PDB-9kup: Crystal structure of MCP2201LBD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kup

タイトル

Crystal structure of MCP2201LBD

要素

Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

キーワード

HYDROLASE / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Chemotaxis methyl-accepting receptor HlyB-like, 4HB MCP domain / Four helix bundle sensory module for signal transduction / : / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Comamonas thiooxydans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Cui, R. / Li, D.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2025
タイトル: Insights into Chemoreceptor MCP2201-Sensing D-Malate.
著者: Cui, R. / Li, J. / Hong, Y. / Guo, L. / Wang, Y.H. / Bai, Y.F. / Li, D.F.

履歴

登録	2024年12月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kup.cif.gz	125.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kup.ent.gz	95.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kup.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kup_validation.pdf.gz	464.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kup_full_validation.pdf.gz	464.9 KB	表示
XML形式データ	9kup_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	9kup_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/9kup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/9kup	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

B: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.800, 59.800, 158.201
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer 分子量: 19762.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas thiooxydans (バクテリア) 遺伝子: CtCNB1_2201 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0ABF7PFR0
#2: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID 分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.31 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8 M Ammonium sulfate, 5% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月25日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→43.37 Å / Num. obs: 55393 / % possible obs: 84.6 % / 冗長度: 16.4 % / R_merge(I) obs: 0.578 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / R_merge(I) obs: 0.8131 / Num. unique obs: 734 / % possible all: 23.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→43.328 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 16.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1848	1980	3.92 %	RANDOM
R_work	0.1638	-	-	-
obs	0.1647	50566	94.52 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.328 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2030	0	34	397	2461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2093
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.282	2832
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.356	1319
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	345
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	361

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5375	0.1917	97	0.1855	2374	X-RAY DIFFRACTION	65
1.5375-1.5791	0.2232	109	0.1686	2756	X-RAY DIFFRACTION	77
1.5791-1.6256	0.1768	129	0.1627	3141	X-RAY DIFFRACTION	87
1.6256-1.678	0.2323	136	0.17	3390	X-RAY DIFFRACTION	95
1.678-1.738	0.2133	151	0.1717	3631	X-RAY DIFFRACTION	99
1.738-1.8076	0.2191	150	0.1767	3632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8076-1.8899	0.2206	149	0.1803	3654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-1.9895	0.2019	148	0.1664	3670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9895-2.1141	0.171	149	0.1569	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1141-2.2774	0.1677	145	0.1508	3660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2774-2.5065	0.1848	155	0.1615	3703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5065-2.8692	0.1666	148	0.1675	3707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8692-3.6146	0.2006	155	0.162	3731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6146-43.328	0.1646	159	0.1615	3910	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4861	0.2199	0.0261	0.0636	0.1687	0.3162	-0.0332	0.0169	-0.1441	0.0193	0.0668	-0.0335	-0.0048	-0.0666	0.0248	0.1013	0.0126	0.0331	0.1095	0.0269	0.1478	17.7104	5.7818	18.2056
2	-0.0908	-0.2261	-0.0627	0.3041	0.0148	0.2826	-0.0504	0.0727	0.0099	-0.0679	0.1131	0.1365	-0.0008	-0.1319	-0.026	0.1206	-0.0172	-0.0117	0.1712	0.0585	0.1427	12.7009	11.5525	11.095
3	0.3608	-0.1473	0.0222	0.3339	0.211	0.6053	-0.0198	-0.0136	0.0739	0.0713	-0.0156	0.1329	-0.0631	-0.0795	-0.1647	0.11	0.0191	0.012	0.1195	0.0282	0.1194	10.0714	19.5877	20.5237
4	0.2237	0.1729	-0.0577	0.0912	-0.0129	0.4614	-0.0118	0.0252	-0.1329	0.0471	0.0847	-0.2292	0.0791	0.0323	0.0023	0.1283	0.0303	-0.0129	0.1265	-0.0178	0.1709	17.8275	3.2224	26.3804
5	0.2404	-0.1683	0.1036	0.1308	-0.0668	0.1767	-0.0295	-0.0214	-0.0081	0.0813	0.0693	0.0977	-0.0334	-0.0236	0.0029	0.1115	0.0106	0.0235	0.086	0.0015	0.091	28.5887	11.083	14.0776
6	0.156	0.0425	0.0418	0.0613	-0.2445	0.2676	-0.0199	-0.041	-0.0116	0.1294	0.0093	0.0016	-0.0393	0.0428	-0	0.1361	0.0131	-0.0159	0.1129	-0.005	0.088	36.8765	5.6726	18.4856
7	0.0265	0.001	0.0573	0.4571	-0.0108	0.1551	-0.0071	0.0215	0.0269	-0.0251	0.0169	-0.1204	-0.0246	0.0422	0.0514	0.0965	-0.0081	0.0247	0.0837	0.0031	0.099	37.223	14.6864	4.4119
8	0.0894	-0.2166	-0.1762	0.1532	0.1475	0.1893	-0.0192	-0.0227	-0.0187	-0.0726	0.0563	0.0592	0.0539	-0.0439	-0	0.1058	-0.0149	0.0035	0.0849	-0.001	0.0869	30.1412	-0.1852	7.1718

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 57 through 87 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 121 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 122 through 164 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 165 through 192 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 58 through 97 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 98 through 121 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 122 through 164 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 165 through 188 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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