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- PDB-9lew: The crystal structure of DinJ-YafQ complex from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lew
タイトルThe crystal structure of DinJ-YafQ complex from Vibrio cholerae
要素
  • DNA-damage-inducible protein J
  • Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
キーワードTOXIN / Toxin-antitoxin complex / DNA binding protein / Antitoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species biofilm formation / mRNA catabolic process / toxic substance binding / translational termination / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA endonuclease activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Antitoxin DinJ / RelB antitoxin/Antitoxin DinJ / RelB antitoxin / Toxin-antitoxin system, YafQ-like toxin / Bacterial toxin of type II toxin-antitoxin system, YafQ / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Arc-type ribbon-helix-helix
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA-damage-inducible protein J / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mun, S.A. / Ha, J.H. / Jang, T.H. / Hong, E. / Bae, J. / Son, J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00398456 韓国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / : 2025
タイトル: Novel oligomerization state of DinJ-YafQ complex from Vibrio cholerae-Structural and biochemical insights.
著者: Mun, S.A. / Yeon, G.B. / Park, Y.H. / Yoon, H. / Ha, J.H. / Jang, T.H. / Hong, E. / Bae, J. / Son, J.
履歴
登録2025年1月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-damage-inducible protein J
B: Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
C: DNA-damage-inducible protein J
D: Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
E: DNA-damage-inducible protein J
F: Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
G: DNA-damage-inducible protein J
H: Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,68117
ポリマ-87,1138
非ポリマー5689
3,243180
1
A: DNA-damage-inducible protein J
B: Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
C: DNA-damage-inducible protein J
D: Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
E: DNA-damage-inducible protein J
F: Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
G: DNA-damage-inducible protein J
H: Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
ヘテロ分子

A: DNA-damage-inducible protein J
B: Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
C: DNA-damage-inducible protein J
D: Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
E: DNA-damage-inducible protein J
F: Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
G: DNA-damage-inducible protein J
H: Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,36234
ポリマ-174,22616
非ポリマー1,13718
28816
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
Buried area63660 Å2
ΔGint-462 kcal/mol
Surface area56130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.924, 163.924, 114.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

-
要素

#1: タンパク質
DNA-damage-inducible protein J


分子量: 10246.710 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
遺伝子: VC_A0324 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KML3
#2: タンパク質
Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin


