.6001796956	-44.0142133552
5	4.49467860135	-2.8702469983	-4.01795218736	1.76462698492	2.39113516518	3.56463118673	0.243091380554	0.459323839964	-0.602642778169	-0.793588255415	-0.552817615821	0.239087810992	-0.525180866703	-0.0365322910563	0.552578795582	0.846108381071	-0.0422852795345	-0.0341451978274	0.648452436065	-0.0299025651242	0.572992465311	-75.4374615873	-22.926966091	-42.4126866007
6	2.61816448139	3.97843470696	0.781753477404	6.29325032435	0.649999437932	5.26245002027	0.239670958095	-0.217303940144	-1.77068892561	1.49481310844	-0.401868233075	0.697110371045	0.940636591866	0.0997032649106	0.174501714627	0.858874300921	-0.0567738434065	-0.050264671814	0.359379895304	-0.0463981016352	0.990600201827	-91.9567939729	-30.7614110312	-24.6036603958
7	1.59937619055	0.216745913338	0.293834787708	2.45347639778	-0.126182470025	6.79154682084	0.0583629822201	0.253632573938	0.0277881433003	-0.271462438783	0.100572387104	0.253980351299	0.285146900016	-0.828912105892	-0.173302105715	0.500386491282	-0.089614188325	-0.0813109869035	0.474246282669	0.0628170438593	0.572289605133	-91.5007165146	-21.1643069981	-33.0717882775
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精密化 TLSグループ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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