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- PDB-9kwl: hCES1A contently binding with compound F-3 at the catalytic pocket. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kwl
タイトルhCES1A contently binding with compound F-3 at the catalytic pocket.
要素Liver carboxylesterase 1
キーワードHYDROLASE / hCES1A / Covalent / Inhibitors / SBDD
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol ester hydrolysis involved in cholesterol transport / methylumbelliferyl-acetate deacetylase / methylumbelliferyl-acetate deacetylase activity / regulation of bile acid secretion / sterol esterase / sterol ester esterase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / carboxylesterase / Physiological factors / carboxylesterase activity ...cholesterol ester hydrolysis involved in cholesterol transport / methylumbelliferyl-acetate deacetylase / methylumbelliferyl-acetate deacetylase activity / regulation of bile acid secretion / sterol esterase / sterol ester esterase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / carboxylesterase / Physiological factors / carboxylesterase activity / regulation of bile acid biosynthetic process / positive regulation of cholesterol metabolic process / cellular response to cholesterol / reverse cholesterol transport / Phase I - Functionalization of compounds / carboxylic ester hydrolase activity / cholesterol biosynthetic process / negative regulation of cholesterol storage / Aspirin ADME / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of cholesterol efflux / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / lipid catabolic process / lipid droplet / epithelial cell differentiation / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / response to toxic substance / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Liver carboxylesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Gai, C. / Zhao, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82204347 中国
引用ジャーナル: Front Chem / 年: 2024
タイトル: The study of halogen effect on the reactivity of the serine-targeting covalent warheads.
著者: Gai, C. / Zhang, Y. / Zhang, S. / Hu, X. / Song, Y.Q. / Zhuang, X. / Chai, X. / Zou, Y. / Ge, G.B. / Zhao, Q.
履歴
登録2024年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Liver carboxylesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0703
ポリマ－58,8001
非ポリマー2692
水10,034557
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.469, 110.469, 278.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1171-

HOH

21A-1207-

HOH

31A-1252-

HOH

41A-1254-

HOH

51A-1256-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Liver carboxylesterase 1 / Acyl-coenzyme A:cholesterol acyltransferase / ACAT / Brain carboxylesterase hBr1 / Carboxylesterase ...Acyl-coenzyme A:cholesterol acyltransferase / ACAT / Brain carboxylesterase hBr1 / Carboxylesterase 1 / CE-1 / hCE-1 / Cholesteryl ester hydrolase / CEH / Cocaine carboxylesterase / Egasyn / HMSE / Methylumbelliferyl-acetate deacetylase 1 / Monocyte/macrophage serine esterase / Retinyl ester hydrolase / REH / Serine esterase 1 / Triacylglycerol hydrolase / TGH


分子量: 58800.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CES1, CES2, SES1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P23141, carboxylesterase, sterol esterase, methylumbelliferyl-acetate deacetylase
#2: 化合物 ChemComp-A1EIY / (1R)-1-(3,4-dichlorophenyl)-2,2,2-tris(fluoranyl)ethanol / (R)-1-(3,4-dichlorophenyl)-2,2,2-trifluoroethanol


分子量: 245.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H5Cl2F3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 14.4% PEG8000(w/v), 0.1M MES 6.4, 0.3M CaAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→78.83 Å / Num. obs: 111183 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / Rrim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / Num. unique obs: 57812 / Rrim(I) all: 0.205

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.83→56.26 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1857 3870 3.48 %
Rwork0.1717 --
obs0.1722 111183 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→56.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4139 0 15 557 4711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.723563
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007743
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.850.28011230.27953640X-RAY DIFFRACTION94
1.85-1.880.29341400.27823763X-RAY DIFFRACTION97
1.88-1.90.29521260.26773762X-RAY DIFFRACTION99
1.9-1.930.26511450.25753812X-RAY DIFFRACTION99
1.95-1.980.23291480.23023868X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.010.23261440.21483854X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.050.26191550.21123874X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.080.20661230.19383820X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.120.1971460.19393876X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.210.20951380.17373867X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.250.20871390.18563881X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.310.21591200.18193827X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.360.2241390.18123829X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.430.20661340.18143851X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.50.19141440.17353855X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.580.19371340.18073829X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.670.22061340.17173892X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.780.21731420.16793803X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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