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- PDB-9l3o: Crystal structure of endo-processive xyloglucanase Xeg5A from Asp... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9l3o | ||||||
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Title | Crystal structure of endo-processive xyloglucanase Xeg5A from Aspergillus oryzae with XXLG | ||||||
![]() | Glycoside hydrolase superfamily | ||||||
![]() | HYDROLASE / Xyloglucanase / Complex | ||||||
Function / homology | ![]() glycogen biosynthetic process / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell wall organization / cell surface / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakamichi, Y. / Shimada, N. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Matsuzawa, T. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structural insights into substrate recognition of tri-modular xyloglucanase from Aspergillus oryzae. Authors: Nakamichi, Y. / Shimada, N. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Yaoi, K. / Matsuzawa, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 570.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 391 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 9l3dC ![]() 9l3jC ![]() 9l3pC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 71499.789 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 8 types, 19 molecules 




#2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose | Type: oligosaccharide / Mass: 1092.949 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Sugar | #9: Sugar | ChemComp-NAG / #10: Sugar | |
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-Non-polymers , 4 types, 518 molecules 






#7: Chemical | ChemComp-PG4 / | ||||
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#11: Chemical | #12: Chemical | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M sodium acetate, 20% (w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: LN2 / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 18, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→44.64 Å / Num. obs: 92363 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.14 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 9104 / CC1/2: 0.559 / % possible all: 97.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→39.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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