PDB-9l11: Crystal structure of flavin reductase (StnC) complexed with FAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9l11

タイトル

Crystal structure of flavin reductase (StnC) complexed with FAD

要素

FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase

キーワード

FLAVOPROTEIN / Reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN-dependent NADH-azoreductase / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces albus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Xie, X. / Lin, S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: A new family of StnC-like pseudo-FMN-preferred reductase components in two-component flavoprotein monooxygenases.
著者: Xie, X. / Wang, X. / Yang, X. / Ji, S. / Ouyang, X. / Zhou, Z. / Xiao, Z. / Guo, W. / Liang, R. / Huang, T. / Deng, Z. / Zhao, Y.L. / Lin, S.

履歴

登録	2024年12月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9l11.cif.gz	104.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9l11.ent.gz	77.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9l11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9l11_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9l11_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9l11_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	9l11_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/9l11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/9l11	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9l10C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase

B: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase

ヘテロ分子

51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.921, 52.860, 174.854
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase / Azo-dye reductase / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase / FMN-dependent NADH-azoreductase 分子量: 24904.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces albus (バクテリア) / 遺伝子: stnC, azoR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: L7PH54, 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体, FMN-dependent NADH-azoreductase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1% w/v Tryptone, 0.001M Sodium azide, 0.05M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 37829 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.138 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.144 / Χ²: 1.252 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 440322

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.82-1.85	11.4	1.039	1761	0.75	0.926	0.312	1.086	0.451	93.7
1.85-1.89	11.4	0.89	1789	0.841	0.956	0.264	0.93	0.477	92.2
1.89-1.92	12.2	0.826	1771	0.868	0.964	0.235	0.859	0.496	93
1.92-1.96	12	0.665	1785	0.909	0.976	0.19	0.693	0.51	93
1.96-2	11.9	0.575	1802	0.927	0.981	0.166	0.599	0.506	93.6
2-2.05	11.7	0.5	1794	0.943	0.985	0.146	0.521	0.523	94.2
2.05-2.1	10.9	0.411	1836	0.955	0.988	0.124	0.43	0.549	94.7
2.1-2.16	11.5	0.335	1816	0.972	0.993	0.098	0.35	0.576	95.6
2.16-2.22	11.4	0.283	1870	0.976	0.994	0.083	0.296	0.628	96.6
2.22-2.29	10.8	0.238	1888	0.981	0.995	0.072	0.249	0.642	96.7
2.29-2.37	11.7	0.221	1880	0.987	0.997	0.064	0.23	0.681	98.8
2.37-2.47	11.6	0.198	1908	0.987	0.997	0.058	0.206	0.712	99.1
2.47-2.58	11.5	0.169	1947	0.99	0.997	0.05	0.177	0.749	99.3
2.58-2.72	11.2	0.145	1941	0.991	0.998	0.044	0.152	0.794	99.4
2.72-2.89	11.9	0.125	1949	0.993	0.998	0.037	0.131	0.939	99.7
2.89-3.11	11.7	0.107	1956	0.996	0.999	0.032	0.112	1.049	99.9
3.11-3.43	12.4	0.092	1957	0.992	0.998	0.027	0.096	1.759	100
3.43-3.92	11.7	0.077	2004	0.993	0.998	0.024	0.08	2.142	100
3.92-4.94	12.3	0.067	2015	0.995	0.999	0.02	0.07	2.958	100
4.94-50	11.4	0.075	2160	0.98	0.995	0.024	0.079	6.562	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	V4.1	データ抽出
PHASER	2.8.3	位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.82→45.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 2.95 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20493	1803	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18778	-	-	-
obs	0.18862	35954	96.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.292 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.82→45.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3357	0	106	242	3705

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.014	3382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.411	1.648	4862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.54	1.572	7733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.117	5	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.224	18.763	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.134	15	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.514	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3958
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	822
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.69	1.953	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.666	1.951	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.412	2.919	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.414	2.921	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.389	2.494	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.384	2.495	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.42	3.616	2692
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.668	25.363	4164
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.7	25.176	4122
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.823→1.87 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	126	-
R_work	0.23	2437	-
obs	-	-	91.47 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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