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- PDB-9le8: Coordinates of Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana C2S2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9le8
タイトルCoordinates of Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana C2S2M2-type PSII supercomplex
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 4
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 2
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 13
  • (thale cress) hypothetical protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem II / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / nonphotochemical quenching / chloroplast stromal thylakoid / plastoglobule / response to high light intensity / thylakoid membrane / regulation of stomatal movement / chloroplast thylakoid ...photosynthesis, light harvesting in photosystem II / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / nonphotochemical quenching / chloroplast stromal thylakoid / plastoglobule / response to high light intensity / thylakoid membrane / regulation of stomatal movement / chloroplast thylakoid / thylakoid / vacuolar transport / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / response to abscisic acid / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / photosystem II / response to herbicide / plastid / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / chloroplast / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / protein domain specific binding / mRNA binding / heme binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Snf7 family / Snf7 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily ...Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Snf7 family / Snf7 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Chem-XAT / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / (thale cress) hypothetical protein / Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II protein D1 / Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Chen, S.J.B. / Wu, C. / Wu, J.H. / Sui, S.F. / Zhang, L.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coordinates of Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana C2S2M2-type PSII supercomplex
著者: Chen, S.J.B. / Wu, C. / Wu, J.H. / Sui, S.F. / Zhang, L.X.
履歴
登録2025年1月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
9: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
0: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
AA: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
AB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
AC: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
AD: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
AE: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
AF: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
J: Photosystem II protein D1
O: Photosystem II CP47 reaction center protein
P: Photosystem II CP43 reaction center protein
Q: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
V: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
j: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
K: Photosystem II reaction center protein K
o: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
p: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
q: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
v: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
AG: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
W: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
X: (thale cress) hypothetical protein
AH: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
AI: Photosystem II reaction center protein Z
AJ: Photosystem II protein D1
AK: Photosystem II CP47 reaction center protein
AL: Photosystem II CP43 reaction center protein
AM: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
AN: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
AO: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
k: Photosystem II reaction center protein K
AP: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
AQ: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
AR: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
AS: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
AT: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
w: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
x: (thale cress) hypothetical protein
AU: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
AV: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,323,339494
ポリマ－959,08450
非ポリマー364,255444
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 2種, 6分子 9AAACAEABAF

#1: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 28193.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A654EYS2
#3: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23198.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A178WK60

-
Chlorophyll a-b binding protein ... , 4種, 12分子 0ADVpAHANAQAUqARvAS

#2: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Light-harvesting chlorophyll B-binding protein 3 / LHCB3*1 / Lhcb3


分子量: 26452.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9S7M0
#10: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Chlorophyll a-b protein 140 / CAB-140 / LHCII type I CAB-1


分子量: 24885.072 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P04778
#16: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic / LHCB4.1 / LHCII protein 4.1


分子量: 27302.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q07473
#17: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic / LHCB5 / LHCIIc / Light-harvesting complex II protein 5


分子量: 25232.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9XF89

-
Photosystem II ... , 13種, 26分子 JAJOAKPALQAMjAOIiKkoAPMmAGATUuWwAIAV

#4: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 38830.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P83755, photosystem II
#5: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56091.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56777
#6: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 50086.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56778
#7: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39444.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56761, photosystem II
#11: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein


分子量: 7575.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56780
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 4170.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P62100
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 4239.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56782
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4471.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P60129
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3783.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P62109
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3825.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P61839
#19: タンパク質・ペプチド Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / PSII-T / Nuclear encoded psbT / PsbTn


分子量: 3178.810 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q39195
#20: タンパク質 Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein


分子量: 6036.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q39194
#22: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6569.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56790

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#8: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9393.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56779
#9: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4428.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P62095

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 11分子 Xx

#21: タンパク質・ペプチド (thale cress) hypothetical protein


分子量: 4186.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A7G2E9B1
#35: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 15種, 435分子

#23: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#24: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#25: 化合物...
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#26: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#27: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#28: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#29: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#31: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#32: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#33: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#34: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#36: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#37: 化合物 ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#38: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem II(PSII-LHCII-ST2)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#22 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38544 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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