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- PDB-9krr: CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED CYTOCHROME C6 FROM Synechocystis PCC 6803 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9krr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED CYTOCHROME C6 FROM Synechocystis PCC 6803
要素Cytochrome c6
キーワードELECTRON TRANSPORT / ELECTRON TRANSPORT PROTEIN / CYTOCHROME-C6 / REDUCED STATE / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid lumen / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c6 / Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / IODIDE ION / Cytochrome c6
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Zhang, B.T. / Liu, S.W. / Xu, Y.C. / Sheng, W. / Gong, Y. / Cao, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070259 中国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2025
タイトル: A High-Resolution Crystallographic Study of Cytochrome c6: Structural Basis for Electron Transfer in Cyanobacterial Photosynthesis.
著者: Zhang, B. / Xu, Y. / Liu, S. / Chen, S. / Zhao, W. / Li, Z. / Wang, J. / Zhao, W. / Zhang, H. / Dong, Y. / Gong, Y. / Sheng, W. / Cao, P.
履歴
登録2024年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c6
B: Cytochrome c6
C: Cytochrome c6
D: Cytochrome c6
E: Cytochrome c6
F: Cytochrome c6
G: Cytochrome c6
H: Cytochrome c6
I: Cytochrome c6
J: Cytochrome c6
K: Cytochrome c6
L: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,86064
ポリマ－106,10212
非ポリマー11,75852
水23,1131283
1
A: Cytochrome c6
B: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,90913
ポリマ－17,6842
非ポリマー2,22511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Cytochrome c6
D: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,55910
ポリマ－17,6842
非ポリマー1,8758
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Cytochrome c6
F: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,87813
ポリマ－17,6842
非ポリマー2,19411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Cytochrome c6
H: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,55910
ポリマ－17,6842
非ポリマー1,8758
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Cytochrome c6
J: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,59010
ポリマ－17,6842
非ポリマー1,9068
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Cytochrome c6
L: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3678
ポリマ－17,6842
非ポリマー1,6836
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.899, 74.437, 133.182
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.111, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome c6 / Cytochrome c-553 / Cytochrome c553 / Soluble cytochrome f


分子量: 8841.871 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain ATCC 27184 / PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
遺伝子: petJ, sll1796 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46445
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.41 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M Sodium iodide, 2.2M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→70 Å / Num. obs: 105090 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.93→2.04 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 15145 / CC1/2: 0.845 / Rpim(I) all: 0.262

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→56.39 Å / SU ML: 0.1738 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.876
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2102 1940 1.9 %
Rwork0.1683 100108 -
obs0.1691 102048 96.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→56.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7373 0 652 1283 9308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00738169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.888211211
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04281103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621446
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.48082731
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.980.26651240.22246421X-RAY DIFFRACTION87.37
1.98-2.040.261350.19736780X-RAY DIFFRACTION92.35
2.04-2.10.25041340.1826870X-RAY DIFFRACTION94.01
2.1-2.160.21891410.17027015X-RAY DIFFRACTION95.69
2.16-2.240.19861370.16747112X-RAY DIFFRACTION96.32
2.24-2.330.2041380.17197125X-RAY DIFFRACTION97.19
2.33-2.440.22741370.17757200X-RAY DIFFRACTION97.83
2.44-2.560.21411400.17967278X-RAY DIFFRACTION98.53
2.56-2.730.23581410.18367288X-RAY DIFFRACTION99.13
2.73-2.940.23351410.1867339X-RAY DIFFRACTION99.39
2.94-3.230.23841440.18557372X-RAY DIFFRACTION99.73
3.23-3.70.19841410.15167389X-RAY DIFFRACTION99.74
3.7-4.660.15711430.13237419X-RAY DIFFRACTION99.76
4.66-56.390.19271440.15967500X-RAY DIFFRACTION98.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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