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- PDB-9kuk: Bovine Heart Cytochrome c Oxidase in the Xenon-bound Fully Oxidiz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kuk
タイトルBovine Heart Cytochrome c Oxidase in the Xenon-bound Fully Oxidized State under Aerobic Condition
要素(Cytochrome c oxidase subunit ...) x 13
キーワードOXIDOREDUCTASE / xenon / fully oxidized / aerobic
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / aerobic respiration / central nervous system development / respiratory electron transport chain / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV ...Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / EICOSANE / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / XENON ...CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / EICOSANE / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / XENON / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Muramoto, K. / Shinzawa-Itoh, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K06130 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: The binding sites of carbon dioxide, nitrous oxide, and xenon reveal a putative exhaust channel for bovine cytochrome c oxidase.
著者: Muramoto, K. / Ide, T. / Shinzawa-Itoh, K.
履歴
登録2024年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)461,073173
ポリマ－409,97226
非ポリマー51,102147
水36,1202005
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area193590 Å2
ΔGint-1087 kcal/mol
Surface area102540 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)181.900, 204.000, 178.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 26分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530, cytochrome-c oxidase
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415, cytochrome-c oxidase
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1 / COX IV-1


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa / Cytochrome c oxidase polypeptide Vb


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9549.802 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase ...Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase subunit VIb isoform 1 / COX VIb-1


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / Cytochrome c oxidase subunit STA


分子量: 8494.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1 / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb / IHQ


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c ...Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c oxidase subunit 8H / IX / VIIIb


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175

-
糖 , 1種, 42分子

#21: 糖...
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 16種, 2110分子

#14: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#18: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#19: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物...
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#22: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#23: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#26: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#27: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#28: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#29: 化合物 ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#30: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2005 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6.8
詳細: 40 mM sodium phosphate buffer, pH 6.8 0.2% (w/v) decyl-maltoside 1% (w/v) polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→200 Å / Num. obs: 1185899 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 31.52
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 13.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.46 / Num. unique obs: 87777 / CC1/2: 0.927 / Rrim(I) all: 0.98 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8H8R

8h8r


解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.886 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15554 30181 5 %RANDOM
Rwork0.11982 ---
obs0.12161 575456 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.053 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--2.68 Å2-0 Å2
3----2.64 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27834 0 2604 2005 32443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01631953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01730503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8781.66843078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.471.58470976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.03853573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.70121.71359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.769154675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.59315124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4520.24065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0233225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.026797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8363.20514192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8343.20514191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3064.80817798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3064.80817799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0753.83817761
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.0753.83817762
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.8265.56125281
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.2540.12836484
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.17939.77836085
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.814362456
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 2233 -
Rwork0.144 42219 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

T13: 0.0031 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1985-0.02180.02820.1221-0.02390.31190.0015-0.0169-0.0196-0.00240.00730.0118-0.0082-0.0214-0.00880.0102-0.00570.00670.00250.0166-29.5749-0.4967-20.6823
20.2302-0.0372-0.00130.1744-0.00210.34450.009-0.04230.0306-0.00170.0101-0.04730.01870.0516-0.0190.0063-0.00030.0163-0.01360.053935.1449-5.1585-16.8125
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 1999
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 1999
3X-RAY DIFFRACTION1C4 - 1999
4X-RAY DIFFRACTION1D4 - 1999
5X-RAY DIFFRACTION1E7 - 1999
6X-RAY DIFFRACTION1F3 - 1999
7X-RAY DIFFRACTION1G12 - 1999
8X-RAY DIFFRACTION1H11 - 1999
9X-RAY DIFFRACTION1I3 - 1999
10X-RAY DIFFRACTION1J1 - 1999
11X-RAY DIFFRACTION1K6 - 1999
12X-RAY DIFFRACTION1L3 - 1999
13X-RAY DIFFRACTION1M1 - 1999
14X-RAY DIFFRACTION2N1 - 2999
15X-RAY DIFFRACTION2O1 - 2999
16X-RAY DIFFRACTION2P4 - 2999
17X-RAY DIFFRACTION2Q4 - 2999
18X-RAY DIFFRACTION2R7 - 2999
19X-RAY DIFFRACTION2S3 - 2999
20X-RAY DIFFRACTION2T12 - 2999
21X-RAY DIFFRACTION2U11 - 2999
22X-RAY DIFFRACTION2V3 - 2999
23X-RAY DIFFRACTION2W1 - 2999
24X-RAY DIFFRACTION2X6 - 2999
25X-RAY DIFFRACTION2Y3 - 2999
26X-RAY DIFFRACTION2Z1 - 2999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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