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- PDB-9l4j: Structure of mouse SCMCcore complex contain ZBED3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l4j
タイトルStructure of mouse SCMCcore complex contain ZBED3
要素
  • Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
  • Oocyte-expressed protein homolog
  • Transducin-like enhancer protein 6
  • Zinc finger BED domain-containing protein 3
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


subcortical maternal complex / establishment of organelle localization / protein storage / structural constituent of cytoplasmic lattice / cytoplasmic lattice / cortical granule exocytosis / endoplasmic reticulum localization / ooplasm / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / spermatogonial cell division ...subcortical maternal complex / establishment of organelle localization / protein storage / structural constituent of cytoplasmic lattice / cytoplasmic lattice / cortical granule exocytosis / endoplasmic reticulum localization / ooplasm / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / spermatogonial cell division / cortical granule / positive regulation of meiotic nuclear division / apical cortex / positive regulation of embryonic development / regulation of RNA stability / regulation of establishment of protein localization / mitochondrion localization / embryonic pattern specification / flagellated sperm motility / establishment of spindle localization / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / fertilization / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of double-strand break repair / exocytosis / replication fork processing / regulation of cell division / response to glucose / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / sperm midpiece / positive regulation of neuron differentiation / embryo implantation / actin filament organization / animal organ morphogenesis / response to insulin / regulation of protein stability / Wnt signaling pathway / apical part of cell / intracellular protein localization / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of protein localization / protein-containing complex assembly / cell cortex / spermatogenesis / in utero embryonic development / protein stabilization / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc finger BED domain-containing protein 2/3 / BED zinc finger / KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain ...Zinc finger BED domain-containing protein 2/3 / BED zinc finger / KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / K Homology domain, type 1 superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Oocyte-expressed protein homolog / Zinc finger BED domain-containing protein 3 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / Transducin-like enhancer protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ou, G.J. / Liu, Q.T. / Jiao, H.Z. / Han, Z. / Li, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82401959 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural assembly of the subcortical maternal complex SCMC
著者: Ou, G.J. / Liu, Q.T.
履歴
登録2024年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
B: Transducin-like enhancer protein 6
D: Oocyte-expressed protein homolog
E: Zinc finger BED domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,0665
ポリマ－174,0004
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / Maternal antigen that embryos require / Mater protein / Ooplasm-specific protein 1 / OP1


分子量: 109296.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His-tagged the full-length MATER / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nlrp5, Mater, Nalp5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9R1M5
#2: タンパク質 Transducin-like enhancer protein 6 / Groucho-related protein 6


分子量: 47967.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tle6, Grg6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVB3
#3: タンパク質 Oocyte-expressed protein homolog / Factor located in oocytes permitting embryonic development / Floped / Oocyte- and embryo-specific ...Factor located in oocytes permitting embryonic development / Floped / Oocyte- and embryo-specific protein 19 / mOEP19 / STAT3 downstream gene and differentiation regulator


分子量: 10252.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ooep, Oep19, Sddr
発現宿主: Spodoptera frugiperda granulovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q9CWE6
#4: タンパク質 Zinc finger BED domain-containing protein 3 / Axin-interacting protein


分子量: 6483.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Zbed3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9D0L1
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mouse SCMCcore complex contains mZBED3 / タイプ: COMPLEX
詳細: the virus of MATER-mTLE6-FLOPED-mZBED3 were co-transfected to Spodoptera frugiperda cell and the complex were purified by His-MATER
Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 229.09 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl,5 mM DTT
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
225 mMTris(hydroxymethyl)aminomethaneTris1
35 mMDithiothreitolDTT1
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Vitrification carried out in argon atmosphere

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 51.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1993029 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00411516
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4915591
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.3691513
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391789
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041965

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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