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- PDB-9lfw: Crystal structure of mouse RIP3 kinase domain(R69H) complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lfw
タイトルCrystal structure of mouse RIP3 kinase domain(R69H) complexed with LK01003
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE / Mouse RIP3 kinase domain / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / TRIF-mediated programmed cell death / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / Regulation of necroptotic cell death / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation ...RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / TRIF-mediated programmed cell death / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / Regulation of necroptotic cell death / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation / regulation of type II interferon production / programmed necrotic cell death / necroptotic signaling pathway / TRP channels / activation of protein kinase activity / positive regulation of necroptotic process / non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of reactive oxygen species metabolic process / T cell homeostasis / necroptotic process / lymph node development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / reactive oxygen species metabolic process / thymus development / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / T cell differentiation in thymus / regulation of apoptotic process / defense response to virus / amyloid fibril formation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / protein-containing complex binding / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Xie, H. / Su, H.X. / Li, M.J. / Xu, Y.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure-based design of potent and selective inhibitors targeting RIPK3 for eliminating on-target toxicity in vitro.
著者: Su, H. / Chen, G. / Xie, H. / Li, W. / Xiong, M. / He, J. / Hu, H. / Zhao, W. / Shao, Q. / Li, M. / Zhao, Q. / Xu, Y.
履歴
登録2025年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6462
ポリマ－36,1941
非ポリマー4521
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.572, 64.785, 92.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3 / RIP-like protein kinase 3 / Receptor-interacting protein 3 / RIP-3 / mRIP3


分子量: 36194.281 Da / 分子数: 1 / 変異: C110A, R69H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ripk3, Rip3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9QZL0, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1D97 / 2-cyclopentyl-~{N}-(6-propan-2-ylsulfonylquinolin-4-yl)-1,3-benzothiazol-5-amine


分子量: 451.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25N3O2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M MES, 30% v/v Glycerol ethoxylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→53.01 Å / Num. obs: 39200 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 2.069 / Num. unique obs: 5706 / CC1/2: 0.432 / Rpim(I) all: 1.473 / Rrim(I) all: 2.554 / Χ2: 0.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→46.11 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 1963 5.01 %
Rwork0.2021 --
obs0.2039 39200 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→46.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2251 0 31 201 2483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.863203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.526873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.630.43781260.39122393X-RAY DIFFRACTION91
1.63-1.680.42971400.36352568X-RAY DIFFRACTION97
1.68-1.730.38451620.32062589X-RAY DIFFRACTION99
1.73-1.780.29371210.28372642X-RAY DIFFRACTION99
1.78-1.850.30771350.24162666X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.920.26981400.22872657X-RAY DIFFRACTION100
1.92-2.010.25671460.20762657X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.110.24551270.18712666X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.250.22511280.18392709X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.420.23471370.19462679X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.660.28841550.20522678X-RAY DIFFRACTION100
2.66-3.050.26051300.1992736X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.840.21141600.17872728X-RAY DIFFRACTION100
3.84-46.110.17191560.17122869X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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