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- PDB-9l5u: Papain-like cysteine protease toxin/immunity pair -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l5u
タイトルPapain-like cysteine protease toxin/immunity pair
要素
  • Cpi1
  • DUF4150 domain-containing protein
キーワードTOXIN / Papain-like cysteine protease / toxin/immunity pair
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase activity / proteolysis / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Tox-PAAR-like domain / Toxin PAAR-like domain / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF4150 domain-containing protein / Aec11
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli DSM 30083 = JCM 1649 = ATCC 11775 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Chen, P.-P. / Hsia, K.-C. / Ting, S.-Y. / Chen, Y.-C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2025
タイトル: An interbacterial cysteine protease toxin inhibits cell growth by targeting type II DNA topoisomerases GyrB and ParE.
著者: Song, P.Y. / Tsai, C.E. / Chen, Y.C. / Huang, Y.W. / Chen, P.P. / Wang, T.H. / Hu, C.Y. / Chen, P.Y. / Ku, C. / Hsia, K.C. / Ting, S.Y.
履歴
登録2024年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF4150 domain-containing protein
B: DUF4150 domain-containing protein
C: Cpi1
D: Cpi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1124
ポリマ－56,1124
非ポリマー00
水5,405300
1
A: DUF4150 domain-containing protein
C: Cpi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0562
ポリマ－28,0562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11160 Å2
手法PISA
2
B: DUF4150 domain-containing protein
D: Cpi1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0562
ポリマ－28,0562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.137, 104.137, 128.709
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-252-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DUF4150 domain-containing protein / Filamentous hemagglutinin family outer membrane protein


分子量: 17271.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cpe1
由来: (組換発現) Escherichia coli DSM 30083 = JCM 1649 = ATCC 11775 (大腸菌)
遺伝子: xmtU, D3C88_22085, IFC14_004794, NCTC9001_00711 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E2QG14
#2: タンパク質 Cpi1 / Aec11


分子量: 10784.638 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli DSM 30083 = JCM 1649 = ATCC 11775 (大腸菌)
遺伝子: aec11, xmtV, B6R31_003793, BK383_27470, BvCmsNSP007_02591, D3C88_22090, IFC14_004793, NCTC9001_00710
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TKV7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: magnesium formate, sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月29日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→29.49 Å / Num. obs: 85800 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 31.03 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / Num. unique obs: 5359 / CC1/2: 0.935

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000v7.22データ削減
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.87→29.49 Å / SU ML: 0.1574 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.4249
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1971 2963 3.45 %
Rwork0.1713 82837 -
obs0.1722 85800 77.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→29.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3588 0 0 300 3888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00843662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96794958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7529483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.90.2536830.26512329X-RAY DIFFRACTION45.27
1.9-1.940.2951920.23962581X-RAY DIFFRACTION50.49
1.94-1.970.234950.21982675X-RAY DIFFRACTION51.86
1.97-2.010.2446940.20692667X-RAY DIFFRACTION52.38
2.01-2.050.1851970.19942714X-RAY DIFFRACTION53.15
2.05-2.090.2219980.20262792X-RAY DIFFRACTION54.45
2.09-2.140.19151070.19332916X-RAY DIFFRACTION56.93
2.14-2.20.21111080.18243089X-RAY DIFFRACTION60.11
2.2-2.260.18041150.183242X-RAY DIFFRACTION63.64
2.26-2.320.18341280.16273542X-RAY DIFFRACTION69.23
2.32-2.40.19011520.16694033X-RAY DIFFRACTION78.69
2.4-2.480.21561680.16764702X-RAY DIFFRACTION91.92
2.48-2.580.22381760.17875096X-RAY DIFFRACTION99.38
2.58-2.70.17911830.185103X-RAY DIFFRACTION99.96
2.7-2.840.21471790.18125107X-RAY DIFFRACTION99.98
2.84-3.020.20531850.185140X-RAY DIFFRACTION99.96
3.02-3.250.18331860.18115126X-RAY DIFFRACTION99.94
3.25-3.580.21181820.16815101X-RAY DIFFRACTION99.83
3.58-4.10.18221840.14825077X-RAY DIFFRACTION99.47
4.1-5.160.1471830.13155040X-RAY DIFFRACTION98.53
5.16-29.490.22971680.18244765X-RAY DIFFRACTION92.88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.75761908752 Å / Origin y: 18.3110427141 Å / Origin z: 12.1093853548 Å
111213212223313233
T0.1151291757 Å2-0.0242983236816 Å20.017051385757 Å2-0.164879710727 Å20.0201900567198 Å2--0.125646910973 Å2
L0.54077243905 °2-0.373294037209 °2-0.401103385242 °2-1.26066226309 °20.613247850818 °2--1.22424108915 °2
S-0.0965600455655 Å °-0.03630011493 Å °-0.102266120551 Å °0.271993671572 Å °0.0768400555686 Å °0.0913915365752 Å °0.203084069815 Å °-0.0168791461899 Å °-0.00805392343686 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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