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- PDB-9l6x: Crystal structure of the L7Ae derivative protein LS4 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l6x
タイトルCrystal structure of the L7Ae derivative protein LS4 in complex with its co-evolved target CS1 RNA
要素
  • CS1 RNA
  • Large ribosomal subunit protein eL8
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosome biogenesis / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein eL8
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Teramoto, T. / Nakashima, M. / Fukunaga, K. / Yokobayashi, Y. / Kakuta, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K15701 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into lab-coevolved RNA-RBP pairs and applications of synthetic riboswitches in cell-free system.
著者: Fukunaga, K. / Teramoto, T. / Nakashima, M. / Ohtani, T. / Katsuki, R. / Matsuura, T. / Yokobayashi, Y. / Kakuta, Y.
履歴
登録2024年12月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large ribosomal subunit protein eL8
B: CS1 RNA
C: Large ribosomal subunit protein eL8
D: CS1 RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9847
ポリマ－49,9114
非ポリマー733
水3,999222
1
A: Large ribosomal subunit protein eL8
B: CS1 RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0285
ポリマ－24,9552
非ポリマー733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area11480 Å2
手法PISA
2
C: Large ribosomal subunit protein eL8
D: CS1 RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9552
ポリマ－24,9552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.870, 91.880, 61.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL8 / 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 13208.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / VC-16) (古細菌)
遺伝子: rpl7ae, AF_0764 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O29494
#2: RNA鎖 CS1 RNA


分子量: 11747.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4% Tacsimate, pH 4.0, 12% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 34786 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 11.35
反射 シェル解像度: 1.89→1.99 Å / Num. unique obs: 5390 / CC1/2: 0.539 / Rrim(I) all: 1.785

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BW0

4bw0


解像度: 1.89→45.94 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 1992 5.74 %
Rwork0.1986 --
obs0.2009 34734 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→45.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1768 1558 3 222 3551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0351106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.940.35381420.32862358X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.990.31381440.30732318X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.050.33191360.27862348X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.110.31711390.25952301X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.190.28191430.252343X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.280.27821370.2392327X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.380.28771520.23082305X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.510.28331380.23122342X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.660.30011440.22932342X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.870.29791410.22582344X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.160.24711450.21242346X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.610.24911420.17912332X-RAY DIFFRACTION100
3.62-4.550.18151430.15922355X-RAY DIFFRACTION100
4.55-45.940.16451460.14412381X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.8298 Å / Origin y: -17.602 Å / Origin z: 16.8212 Å
111213212223313233
T0.1554 Å20.002 Å20.0306 Å2-0.1797 Å2-0.0325 Å2--0.1579 Å2
L0.5335 °2-0.5208 °20.2903 °2-1.47 °2-0.6213 °2--0.69 °2
S-0.0282 Å °0.0167 Å °-0.014 Å °0.0453 Å °0.0093 Å °-0.0827 Å °-0.0146 Å °0.0331 Å °0.0112 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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