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- PDB-9kx8: Mistletoe Lectin I from Viscum album complexed with epimer form o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kx8
タイトルMistletoe Lectin I from Viscum album complexed with epimer form of lactose
要素(Beta-galactoside-specific lectin 1 chain ...) x 2
キーワードPLANT PROTEIN / Mistletoe / Lectin / MLI
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / Beta-galactoside-specific lectin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Viscum album (ヤドリギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Saeed, A. / Betzel, C. / Brognaro, H. / Rajaiah Prabhu, P. / Alves Franca, B. / Khaliq, B. / Mehmood, S. / Akrem, A.
資金援助 パキスタン, 1件
組織認可番号国
Other governmentIRSIP パキスタン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mistletoe Lectin I from Viscum album complexed with epimer form of lactose
著者: Saeed, A. / Betzel, C. / Brognaro, H. / Rajaiah Prabhu, P. / Alves Franca, B. / Khaliq, B. / Mehmood, S. / Akrem, A.
履歴
登録2024年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A isoform 1
B: Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,59820
ポリマ－55,8262
非ポリマー2,77218
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.859, 107.859, 311.386
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

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Beta-galactoside-specific lectin 1 chain ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A isoform 1 / Beta-galactoside-specific lectin I chain A isoform 1 / ML-I A / MLA / rRNA N-glycosidase


分子量: 27357.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Viscum album (ヤドリギ) / 参照: UniProt: P81446, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質 Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B / Beta-galactoside-specific lectin I chain B / ML-I B / MLB


分子量: 28467.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Viscum album (ヤドリギ) / 参照: UniProt: P81446

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糖 , 3種, 6分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-idopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DIdopa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1212h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Idop]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 56分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.5 / 詳細: 0.2M Glycin, 30% AmSO4, 4% Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97621 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97621 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→40.77 Å / Num. obs: 48875 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 68.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 37.7
反射 シェル解像度: 2.28→2.33 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Num. unique obs: 2047 / Rpim(I) all: 0.01676 / Rrim(I) all: 0.07199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→40.77 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 2406 4.93 %
Rwork0.2095 --
obs0.2106 48810 97.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→40.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3949 0 149 44 4142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.007
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.721612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008722
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.330.33731310.29842725X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.380.30331320.27322726X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.430.3071490.2682711X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.490.29171410.25942752X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.560.36171520.25352728X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.640.33441450.27342736X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.720.32541400.28692731X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.820.27051370.26222750X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.930.29531470.25172750X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.060.28771400.25212758X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.230.25991380.25592776X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.430.2831330.24472792X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.690.23871270.22672467X-RAY DIFFRACTION88
3.69-4.060.23621100.20182206X-RAY DIFFRACTION78
4.06-4.650.1781580.16182829X-RAY DIFFRACTION100
4.65-5.860.19111340.17752910X-RAY DIFFRACTION100
5.86-40.770.2171920.2023057X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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