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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ku9 | ||||||
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タイトル | Structure of mpox core protease mutant | ||||||
![]() | MPXVgp068 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / orthopoxvirus / mpox / protease | ||||||
機能・相同性 | Peptidase C57, Vaccinia virus protein I7 / Vaccinia virus I7 processing peptidase / cysteine-type peptidase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / virion component / proteolysis / MPXVgp068![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dong, X. / Wang, H. / Ji, X. / Gao, Y. / Wang, W. / Yang, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of mpox core protease mutant 著者: Dong, X. / Wang, H. / Ji, X. / Gao, Y. / Wang, W. / Yang, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 319 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 257.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49402.785 Da / 分子数: 2 / 変異: I215K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: MPXV-USA2003_099_GR-066, MPXV-USA2003_206_DM-066, MPXV-USA2003_223_RS-066, MPXV_USA2003_039_073, MPXV_USA2003_044_073 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M potassium sulfate, 20% w/v polyethylene glycol (PEG) 3350, pH 6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.199→42.54 Å / Num. obs: 91758 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 17.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: AlphaFold 解像度: 2.199→42.54 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.199→42.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -9.6342 Å / Origin y: -6.2534 Å / Origin z: -40.4007 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |