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- PDB-9kuh: Co-crystal structure of wild-type OYE2 with 2-(prop-1-en-2-yl)pyridine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kuh
タイトルCo-crystal structure of wild-type OYE2 with 2-(prop-1-en-2-yl)pyridine
要素NADPH dehydrogenase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Old yellow enzyme 2 / 2-isopropenylpyridine
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / apoptotic process / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADPH dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Wu, D.S. / Yang, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2025
タイトル: Enantioselective Radical Hydrocyanoalkylation of Alkenes via Photoenzymatic Catalysis.
著者: Wu, D. / Sun, Z. / Wang, S. / Yang, J. / He, J. / Lei, X.
履歴
登録2024年12月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH dehydrogenase 2
B: NADPH dehydrogenase 2
C: NADPH dehydrogenase 2
D: NADPH dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,2119
ポリマ－180,2664
非ポリマー1,9455
水00
1
A: NADPH dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5232
ポリマ－45,0671
非ポリマー4561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NADPH dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5232
ポリマ－45,0671
非ポリマー4561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NADPH dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6423
ポリマ－45,0671
非ポリマー5762
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NADPH dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5232
ポリマ－45,0671
非ポリマー4561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)193.927, 99.198, 119.175
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
NADPH dehydrogenase 2 / Old yellow enzyme 2


分子量: 45066.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: OYE2, YHR179W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03558, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1EG5 / 2-prop-1-en-2-ylpyridine


分子量: 119.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Bicine-tris (pH = 7.5) , 0.2 M sodium potassium tartrate tetrahydrate, 15% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.43→114.61 Å / Num. obs: 29323 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.914 / Rmerge(I) obs: 0.323 / Rpim(I) all: 0.139 / Rrim(I) all: 0.352 / Χ2: 0.71 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 190908
反射 シェル解像度: 3.43→3.52 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.867 / Num. measured all: 14360 / Num. unique obs: 2152 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.365 / Rrim(I) all: 0.943 / Χ2: 0.71 / Net I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BN7

7bn7


解像度: 3.43→23.31 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 1437 4.93 %
Rwork0.2016 --
obs0.2047 29156 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.43→23.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12421 0 133 0 12554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1511767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.43-3.550.34621450.27142738X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.690.29791350.24852762X-RAY DIFFRACTION99
3.69-3.860.27931360.23362751X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.060.2931340.21772756X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.320.24531410.19352780X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.650.23261710.17652725X-RAY DIFFRACTION100
4.65-5.110.22161260.1742787X-RAY DIFFRACTION100
5.11-5.840.24971580.18992778X-RAY DIFFRACTION100
5.84-7.320.29921420.19742802X-RAY DIFFRACTION100
7.32-23.310.21851490.16422840X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.9845 Å / Origin y: 17.4079 Å / Origin z: -20.1014 Å
111213212223313233
T0.2528 Å20.0381 Å2-0.0223 Å2-0.2125 Å20.0488 Å2--0.251 Å2
L0.2016 °2-0.0304 °2-0.0556 °2-0.3416 °20.204 °2--0.5107 °2
S0.0358 Å °0.07 Å °0.0322 Å °-0.1324 Å °-0.0385 Å °0.0289 Å °-0.0645 Å °-0.0527 Å °0.0067 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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