PDB-9ks7: Crystal structure of T. rubripes Mincle with glycerol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ks7

タイトル

Crystal structure of T. rubripes Mincle with glycerol

要素

C-type lectin domain-containing protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / C-type lectin / ectodomain / Carbohydrate recognition doamin

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Takifugu rubripes (トラフグ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Ito, T. / Nagae, M. / Yamasaki, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Immunogenetics / 年: 2025
タイトル: Phylogenetic and structural insights into the origin of C-type lectin Mincle in vertebrates.
著者: Ito, T. / Guenther, C. / Ishikawa, E. / Yabuki, T. / Nagae, M. / Nakatani, Y. / Yamasaki, S.

履歴

登録	2024年11月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ks7.cif.gz	172.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ks7.ent.gz	109 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ks7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/9ks7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/9ks7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9kplC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (8) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (8) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-type lectin domain-containing protein

B: C-type lectin domain-containing protein

E: C-type lectin domain-containing protein

G: C-type lectin domain-containing protein

ヘテロ分子

70.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-type lectin domain-containing protein

E: C-type lectin domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: C-type lectin domain-containing protein

G: C-type lectin domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.531, 72.371, 88.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.431, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	C-type lectin domain-containing protein 分子量: 17412.408 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The sequence matches with Gene ID 105419054 (XP_029706534.1) 由来: (組換発現) Takifugu rubripes (トラフグ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B5KEF3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M tris (pH8.5), 0.2M sodium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→45.99 Å / Num. obs: 71262 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.07 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3757 / CC_1/2: 0.928 / R_pim(I) all: 0.227 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→44.19 Å / SU ML: 0.1531 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.5063
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1965	3601	5.06 %
R_work	0.1734	67582	-
obs	0.1745	71183	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4618	0	32	402	5052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0086	4848
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0726	6563
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0701	630
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0102	847
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.9415	631

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.2531	151	0.2427	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.72-1.75	0.289	139	0.2377	2556	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.75-1.77	0.202	160	0.2104	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.77-1.8	0.228	131	0.1992	2559	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.8-1.83	0.2339	153	0.1878	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.83-1.86	0.1968	133	0.1805	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.86-1.89	0.2064	153	0.1775	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.89-1.92	0.2242	122	0.1865	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.92-1.96	0.1969	128	0.1722	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.96-2	0.1913	130	0.167	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2-2.04	0.1943	139	0.1669	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.04-2.09	0.2238	138	0.1715	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.09-2.14	0.2001	150	0.1671	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.14-2.2	0.2119	157	0.1598	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.2-2.26	0.2117	140	0.1643	2589	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.26-2.34	0.2053	157	0.1646	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.34-2.42	0.1803	125	0.1723	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.42-2.52	0.2186	131	0.1781	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.52-2.63	0.2108	130	0.1812	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.63-2.77	0.2109	125	0.1787	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.77-2.94	0.2136	130	0.1742	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.95-3.17	0.2248	150	0.1859	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.17-3.49	0.1661	152	0.1734	2571	X-RAY DIFFRACTION	99.13
3.49-4	0.1716	131	0.1569	2621	X-RAY DIFFRACTION	98.99
4-5.03	0.1566	125	0.1485	2607	X-RAY DIFFRACTION	98.24
5.04-44.19	0.1901	121	0.1824	2677	X-RAY DIFFRACTION	98.35

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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