分子量: 11531.494 Da / 分子数: 4 / Mutation: H94Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
遺伝子: VC_A0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KML4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate (pH 4.5), 2.0 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 40246 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.657 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 451650
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.348.60.419580.7990.9420.1310.4220.29499
2.34-2.389.10.37819880.8410.9560.1210.3980.30398.9
2.38-2.439.20.34619750.8730.9650.1090.3640.31999.4
2.43-2.489.50.32819650.910.9760.1030.3450.32998.8
2.48-2.539.60.30719910.9180.9780.0950.3220.34199.2
2.53-2.599.70.29219600.9370.9840.090.3060.35598.5
2.59-2.669.60.27519760.9510.9870.0860.2890.37999
2.66-2.739.80.24119980.9670.9920.0740.2530.40199.5
2.73-2.819.20.21119810.9750.9940.0680.2220.43499.1
2.81-2.9100.18620040.9840.9960.0570.1950.48899.6
2.9-311.60.16320000.9880.9970.0470.170.50999.6
3-3.1212.50.13920130.9920.9980.0380.1440.58899.4
3.12-3.2612.80.12120040.9960.9990.0330.1250.69499.7
3.26-3.4413.10.09720180.9970.9990.0260.1010.78399.3
3.44-3.65130.08320250.9970.9990.0230.0860.88299.4
3.65-3.9313.20.07620230.9980.9990.0210.0791.08599.4
3.93-4.3313.50.0620410.9980.9990.0160.0621.00399.5
4.33-4.9513.10.05320570.99810.0150.0550.9699
4.95-6.2412.20.05220890.99910.0150.0540.89499.2
6.24-5014.40.04421800.99910.0110.0461.0496.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→36.41 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 20.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 1999 4.97 %
Rwork0.2005 --
obs0.202 40211 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5631 0 37 180 5848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0977755
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.964745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061881
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.018997
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.28891390.26412650X-RAY DIFFRACTION98
2.36-2.420.25211410.23982688X-RAY DIFFRACTION99
2.42-2.490.2571400.23472691X-RAY DIFFRACTION99
2.49-2.570.25641390.21772659X-RAY DIFFRACTION99
2.57-2.660.23961420.22542708X-RAY DIFFRACTION99
2.66-2.770.25761410.22332697X-RAY DIFFRACTION99
2.77-2.90.27351420.23572715X-RAY DIFFRACTION99
2.9-3.050.2821420.23062713X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.240.29161420.21992712X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.490.24171440.21082747X-RAY DIFFRACTION99
3.49-3.840.22551430.19122751X-RAY DIFFRACTION99
3.84-4.40.19711460.16252766X-RAY DIFFRACTION99
4.4-5.530.18391460.16342798X-RAY DIFFRACTION99
5.54-36.410.20351520.18852917X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.56073.18110.50467.59670.82445.4744-0.08940.984-0.5182-0.63020.2665-0.27010.2909-0.0078-0.16690.2975-0.0022-0.01340.397-0.05660.2246-74.1289-6.2168-43.6292
25.4935-1.41053.83142.5761-4.38067.2450.32770.7223-0.7493-0.3003-0.6561-0.13720.93011.46870.27980.61710.10530.0860.5261-0.02170.3274-63.5907-6.6415-29.868
36.79662.13680.15118.91892.69417.76580.0960.6855-0.3887-0.27710.0935-1.330.04881.1559-0.12970.29580.07160.00940.72670.04190.5773-38.3082-13.7802-15.3882
49.39373.5153-4.06682.0421-6.50625.7016-0.10160.3513-0.9718-0.36940.0083-1.4130.1875-0.05430.13730.5533-0.01560.07560.3729-0.05180.6718-40.2032-20.3817-8.5716
57.31260.43532.20849.70365.50098.812-0.12070.95090.4656-0.4939-0.2264-1.7326-0.98130.70920.28860.3497-0.0925-0.04680.61530.23810.5769-40.0267-4.2283-16.0636
68.33948.18523.86912.04612.66329.92150.29360.17510.20631.228-0.244-0.56310.05420.7553-0.10230.30280.0462-0.04950.3835-0.05110.3629-44.4678-7.8423-3.9607
72.0254-8.28254.42557.2725-5.5425.1713-0.1159-2.010.26971.43870.51150.15711.2634-0.076-0.29550.82370.0354-0.01190.5260.0970.448-53.2426-12.8525-1.1921
89.58150.26830.64316.02675.63345.2251-0.1360.5339-0.0558-0.9498-0.02850.2257-0.16980.22420.19770.41360.0434-0.02390.22080.0470.2068-55.1913-12.7365-14.3781
97.9413-1.6009-0.647.715-0.9682.5710.11970.4024-0.5224-0.6001-0.0077-0.5160.48730.4385-0.14820.35410.0707-0.04140.3576-0.06390.2635-46.8249-17.1529-13.3353
102.2164-0.41681.00582.03576.63294.951-0.65862.131.6134-1.2448-0.4144-0.6511-1.02621.68451.39410.54320.0924-0.06080.84230.33080.6258-52.5031-5.6048-20.6461
114.9965.3736-0.63872.0275-2.27093.3182-0.31871.1168-0.641-2.9913-0.0903-0.13460.6627-0.23350.28160.7628-0.04780.02580.8566-0.17210.3552-69.5323-5.209-49.7873
124.54620.24350.52534.005-1.60733.57850.18120.3697-0.044-0.03420.0361-0.2186-0.42220.433-0.27750.2934-0.03660.05330.3956-0.01010.2653-61.88443.4703-40.1526
137.14425.5824-2.62637.2818-2.17052.830.25020.0631-0.65340.2476-0.0196-0.3248-0.10030.2811-0.18750.31290.0321-0.07470.2981-0.05770.2932-70.6333-9.1642-36.6155
146.99758.02531.04398.53841.44391.24420.7251-0.55150.72981.5296-0.70890.8586-0.0213-0.0521-0.03410.3107-0.05860.03240.3009-0.04430.2709-77.01854.991-32.2194
159.1855-4.8652-3.07782.00695.95397.1005-0.2758-0.82360.73521.26370.44040.85440.57470.2463-0.18050.6237-0.0940.22760.3152-0.07860.5115-70.708523.8924-24.7162
