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- PDB-9lfl: Cryo-EM structure of linker-extended biparatopic antibody BA1-GP4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lfl
タイトルCryo-EM structure of linker-extended biparatopic antibody BA1-GP4 in complex with TNFR2
要素
  • TR92 heavy chain
  • TR92 light chain
  • TR96 heavy chain
  • TR96 light chain
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / biparatopic antibody / antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


glial cell-neuron signaling / regulation of cytokine production involved in immune response / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / RNA destabilization / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of T cell cytokine production ...glial cell-neuron signaling / regulation of cytokine production involved in immune response / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / RNA destabilization / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of T cell cytokine production / negative regulation of neuroinflammatory response / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of myelination / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of myelination / Interleukin-10 signaling / regulation of T cell proliferation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / specific granule membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / inflammatory response / membrane raft / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 1B / Tumor necrosis factor receptor 1B, N-terminal / : / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Otsuki, T. / Matsumoto, S. / Fujita, J. / Miyata, T. / Namba, K. / Kanada, R. / Okuno, Y. / Kamada, H. / Ohno, H. / Akiba, H.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ak0101099 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP24ama121042 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121003 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24K01270 日本
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Conversion of an agonistic anti-TNFR2 biparatopic antibody into an antagonist by insertion of peptide linkers into the hinge region.
著者: Takuya Otsuki / Shigeyuki Matsumoto / Junso Fujita / Tomoko Miyata / Keiichi Namba / Ryo Kanada / Yasushi Okuno / Haruhiko Kamada / Hiroaki Ohno / Hiroki Akiba /
要旨: Biparatopic antibodies (BpAbs) bind two different antigen epitopes to form characteristic immunocomplexes. Many BpAbs have been developed for enhanced cross-linking to induce signal transduction or ...Biparatopic antibodies (BpAbs) bind two different antigen epitopes to form characteristic immunocomplexes. Many BpAbs have been developed for enhanced cross-linking to induce signal transduction or cell internalization, whereas few were reported with smaller immunocomplexes to suppress unwanted signaling. Here, we developed a strategy to induce 1:1 immunocomplex formation to maximize antagonistic function. Various peptide linkers were introduced into the hinge regions of IgG-like agonist BpAbs against tumor necrosis factor receptor 2. Loss of crosslinking activity was observed for one BpAb, allowing the conversion of its function from an agonist to an antagonist. However, cross-linking activity was retained for another agonist BpAb, which binds to a different epitope pair. In a combined analysis of cryo-electron microscopy and coarse-grained molecular dynamics simulations, effect of epitope combination on the stability of 1:1 complexes was observed. These results lead to an understanding of the mechanism and design of BpAbs to adopt a 1:1-binding mode.
履歴
登録2025年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B
B: TR92 heavy chain
C: TR92 light chain
D: TR96 heavy chain
E: TR96 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9175
ポリマ－109,9175
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B / Tumor necrosis factor receptor 2 / TNF-R2 / Tumor necrosis factor receptor type II / TNF-RII / TNFR- ...Tumor necrosis factor receptor 2 / TNF-R2 / Tumor necrosis factor receptor type II / TNF-RII / TNFR-II / p75 / p80 TNF-alpha receptor


分子量: 16747.895 Da / 分子数: 1 / 変異: A490V / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 1-178, Tumor necrosis factor receptor 1B, Homo sapiens; 179-543, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein - Escherichia coli K-12; 545-550, hexahistidine tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF1B, TNFBR, TNFR2 / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20333
#2: 抗体 TR92 heavy chain


分子量: 23777.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TR92 antibody heavy chain / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 TR92 light chain


分子量: 23242.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 TR96 heavy chain


分子量: 24093.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: 抗体 TR96 light chain


分子量: 22055.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Linker-extended biparatopic antibody BA1-GP4 in complex with TNFR2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.2 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.71 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影平均露光時間: 4.87 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5508
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4098

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2SerialEM4.1画像取得
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7UCSF Chimera8.6.10モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
10cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.2.1分類
13cryoSPARC4.2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2971529
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178242 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3ALQ

3alq


Accession code: 3ALQ / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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