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万見
- PDB-9kvx: Cryo-EM structure of SLC30A10 in Mn2+-bound state, determined in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kvx
タイトルCryo-EM structure of SLC30A10 in Mn2+-bound state, determined in inward-facing conformation
要素Calcium/manganese antiporter SLC30A10
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Manganese Transpoter / SLC30A10 / ZnT10
機能・相同性
機能・相同性情報


manganese ion export across plasma membrane / calcium:manganese antiporter activity / detoxification of zinc ion / zinc ion import into organelle / Metal ion SLC transporters / manganese ion transport / intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport ...manganese ion export across plasma membrane / calcium:manganese antiporter activity / detoxification of zinc ion / zinc ion import into organelle / Metal ion SLC transporters / manganese ion transport / intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / intracellular zinc ion homeostasis / cellular response to angiotensin / recycling endosome / epidermal growth factor receptor signaling pathway / recycling endosome membrane / early endosome membrane / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Golgi membrane / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux family
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Calcium/manganese antiporter SLC30A10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Yang, H. / Zhang, J.K. / Shen, X.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171216 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)STI2030-Major Projects 2022ZD0212600 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular mechanisms of SLC30A10-mediated manganese transport.
著者: Xurui Shen / Jinlun Kylian Zhang / Peixin Sun / Huiwen Zhong / Rui He / Shiliang Wang / Xiaojun Guo / Hanting Yang /
要旨: Manganese ion (Mn²⁺) is crucial for various physiological processes, yet excessive levels disrupt cellular homeostasis and impair the function of multiple organelles. The transporter SLC30A10 ...Manganese ion (Mn²⁺) is crucial for various physiological processes, yet excessive levels disrupt cellular homeostasis and impair the function of multiple organelles. The transporter SLC30A10 plays a pivotal role in Mn²⁺ homeostasis by exporting Mn²⁺ from cells, preventing toxic effects. Mutations in the SLC30A10 gene result in Mn²⁺ accumulation and lead to disorders such as hypermanganesemia with dystonia 1 (HMNDYT1). Despite its physiological significance, the structural basis underlying Mn²⁺ binding and the detailed transport mechanisms of SLC30A10 remain unknown. Here, we present diverse conformations of high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures that reveal a Mn²⁺-binding site in SLC30A10, setting it apart from other SLC30 family transporters. Furthermore, we show that the HMNDYT1-associated D40A mutation interrupts Mn²⁺ binding and transport, identifying D40 as a potential therapeutic target. These findings provide structural insights into Mn²⁺ transport mechanisms mediated by SLC30A10, advancing our understanding of Mn²⁺ binding and potential targets for future therapeutic exploration.
履歴
登録2024年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Calcium/manganese antiporter SLC30A10
A: Calcium/manganese antiporter SLC30A10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,5924
ポリマ－105,4822
非ポリマー1102
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Calcium/manganese antiporter SLC30A10 / Solute carrier family 30 member 10 / Zinc transporter 10 / ZnT-10


分子量: 52740.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC30A10, ZNT10, ZNT8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6XR72
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SLC30A10 dimer of inward-facing, with manganese and water
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50.91 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 343475 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.79 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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