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- PDB-9l3c: Staphylococcus aureus lipase-Penfluridol complex (on the ground) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l3c
タイトルStaphylococcus aureus lipase-Penfluridol complex (on the ground)
要素Lipase 2
キーワードHYDROLASE / fatty acid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Lipase-like, C-terminal domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
UNDECANOIC ACID / HEXANOIC ACID / : / butanoic acid / FORMIC ACID / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / PROPANOIC ACID / HEPTANOIC ACID / triacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Kitadokoro, J. / Hirokawa, T. / Kamitani, S. / Kitadokoro, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24K10199 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: Structural analysis shows the mode of inhibition for Staphylococcus aureus lipase by antipsychotic penfluridol.
著者: Kitadokoro, J. / Hirokawa, T. / Kamo, M. / Furubayashi, N. / Okuno, Y. / Hikima, T. / Yamamoto, M. / Inaka, K. / Maenaka, K. / Kamitani, S. / Kitadokoro, K.
履歴
登録2024年12月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase 2
B: Lipase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,25435
ポリマ－91,5952
非ポリマー3,66033
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.473, 127.473, 252.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-509-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lipase 2


分子量: 45797.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: lip, BN1321_80040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U1MWF9, triacylglycerol lipase

-
非ポリマー , 13種, 79分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸


分子量: 144.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O2
#4: 化合物
ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#5: 化合物 ChemComp-A1L60 / 1-[4,4-bis(4-fluorophenyl)butyl]-4-[4-chloranyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-4-ol / Penfluridol


分子量: 523.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27ClF5NO
#6: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物
ChemComp-BUA / butanoic acid / 酪酸


分子量: 88.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 化合物 ChemComp-11A / UNDECANOIC ACID / ウンデカン酸


分子量: 186.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22O2 / コメント: 抗真菌剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-SHV / HEPTANOIC ACID / ヘプタン酸


分子量: 130.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H14O2
#13: 化合物 ChemComp-6NA / HEXANOIC ACID / ヘキサン酸


分子量: 116.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O2
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.3 % / 解説: hexagonal diamond shape
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2.8M Sodium Formate, Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 192595 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.23→2.37 Å / 冗長度: 13 % / Num. unique obs: 7034 / CC1/2: 0.457 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.23→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 13.954 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22441 5068 5 %RANDOM
Rwork0.1899 ---
obs0.19166 96088 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.23→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6048 0 234 46 6328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0126420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.678663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5751.58313642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4025762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.544530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.48210996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it19.6317.4793058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other19.5637.4733055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it26.12813.4373816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other26.08913.4333815
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it24.3748.2153362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other24.378.2173363
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other32.64514.7664848
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined37.35492.0927757
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other37.35892.0927756
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.005312350
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.233→2.291 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.473 360 -
Rwork0.476 6757 -
obs--96.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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