PDB-9krq: Crystal structure of ZXC21 RBD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9krq

タイトル

Crystal structure of ZXC21 RBD

要素

Spike glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / ZXC21 RBD

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bat coronavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.08 Å

データ登録者

Lan, J. / Wang, C.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the receptor-binding domain of bat coronavirus ZXC21.
著者: Wang, C. / Nan, X. / Deng, Y. / Fan, S. / Li, X. / Lan, J.

履歴

登録	2024年11月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9krq.cif.gz	159.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9krq.ent.gz	126.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9krq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9krq_validation.pdf.gz	750 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9krq_full_validation.pdf.gz	759.9 KB	表示
XML形式データ	9krq_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	9krq_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/9krq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/9krq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Spike glycoprotein

A: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

41.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Spike glycoprotein

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.163, 73.772, 117.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Spike glycoprotein

分子量: 20726.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bat coronavirus (ウイルス) / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A8A0R1U2

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium iodide 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.08→50 Å / Num. obs: 7333 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 12.3 % / CC_1/2: 0.974 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 3.08→3.19 Å / Num. unique obs: 536 / CC_1/2: 0.698

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.08→31.87 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	720	10.01 %
R_work	0.2361	-	-
obs	0.2394	7193	95.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.08→31.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2928	0	14	0	2942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3034
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.539	4137
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.492	1056
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	453
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	529

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.08-3.32	0.3112	122	0.2967	1104	X-RAY DIFFRACTION	83
3.32-3.65	0.3035	144	0.2669	1291	X-RAY DIFFRACTION	97
3.65-4.18	0.3153	146	0.2418	1310	X-RAY DIFFRACTION	98
4.18-5.26	0.21	150	0.1903	1354	X-RAY DIFFRACTION	99
5.26-31.87	0.2555	158	0.2382	1414	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0921	0.025	0.0119	0.0343	-0.0372	0.0639	-0.1292	0.1266	-0.0004	0.0099	0.1242	-0.1095	0.073	0.0959	-0.0671	0.2927	0.0097	0.0368	0.1558	-0.0527	0.1476	79.5706	42.6334	-3.8738
2	0.0023	-0.0074	0.0053	0.0272	-0.0248	0.0193	0.0836	-0.1645	-0.1535	0.2418	0.0672	0.2367	0.0582	-0.3271	0.0003	0.4464	-0.1811	0.0036	0.4566	-0.0203	0.3726	77.6066	39.9902	8.5022
3	0.0021	-0.0017	0.0011	0.0039	0.0035	0.0067	-0.0188	-0.0796	0.0515	0.0912	-0.0417	0.0456	0.0478	-0.0092	0	0.351	-0.123	-0.0622	0.3436	-0.0109	0.3117	86.5998	41.6071	14.7546
4	0	-0.0032	-0.0079	0.0131	0.0198	0.0449	0.0248	-0.0042	-0.027	-0.0047	-0.0115	-0.0063	0.1499	-0.0281	0.0706	0.1224	-0.0029	0.0738	-0.0942	-0.0565	-0.1329	80.9741	31.1403	-2.1133
5	0.0559	0.008	0.0436	0.4213	-0.2152	0.1555	-0.1087	0.0513	-0.0372	0.3265	-0.0959	-0.1165	-0.0966	-0.0039	-0.047	0.1624	-0.0063	-0.0458	0.16	0.0071	0.2251	82.9504	29.5764	-1.2626
6	0.5261	-0.0677	0.203	0.301	-0.1728	0.1837	-0.1607	0.1446	-0.1775	-0.0256	0.0186	-0.0188	0.1341	-0.0585	-0.2866	0.2748	0.0094	0.1364	0.1463	-0.0493	0.1304	86.8316	26.5326	-12.102
7	0.0049	-0.0003	-0.0113	0.0746	-0.0383	0.0424	-0.1331	-0.0671	0.0265	-0.0643	-0.0532	0.0064	0.0018	-0.0411	-0.0938	0.2786	0.1126	0.046	0.2038	-0.0148	0.3957	89.3939	27.9285	-19.5823
8	0.5343	-0.2517	0.0472	0.6304	-0.5627	0.5769	0.1212	-0.233	-0.1608	-0.0465	0.1557	0.0797	0.0496	-0.196	0.2007	0.1539	-0.1007	0.0215	0.3706	-0.082	0.2338	70.4469	24.2843	-9.4654
9	0.1322	-0.0904	0.0145	0.0984	-0.0247	0.0933	0.0465	-0.0718	0.0117	0.0226	0.0502	0.0235	-0.0549	-0.0189	0.0832	0.2977	0.0873	0.0605	0.2283	0.007	0.0868	82.6125	36.6323	1.2739
10	0.2366	0.1752	-0.0248	0.1329	-0.0154	0.0042	0.0956	-0.1565	-0.1208	0.0247	0.0783	-0.0749	0.119	-0.0009	0.1828	0.5763	-0.0148	-0.3214	0.7209	0.028	0.6513	89.6433	49.479	14.9181
11	0.2219	-0.0632	0.0589	0.0524	-0.0712	0.1165	0.0692	0.0204	0.0193	-0.0888	-0.0685	0.0371	-0.1554	-0.0096	0.2484	0.2317	-0.0442	-0.0104	0.0422	-0.2266	0.0668	75.4628	28.0001	24.0918
12	0.0721	-0.1421	0.0426	0.4034	0.1198	0.3541	-0.1143	-0.0171	0.1356	0.0777	-0.1665	0.0364	-0.0936	0.0244	-0.5577	0.1469	-0.0827	-0.0299	0.212	-0.1284	0.1936	79.6669	24.0453	31.8702
13	0.4079	0.0343	0.0744	0.3009	-0.3059	0.3513	-0.0622	0.0313	-0.0583	-0.0768	-0.0709	0.0025	0.1321	-0.0021	-0.4389	0.2705	0.0467	0.0089	0.218	-0.0939	0.02	75.2803	31.2915	40.1523
14	0.3165	0.1171	0.0335	0.2365	0.0318	0.1226	-0.07	0.21	-0.0811	-0.0394	0.1507	0.02	-0.0475	-0.0706	0.0046	0.075	-0.0232	0.0628	0.1171	-0.0515	0.1676	60.1725	28.0798	25.507
15	0.1026	-0.023	0.0846	0.0835	0.0024	0.0735	-0.0117	0.0758	0.11	-0.0181	-0.04	0.0341	-0.0939	0.0796	-0.3772	0.0048	-0.0968	0.1141	0.0053	0.091	0.0753	64.1503	36.5181	23.8037
16	0.0295	-0.0289	0.0065	0.0274	-0.0112	0.0187	-0.1075	-0.0542	0.0288	0.2811	-0.0299	-0.0126	0.0214	-0.1919	-0	0.5216	-0.0184	-0.092	0.324	-0.1369	0.5358	83.2477	19.0917	42.6625

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 329 through 353 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 354 through 376 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 377 through 389 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 390 through 405 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 406 through 439 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 440 through 455 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 456 through 468 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 469 through 483 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 484 through 493 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 494 through 509 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 329 through 349 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 350 through 363 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 364 through 389 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 390 through 468 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 469 through 493 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 494 through 509 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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