161.5785-0.9158-0.46641.63771.9182.57770.58250.28921.11080.0549-0.1836-0.2022-0.71330.3994-0.21110.25-0.910.6947-0.49370.18591.2397-64.62434.9572-27.7285
172.01382.43783.75272.0165-1.90824.17130.7062-0.20232.11181.11620.44310.0806-1.52070.8294-0.90940.8044-0.22850.3640.5428-0.1210.9512-54.045532.0524-34.28
182.0441-1.00116.79512.02911.29178.96930.67070.72582.1951-0.2025-0.4104-0.4613-2.0451-0.0423-0.26680.62970.07270.35210.69890.06441.1961-48.261229.3059-36.1604
191.783-0.83371.79094.3067-2.59163.9891-0.02730.62761.2373-0.03610.0819-0.1016-1.0113-0.26250.00310.829-0.01240.33920.35840.29171.0673-65.306535.3235-35.1163
204.3895-3.6753-4.34384.0842.56265.24860.1248-0.45690.42490.3920.14860.1671-0.38160.6227-0.26850.3792-0.11890.02140.3426-0.00840.5943-55.817721.6476-30.1222
218.0809-6.23930.5386.9781-2.07763.23480.50510.97691.925-0.4958-0.1448-0.62120.3125-0.3239-0.26570.4385-0.04870.12790.33330.17590.7018-57.808626.3163-42.6547
221.0478-0.55582.2416.6879-1.47124.41910.0911.38580.8089-3.00070.73080.315-0.22140.3986-0.5950.7839-0.1740.17720.57420.34190.7461-66.574725.5968-48.7606
230.7552-0.5312-0.31687.66866.28035.1182-0.856-0.2741-0.56041.0819-0.19161.64821.047-0.10081.11250.4470.01170.16870.4980.25680.9736-76.071520.7818-36.1181
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385.41090.5952-4.35338.69376.12358.5247-0.69580.2804-1.6428-0.898-0.75920.75491.73280.06620.94430.80190.1579-0.19440.3968-0.37461.2242-55.8522-35.3491-21.1131
398.04544.8568-7.15754.5208-4.17918.2337-0.17630.8557-1.8298-0.33820.62440.831.3685-0.7286-0.18780.6599-0.0219-0.29120.42260.13331.2325-75.1939-38.2531-19.0103
405.05842.08962.86240.85891.18342.23770.15980.5341-0.6478-0.62480.0460.25420.17950.4517-0.16830.55060.1275-0.16390.3315-0.15750.6003-62.3574-27.7415-24.2771
414.84780.991-0.3383.2838-0.57432.75710.5443-1.1768-2.0290.62870.3006-0.0750.00620.4159-0.45490.67040.1029-0.44930.15950.36221.0721-66.314-32.1725-11.453
426.65226.5538-4.81376.9415-3.98774.46681.4126-1.5403-1.28221.5902-0.1816-0.08480.59550.0762-0.79490.8631-0.2561-0.22610.59350.36490.7825-73.5983-26.6218-5.2932
432.26570.64360.07785.10451.13622.51590.44920.0156-0.8184-0.1283-0.08090.67520.5854-0.223-0.33150.46030.0022-0.18660.21850.05850.6132-75.3629-24.1608-18.4786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 56 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 57 through 89 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 9 through 16 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 17 through 30 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 31 through 45 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 46 through 54 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 55 through 74 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 75 through 92 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 93 through 98 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 3 through 11 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 12 through 28 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 29 through 43 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 44 through 56 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 57 through 67 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 68 through 76 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 77 through 84 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 85 through 92 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 9 through 16 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 17 through 30 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 31 through 45 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 46 through 54 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 55 through 66 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 67 through 92 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 93 through 98 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 1 through 28 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 29 through 56 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 57 through 88 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 9 through 16 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 17 through 30 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 31 through 74 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 75 through 98 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 1 through 11 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 12 through 43 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 44 through 56 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 57 through 76 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 77 through 84 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 85 through 89 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 9 through 16 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 17 through 30 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 31 through 46 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 47 through 54 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 55 through 98 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る