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- PDB-9l2k: The crystal structure of SFTSV Gn and SD22 antibody complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l2k
タイトルThe crystal structure of SFTSV Gn and SD22 antibody complex
要素
  • Envelopment polyprotein
  • SD22 heavy chain
  • SD22 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SD22 / SFTSV / Antibody / Gn / Severe fever with thrombocytopenia virus / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Shi, W.F. / Quan, C.S. / Qi, J.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32325003 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular mechanism of potently neutralizing human monoclonal antibodies against severe fever with thrombocytopenia virus infection
著者: Quan, C.S. / Qi, J.X. / Shi, W.F.
履歴
登録2024年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelopment polyprotein
H: SD22 heavy chain
L: SD22 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2425
ポリマ－85,2313
非ポリマー1,0112
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.471, 70.346, 177.469
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.177, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Envelopment polyprotein / M polyprotein


分子量: 37958.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1S6K8S9
#2: 抗体 SD22 heavy chain


分子量: 23785.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 SD22 light chain


分子量: 23487.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4 %v/v(+/-)-2-Methy1-2,4-pentanediol, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 20 % w/v Polyethylene glycol 1,500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 19950 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 12.322
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 1.299 / Num. unique obs: 16920 / CC1/2: 0.749

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.78→41.94 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 40.12 / 位相誤差: 33.1553
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3122 892 5.27 %
Rwork0.304 16028 -
obs0.3059 16920 84.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→41.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4195 0 67 0 4262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00324370
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.715914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0448634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066764
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.74961573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.960.3174560.3451353X-RAY DIFFRACTION40.8
2.96-3.190.3341110.32052304X-RAY DIFFRACTION69.19
3.19-3.510.28971450.30462886X-RAY DIFFRACTION87.77
3.51-4.020.33091430.29323200X-RAY DIFFRACTION95.1
4.02-5.060.26561700.28153138X-RAY DIFFRACTION94.04
5.06-41.940.33031880.3293226X-RAY DIFFRACTION93.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0117503286181-0.0210879149373-0.005761565820550.03290995905170.0101787965620.008222881451040.04500509894110.02740851329970.00301612785406-0.0398104444105-0.0156705789118-0.028002988780.0268842259570.02804637930010.1048644656880.08270116573830.102216242146-0.02187234401170.0875507977353-0.01341934596270.10509739699939.350.02268.706
20.00512793264634-0.002856524670860.001154103668910.0020338941853-0.002574830109310.006093965208060.0002139755904140.00185385179507-0.00039097113-0.0414940716158-0.002518036232060.0146303771220.00462555363060.007214465514680.005698129597630.3054814370080.131913436669-0.09989682978250.172425561004-0.05027544619780.1324636294522.011-4.68431.901
30.00684507438546-0.00231494158934-0.001248697289040.001967602189930.002977702690880.004876045480890.000405020898321-0.000625069799066-0.005133047-0.00347484287551-0.006795283034060.00849986645-0.0161552635916-0.0322852869815-0.0087479482250.2100205958930.151561085511-0.07474260385170.221777321074-0.05268282333860.1231824949074.971.72845.123
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 21:341 )A21 - 341
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 1:121 )H1 - 121
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN L AND RESID 1:108 )L1 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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