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- PDB-9l8k: Rhodothermus marines cellobiose 2-epimerase RmCE in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l8k
タイトルRhodothermus marines cellobiose 2-epimerase RmCE in complex with mannobiitol
要素Cellobiose 2-epimerase
キーワードISOMERASE / cellobiose 2-epimerase / mannobiitol / epimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase/Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / D-MANNITOL / PHOSPHATE ION / Cellobiose 2-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodothermus marinus JCM 9785 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Saburi, W. / Muto, H. / Jaito, N. / Kato, K. / Yu, J. / Yao, M. / Mori, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2025
タイトル: Biochemical and structural analysis of the mechanism for the catalysis and specificity of cellobiose 2-epimerase from Rhodothermus marinus.
著者: Saburi, W. / Muto-Fukiya, H. / Jaito, N. / Kato, K. / Yu, J. / Yao, M. / Mori, H.
履歴
登録2024年12月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiose 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8795
ポリマ－47,3861
非ポリマー4934
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.842, 87.192, 93.713
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Cellobiose 2-epimerase / CE


分子量: 47386.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: H36P conflict: error in database
由来: (組換発現) Rhodothermus marinus JCM 9785 (バクテリア)
遺伝子: ce / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8WRK9, cellobiose epimerase
#3: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 246分子

#2: 化合物 ChemComp-MTL / D-MANNITOL / マンニト-ル


分子量: 182.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10 mM mannobiitol, 48 mM NaCl, 100 mM sodium acetate buffer (pH 4.5), 1.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 38532 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.68 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.15
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / Num. unique obs: 6093 / CC1/2: 0.749

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998: ???精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WKF

3wkf


解像度: 1.7→46.856 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2014 1921 -
Rwork0.1653 --
obs0.1671 38514 99.93 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3314 0 29 243 3586

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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