PDB-9lbw: HBcAg in complex with Fab mAb40

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lbw

タイトル

HBcAg in complex with Fab mAb40

要素

Capsid protein
Heavy chain of Fab mAb40
Light chain of Fab mAb40

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Antigen-antibody complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å

データ登録者

Chen, S.L.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, China)	82322034	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82172047	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82270480	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: PD-1 Blockade Unleashes Local Anti-Hepatitis B Virus Humoral Immunity Targeting Recurrent Hepatocellular Carcinoma
著者: Kuang, M. / Chen, S.L.

履歴

登録	2025年1月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年1月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月7日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月7日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月7日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月7日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年1月7日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lbw.cif.gz	122.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lbw.ent.gz	87.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/9lbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/9lbw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	62957MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (3)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

H: Heavy chain of Fab mAb40

L: Light chain of Fab mAb40

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5 分子量: 21146.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7D7J7F9
#2: 抗体	Heavy chain of Fab mAb40 分子量: 52175.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	Light chain of Fab mAb40 分子量: 25848.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: HBcAg in complex with Fab mAb40 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)	生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 249011 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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