PDB-9l50: The ring expansion oxygenase SpoC in complex with Mn and N-oxalyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9l50

タイトル

The ring expansion oxygenase SpoC in complex with Mn and N-oxalylglycine (NOG)

要素

ring expansion oxygenase SpoC

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ring expansion / Structural basis / Non-heme iron enzymes / Tropolone biosynthesis / Radical rearrangements

機能・相同性

: / N-OXALYLGLYCINE

機能・相同性情報

生物種

Sporormiella sp. (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Liu, M. / He, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of the ring expansion oxygenase SpoC
著者: Liu, M. / He, X.

履歴

登録	2024年12月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9l50.cif.gz	287.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9l50.ent.gz	227.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9l50.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/9l50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/9l50	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9l51C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ring expansion oxygenase SpoC

B: ring expansion oxygenase SpoC

ヘテロ分子

82.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ring expansion oxygenase SpoC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ring expansion oxygenase SpoC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.412, 84.297, 104.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	ring expansion oxygenase SpoC 分子量: 41072.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sporormiella sp. (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE 分子量: 147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.45 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 19% (w/v) PEG 3350, 100 mM sodium citrate, 100 mM Hepes

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 61974 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 28.4 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.85→1.96 Å / Num. unique obs: 9825 / CC_1/2: 0.594 / R_pim(I) all: 0.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→39.07 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2723	3068	4.95 %
R_work	0.2331	-	-
obs	0.2351	61945	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4954	0	40	556	5550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5173
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.888	7027
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.958	1940
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	747
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	927

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.88	0.3672	124	0.3326	2569	X-RAY DIFFRACTION	97
1.88-1.91	0.3491	148	0.3048	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.3326	133	0.28	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.98	0.3152	174	0.2612	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.01	0.3079	124	0.2487	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.3134	135	0.2427	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.2297	136	0.2386	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.15	0.293	126	0.241	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.2	0.3253	151	0.2318	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.26	0.2897	132	0.2314	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.33	0.2639	128	0.2372	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.4	0.322	128	0.2398	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.49	0.3068	140	0.2329	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.59	0.274	123	0.2423	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.71	0.267	113	0.2367	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.85	0.2897	144	0.2455	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.03	0.2739	142	0.2428	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.26	0.2601	125	0.2392	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.59	0.2618	157	0.2241	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-4.11	0.2598	158	0.2108	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-5.17	0.2439	148	0.2067	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
5.17-39.07	0.2544	179	0.2358	2850	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.0331 Å / Origin y: -0.5435 Å / Origin z: 7.4755 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2543 Å²	0.0101 Å²	-0.0048 Å²	-	0.159 Å²	0.0098 Å²	-	-	0.2236 Å²
L	1.384 °²	0.0939 °²	-0.3977 °²	-	0.0927 °²	-0.0264 °²	-	-	0.5366 °²
S	-0.0289 Å °	-0.0322 Å °	-0.054 Å °	0.0075 Å °	0.0087 Å °	-0.0052 Å °	0.0322 Å °	0.0107 Å °	0.0201 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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