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- PDB-9l12: Crystal structure of Cas12h ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l12
タイトルCrystal structure of Cas12h ternary complex
要素
  • Cas12h
  • DNA (28-MER)
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*T)-3')
  • RNA (56-MER)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / RNA / DNA / Complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.81 Å
データ登録者Xiang, W. / Chen, J. / Liu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Cas12h is a crRNA-guided DNA nickase that can be utilized for precise gene editing.
著者: Xiang, W. / Lin, X. / Yang, Y. / Huang, L. / Chen, Y. / Chen, J. / Liu, L.
履歴
登録2024年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cas12h
B: DNA (28-MER)
C: DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*T)-3')
D: RNA (56-MER)
E: Cas12h
F: DNA (28-MER)
G: DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*T)-3')
H: RNA (56-MER)
I: Cas12h
J: DNA (28-MER)
K: DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*T)-3')
L: RNA (56-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,03315
ポリマ－393,96012
非ポリマー733
水00
1
A: Cas12h
B: DNA (28-MER)
C: DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*T)-3')
D: RNA (56-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,3445
ポリマ－131,3204
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16450 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area55750 Å2
手法PISA
2
E: Cas12h
F: DNA (28-MER)
G: DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*T)-3')
H: RNA (56-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,3445
ポリマ－131,3204
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17120 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area57440 Å2
手法PISA
3
I: Cas12h
J: DNA (28-MER)
K: DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*T)-3')
L: RNA (56-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,3445
ポリマ－131,3204
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16470 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area56120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.527, 155.527, 479.655
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32
13
23
14
24
34

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETASPASP(chain 'A' and (resid 1 through 124 or (resid 125...AA1 - 6651 - 665
121ARGARGLYSLYS(chain 'A' and (resid 1 through 124 or (resid 125...AA669 - 764669 - 764
131GLYGLYVALVAL(chain 'A' and (resid 1 through 124 or (resid 125...AA776 - 870776 - 870
211METMETASPASP(chain 'E' and (resid 1 through 665 or resid 669 through 765 or resid 776 through 870))EE1 - 6651 - 665
221ARGARGLYSLYS(chain 'E' and (resid 1 through 665 or resid 669 through 765 or resid 776 through 870))EE669 - 764669 - 764
231GLYGLYVALVAL(chain 'E' and (resid 1 through 665 or resid 669 through 765 or resid 776 through 870))EE776 - 870776 - 870
311METMETASPASP(chain 'I' and (resid 1 through 124 or (resid 125...II1 - 6651 - 665
321ARGARGLYSLYS(chain 'I' and (resid 1 through 124 or (resid 125...II669 - 764669 - 764
331GLYGLYVALVAL(chain 'I' and (resid 1 through 124 or (resid 125...II776 - 870776 - 870
112DADADTDTchain 'B'BB1 - 281 - 28
212DADADTDTchain 'F'FF1 - 281 - 28
312DADADTDTchain 'J'JJ1 - 281 - 28
113DADADCDC(chain 'C' and resid 1 through 11)CC1 - 111 - 11
213DADADCDCchain 'K'KK1 - 111 - 11
114GGCCchain 'D'DD0 - 551 - 56
214GGCCchain 'H'HH0 - 551 - 56
314GGCCchain 'L'LL0 - 551 - 56

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Cas12h


分子量: 100025.758 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8603.523 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*T)-3')


分子量: 4565.968 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: RNA鎖 RNA (56-MER)


分子量: 18124.877 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M Magnesium chloride, 31% PEG 400.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 79206 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 21.98 Å2 / Rpim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 3.6→3.66 Å / 冗長度: 4.2 % / Num. unique obs: 3586 / Rpim(I) all: 0.449 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-30007.21データ削減
HKL-30007.21データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660位相決定
Coot0.7.2.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 3.81→28.42 Å / SU ML: 0.8141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.8047
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3392 2905 3.67 %
Rwork0.3343 76301 -
obs0.3345 79206 62.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.81→28.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20879 6114 3 0 26996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004928151
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.190539331
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06794410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00573995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.246811347
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.81-3.870.779620.362542X-RAY DIFFRACTION0.73
3.87-3.940.4237170.4042491X-RAY DIFFRACTION8.57
3.94-4.010.4366560.39381439X-RAY DIFFRACTION24.61
4.01-4.080.4051770.37942094X-RAY DIFFRACTION35.69
4.08-4.170.4114910.39752331X-RAY DIFFRACTION40.49
4.17-4.260.403990.36672603X-RAY DIFFRACTION45.03
4.26-4.360.3716990.38122736X-RAY DIFFRACTION46.64
4.36-4.460.32941100.37662764X-RAY DIFFRACTION47.5
4.46-4.580.34881080.37822896X-RAY DIFFRACTION49.51
4.59-4.720.36711130.37573049X-RAY DIFFRACTION52.26
4.72-4.870.31921490.37083752X-RAY DIFFRACTION65.19
4.87-5.040.39651600.35234518X-RAY DIFFRACTION77.25
5.04-5.240.4161930.3644862X-RAY DIFFRACTION83.72
5.24-5.480.38721990.36774965X-RAY DIFFRACTION85.61
5.48-5.770.35681950.36925162X-RAY DIFFRACTION87.98
5.77-6.130.38191960.36385124X-RAY DIFFRACTION88.92
6.13-6.590.36271970.34975236X-RAY DIFFRACTION89.94
6.59-7.250.38772060.34075341X-RAY DIFFRACTION92.17
7.25-8.270.31292080.30595537X-RAY DIFFRACTION94.38
8.27-10.340.25032110.25885667X-RAY DIFFRACTION97.14
10.34-28.420.22122190.23195692X-RAY DIFFRACTION98.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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