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Yorodumi- PDB-9l3o: Crystal structure of endo-processive xyloglucanase Xeg5A from Asp... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9l3o | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of endo-processive xyloglucanase Xeg5A from Aspergillus oryzae with XXLG | ||||||
Components | Glycoside hydrolase superfamily | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Xyloglucanase / Complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationglycogen biosynthetic process / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell wall organization / cell surface / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Nakamichi, Y. / Shimada, N. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Matsuzawa, T. | ||||||
| Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2025Title: Structural insights into substrate recognition of tri-modular xyloglucanase from Aspergillus oryzae. Authors: Nakamichi, Y. / Shimada, N. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Yaoi, K. / Matsuzawa, T. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9l3o.cif.gz | 570.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9l3o.ent.gz | 391 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9l3o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9l3o_validation.pdf.gz | 3.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9l3o_full_validation.pdf.gz | 3.9 MB | Display | |
| Data in XML | 9l3o_validation.xml.gz | 55.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 9l3o_validation.cif.gz | 74.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/9l3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/9l3o | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9l3dC ![]() 9l3jC ![]() 9l3pC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||||||
| 2 | ![]()
| ||||||||||||
| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 71499.789 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Komagataella pastoris (fungus) / References: UniProt: I8IVP5 |
|---|
-Sugars , 8 types, 19 molecules 




| #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose | Type: oligosaccharide / Mass: 1092.949 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Sugar | #9: Sugar | ChemComp-NAG / #10: Sugar | |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 518 molecules 






| #7: Chemical | ChemComp-PG4 / | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| #11: Chemical | | #12: Chemical | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.73 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M sodium acetate, 20% (w/v) PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: LN2 / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 0.9 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 18, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→44.64 Å / Num. obs: 92363 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.14 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 8.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 9104 / CC1/2: 0.559 / % possible all: 97.5 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→39.84 Å / SU ML: 0.2862 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.1856 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 43.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→39.84 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
Citation


PDBj









