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- PDB-9l9b: The crystal structure of human RyR3 Repeat12 domain in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l9b
タイトルThe crystal structure of human RyR3 Repeat12 domain in complex with Dantrolene and ADP
要素Ryanodine receptor 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Repeat12 domain / dantranlene / ADP / ryanodine receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-induced calcium release activity / cellular response to magnesium ion / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cellular response to caffeine / cellular response to ATP / intracellularly gated calcium channel activity / smooth endoplasmic reticulum / Ion homeostasis / release of sequestered calcium ion into cytosol ...calcium-induced calcium release activity / cellular response to magnesium ion / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cellular response to caffeine / cellular response to ATP / intracellularly gated calcium channel activity / smooth endoplasmic reticulum / Ion homeostasis / release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium channel complex / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to calcium ion / sarcolemma / calcium ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Ryanodine receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Hadiatullah, H. / Lin, L. / Yuchi, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for the Modulation of Ryanodine Receptor by Dantrolene and Azumolene
著者: Hadiatullah, H. / Lin, L. / Yuchi, Z.
履歴
登録2024年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ryanodine receptor 3
D: Ryanodine receptor 3
C: Ryanodine receptor 3
A: Ryanodine receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4578
ポリマ－99,9744
非ポリマー1,4834
水28816
1
B: Ryanodine receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7353
ポリマ－24,9941
非ポリマー7412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
2
D: Ryanodine receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9941
ポリマ－24,9941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13310 Å2
手法PISA
3
C: Ryanodine receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9941
ポリマ－24,9941
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
4
A: Ryanodine receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7353
ポリマ－24,9941
非ポリマー7412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.043, 61.855, 279.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Ryanodine receptor 3 / RYR-3 / RyR3 / Brain ryanodine receptor-calcium release channel / Brain-type ryanodine receptor / ...RYR-3 / RyR3 / Brain ryanodine receptor-calcium release channel / Brain-type ryanodine receptor / Type 3 ryanodine receptor


分子量: 24993.588 Da / 分子数: 4 / 断片: Repeat12 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RYR3, HBRR
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q15413
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-U1C / Dantrolene / 1-[(Z)-{[5-(4-nitrophenyl)furan-2-yl]methylidene}amino]imidazolidine-2,4-dione


分子量: 314.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.6M sodium acetate trihydrate, 18% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→144.03 Å / Num. obs: 26792 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.203 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.789 / Num. unique obs: 3841 / CC1/2: 0.657 / Rpim(I) all: 0.34 / Rrim(I) all: 0.898 / Χ2: 0.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.84→139.6 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 --
obs0.281 25119 95.43 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→139.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5687 0 100 16 5803

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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