PDB-9ku2: Structure of taterapox core protease central domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ku2

タイトル

Structure of taterapox core protease central domain

要素

Viral core cysteine proteinase

キーワード

VIRAL PROTEIN / orthopoxvirus / mpox / protease

機能・相同性

Peptidase C57, Vaccinia virus protein I7 / Vaccinia virus I7 processing peptidase / cysteine-type peptidase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / virion component / proteolysis / Viral core cysteine proteinase

機能・相同性情報

生物種

Taterapox virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.895 Å

データ登録者

Li, D. / Wang, H. / Ji, X. / Gao, Y. / Wang, W. / Yang, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of taterapox core protease central domain
著者: Li, D. / Wang, H. / Ji, X. / Gao, Y. / Wang, W. / Yang, H.

履歴

登録	2024年12月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ku2.cif.gz	111.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ku2.ent.gz	81.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ku2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ku2_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ku2_full_validation.pdf.gz	423.9 KB	表示
XML形式データ	9ku2_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	9ku2_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/9ku2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/9ku2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Viral core cysteine proteinase

49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Viral core cysteine proteinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
98.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.900, 65.677, 95.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Viral core cysteine proteinase 分子量: 49419.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Due to natural protein degradation, the molecular weight of the crystallised piece of protein is 23517 Da. 由来: (組換発現) Taterapox virus (ウイルス) / 遺伝子: TATV_DAH68_079 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0NPD2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.5 and 15% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97853 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97853 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.895→47.94 Å / Num. obs: 38629 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.166 / R_rim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 11.41

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.9-2.01	0.825	3276	0.872	0.863	1
2.01-2.15	0.572	3072	0.937	0.598	1
2.15-2.32	0.394	2897	0.965	0.412	1
2.32-2.54	0.283	2665	0.985	0.296	1
2.54-2.84	0.209	2444	0.989	0.219	1
2.84-3.28	0.136	2148	0.995	0.143	1
3.28-4.01	0.096	1856	0.997	0.101	1
4.01-5.65	0.077	1466	0.997	0.081	1
5.65-47.94	0.072	868	0.997	0.076	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.895→36.84 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1885	3742	9.69 %
R_work	0.1466	-	-
obs	0.1507	38622	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.895→36.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1645	0	0	250	1895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	1693
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.354	2278
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.784	980
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.097	236
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	287

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8951-1.9191	0.2999	138	0.2421	1290	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9191-1.9444	0.2773	137	0.2312	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9444-1.971	0.2187	142	0.1977	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
1.971-1.9991	0.2531	144	0.1813	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9991-2.029	0.222	134	0.1862	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.029-2.0607	0.2288	136	0.1775	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0607-2.0945	0.1945	140	0.1729	1296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0945-2.1306	0.2254	141	0.1564	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1306-2.1693	0.1902	135	0.162	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1693-2.211	0.1975	137	0.1549	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.211-2.2562	0.2257	144	0.1608	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2562-2.3052	0.1837	135	0.1524	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3052-2.3588	0.1906	139	0.1558	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3588-2.4178	0.1976	134	0.1469	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4178-2.4832	0.2378	142	0.1449	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4832-2.5562	0.1893	141	0.154	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5562-2.6387	0.1987	136	0.1461	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6387-2.733	0.1826	144	0.1392	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.733-2.8424	0.1795	139	0.1395	1314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8424-2.9717	0.2116	135	0.1269	1275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9717-3.1283	0.1784	137	0.1313	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1283-3.3242	0.178	139	0.1254	1305	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3242-3.5806	0.163	135	0.1301	1275	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5806-3.9406	0.1418	139	0.1228	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9406-4.5099	0.1635	142	0.1101	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5099-5.6787	0.1643	137	0.1405	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6787-36.84	0.1952	140	0.184	1279	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 6.0906 Å / Origin y: -0.112 Å / Origin z: 30.3616 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.132 Å²	0.0071 Å²	-0.0099 Å²	-	0.1342 Å²	0.0055 Å²	-	-	0.1355 Å²
L	1.2276 °²	0.0638 °²	-0.3151 °²	-	1.4667 °²	0.0777 °²	-	-	1.555 °²
S	-0.0125 Å °	0.0007 Å °	-0.0392 Å °	0.0353 Å °	-0.0084 Å °	-0.0896 Å °	0.0915 Å °	0.0075 Å °	0.0207 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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