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- PDB-9ld7: The capsid of mature phage N4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ld7
タイトルThe capsid of mature phage N4
要素
  • 32 kDa protein
  • Major capsid protein
キーワードVIRUS / Complex
機能・相同性viral capsid / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 32 kDa protein / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage N4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Liu, H. / Chen, W.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32430020 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071209 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200994 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32401014 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271329 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071262 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The capsid of mature phage N4
著者: Liu, H. / Chen, W.
履歴
登録2025年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
E: 32 kDa protein
G: 32 kDa protein
H: Major capsid protein
B: Major capsid protein
J: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
I: Major capsid protein
F: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: 32 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)484,29112
ポリマ－484,29112
非ポリマー00
水00
1
A: Major capsid protein
E: 32 kDa protein
G: 32 kDa protein
H: Major capsid protein
B: Major capsid protein
J: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
I: Major capsid protein
F: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: 32 kDa protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,057,463720
ポリマ－29,057,463720
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Major capsid protein
E: 32 kDa protein
G: 32 kDa protein
H: Major capsid protein
B: Major capsid protein
J: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
I: Major capsid protein
F: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: 32 kDa protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.42 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,421,45560
ポリマ－2,421,45560
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Major capsid protein
E: 32 kDa protein
G: 32 kDa protein
H: Major capsid protein
B: Major capsid protein
J: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
I: Major capsid protein
F: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: 32 kDa protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 2.91 MDa, 72 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,905,74672
ポリマ－2,905,74672
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Major capsid protein / Gene product 56 / gp56 / Major head protein


分子量: 44074.816 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage N4 (ファージ) / 参照: UniProt: Q859Q5
#2: タンパク質 32 kDa protein / gp17


分子量: 29205.900 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage N4 (ファージ) / 参照: UniProt: A0MZA7
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Escherichia phage N4 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia phage N4 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 32 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18940 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.4 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00334611
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53946926
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4254761
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0445391
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0066042

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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