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- PDB-9l49: Crystal structure of HLA-C*12:03-RV9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l49
タイトルCrystal structure of HLA-C*12:03-RV9
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Toll-like receptor 9
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-C*12:03 / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to chloroquine / positive regulation of intestinal epithelial cell development / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / detection of molecule of bacterial origin / cellular response to metal ion / regulation of B cell differentiation / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / endolysosome / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / regulation of dendritic cell cytokine production ...cellular response to chloroquine / positive regulation of intestinal epithelial cell development / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / detection of molecule of bacterial origin / cellular response to metal ion / regulation of B cell differentiation / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / endolysosome / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / regulation of dendritic cell cytokine production / maintenance of gastrointestinal epithelium / positive regulation of B cell activation / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / positive regulation of interleukin-18 production / unmethylated CpG binding / toll-like receptor 9 signaling pathway / siRNA binding / early phagosome / endolysosome membrane / interleukin-1 receptor binding / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of immunoglobulin production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of interleukin-10 production / PI3K Cascade / canonical NF-kappaB signal transduction / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of chemokine production / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of autophagy / positive regulation of interferon-beta production / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of interleukin-8 production / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / positive regulation of JNK cascade / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / microglial cell activation / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / male gonad development / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of inflammatory response / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / cellular response to lipopolysaccharide / protein refolding / early endosome membrane
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat unit / Leucine-rich repeat / TIR domain / Leucine Rich repeat / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeats, bacterial type / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily ...Leucine-rich repeat unit / Leucine-rich repeat / TIR domain / Leucine Rich repeat / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeats, bacterial type / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen / Toll-like receptor 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yang, M. / Zhong, P.L. / Wei, P.C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000611 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Biochemical and structural insights into position 97 micropolymorphisms in human leukocyte antigen (HLA)-C*12 allotypes and their differential disease associations.
著者: Yang, M. / Zhong, P. / Liu, Q. / Jiao, H. / Lei, J. / Wei, P.
履歴
登録2024年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Toll-like receptor 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4603
ポリマ－44,4603
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.309, 95.270, 119.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31703.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UV93
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11676.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Toll-like receptor 9


分子量: 1080.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR9, UNQ5798/PRO19605 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR96
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.5 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium HEPES pH7.5 2% v/v PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47.63 Å / Num. obs: 10021 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Num. unique obs: 1593 / CC1/2: 0.963 / Rpim(I) all: 0.195 / Rrim(I) all: 0.506 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→42.65 Å / SU ML: 0.3088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.4545
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 1001 9.99 %
Rwork0.2035 9015 -
obs0.2067 10016 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→42.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3115 0 0 0 3115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52884351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0386437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5364429
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.160.24621400.23781265X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.360.25321410.23661268X-RAY DIFFRACTION99.93
3.36-3.610.24241410.21521270X-RAY DIFFRACTION99.93
3.62-3.980.27321420.19471277X-RAY DIFFRACTION99.51
3.98-4.550.19531420.18411282X-RAY DIFFRACTION99.72
4.55-5.730.22211460.17611299X-RAY DIFFRACTION100
5.74-42.650.22921490.21211354X-RAY DIFFRACTION98.88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.4314560631 Å / Origin y: -17.0880756079 Å / Origin z: -32.8952905787 Å
111213212223313233
T0.0812980611305 Å20.0446565592858 Å20.012837617123 Å2-0.096402169812 Å2-0.00798512387984 Å2--0.112601108374 Å2
L0.247318625951 °20.0847104952023 °2-0.144305183774 °2-0.320460756369 °2-0.0700235778843 °2--0.466726950865 °2
S0.0297358066985 Å °0.0169598177496 Å °0.0158773826988 Å °0.00774408285532 Å °-0.00770599766057 Å °0.0254569487628 Å °-0.105473151834 Å °-0.00561018450014 Å °0.00942779509372 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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