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- PDB-9l55: Plastid Localized Exonuclease 1 (D249A) complexed with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l55
タイトルPlastid Localized Exonuclease 1 (D249A) complexed with DNA
要素
  • 5'-3' exonuclease family protein
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
キーワードPLANT PROTEIN/DNA / Exonuclease / PLANT PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, Okazaki fragment processing / 5'-flap endonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / 5'-3' exonuclease family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Shi, G. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32425006 中国
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2025
タイトル: PEN1 catalyses RNA primer removal during plastid DNA replication in maize.
著者: Huang, X. / Shi, G. / Xiao, Q. / Feng, J. / Huang, Y. / Shi, H. / Wang, Q. / Su, Y. / Wang, J. / Wu, X. / Cao, Y. / Wang, H. / Wang, W. / Zhang, Y. / Wu, Y.
履歴
登録2024年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-3' exonuclease family protein
B: 5'-3' exonuclease family protein
E: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*T)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4789
ポリマ－84,3805
非ポリマー974
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.450, 104.400, 117.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 5'-3' exonuclease family protein / Plastid Localized Exonuclease 1 / DNA polymerase I


分子量: 36697.551 Da / 分子数: 2 / 変異: D249A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expression using the pET28a-His-SUMOstar plasmid.Deleted the first 91 amino acids of the original sequence and the D249 mutation became A249(the deleted sequence was the signal peptide).
由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: LOC100285516, ZEAMMB73_Zm00001d047988 / プラスミド: pET28a-His-SUMOstar / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: B4FJZ1

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 EFG

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*T)-3')


分子量: 5379.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量: 3099.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*A)-3')


分子量: 2506.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 50分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.87 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M MgCl2, 0.05 M Sodium cacodylate pH 6.5, 10% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月20日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→30.38 Å / Num. obs: 51965 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.87→2.94 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 1.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 26697 / CC1/2: 0.739 / Rpim(I) all: 0.647 / Rsym value: 1.69 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
xia2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.87→30.38 Å / SU ML: 0.4526 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.7262
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3151 3739 7.2 %
Rwork0.2687 48226 -
obs0.272 51965 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 97.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→30.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4452 741 4 46 5243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00725371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10117445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0901871
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.99091996
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.87-2.910.36421390.38811788X-RAY DIFFRACTION99.23
2.91-2.940.35751210.37251812X-RAY DIFFRACTION99.69
2.94-2.980.37151510.38321800X-RAY DIFFRACTION98.99
2.98-3.030.34561500.361788X-RAY DIFFRACTION99.49
3.03-3.070.46161230.35181789X-RAY DIFFRACTION99.12
3.07-3.120.37961730.35091703X-RAY DIFFRACTION98.84
3.12-3.170.38721340.34681806X-RAY DIFFRACTION99.18
3.17-3.230.41241180.30941822X-RAY DIFFRACTION99.03
3.23-3.280.34881360.29561759X-RAY DIFFRACTION99.16
3.29-3.350.33971390.28091796X-RAY DIFFRACTION98.83
3.35-3.420.36241300.2861782X-RAY DIFFRACTION98.96
3.42-3.490.36861360.29721780X-RAY DIFFRACTION99.69
3.49-3.570.34671540.30231776X-RAY DIFFRACTION98.87
3.57-3.660.36141330.27531775X-RAY DIFFRACTION99.17
3.66-3.760.37451480.29621769X-RAY DIFFRACTION99.17
3.76-3.870.33761310.28771793X-RAY DIFFRACTION99.48
3.87-3.990.30021370.26691801X-RAY DIFFRACTION99.85
3.99-4.140.31831490.25761766X-RAY DIFFRACTION99.69
4.14-4.30.27871300.2331793X-RAY DIFFRACTION99.38
4.3-4.50.27711420.22381806X-RAY DIFFRACTION99.49
4.5-4.730.27411240.23521809X-RAY DIFFRACTION100
4.73-5.030.35541500.24031779X-RAY DIFFRACTION100
5.03-5.410.28461340.27421804X-RAY DIFFRACTION99.9
5.42-5.960.31421310.29511798X-RAY DIFFRACTION99.84
5.96-6.810.35721430.2831803X-RAY DIFFRACTION99.9
6.81-8.540.29251470.25251786X-RAY DIFFRACTION99.95
8.55-30.380.22131360.21721743X-RAY DIFFRACTION97.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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