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- PDB-9krk: Cryo-EM structure of human ABCC4 (Apo state) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9krk
タイトルCryo-EM structure of human ABCC4 (Apo state)
要素ATP-binding cassette sub-family C member 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP binding / Transport protein.
機能・相同性
機能・相同性情報


15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+) activity / purine nucleotide transmembrane transporter activity / cAMP transport / guanine nucleotide transmembrane transporter activity / ABC-type bile acid transporter activity / platelet dense granule membrane / platelet degranulation / leukotriene transport / prostaglandin transport / urate transport ...15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+) activity / purine nucleotide transmembrane transporter activity / cAMP transport / guanine nucleotide transmembrane transporter activity / ABC-type bile acid transporter activity / platelet dense granule membrane / platelet degranulation / leukotriene transport / prostaglandin transport / urate transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / glutathione transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / urate transmembrane transporter activity / : / external side of apical plasma membrane / xenobiotic transmembrane transport / prostaglandin secretion / export across plasma membrane / Paracetamol ADME / ABC-type xenobiotic transporter / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / Azathioprine ADME / ABC-type xenobiotic transporter activity / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / cilium assembly / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transport across blood-brain barrier / xenobiotic metabolic process / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / Platelet degranulation / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / nucleolus / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATP-binding cassette sub-family C member 4 / : / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ATP-binding cassette sub-family C member 4 / : / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family C member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Li, M.H. / Wen, X.P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Biosci / 年: 2025
タイトル: Structural basis of human ABCC4 recognition of cAMP and ligand recognition flexibility.
著者: Xuepeng Wen / Kaixue Si / Dantong Zhu / Anqi Zhang / Changyou Guo / Minghui Li / Weiming Tian /
要旨: BACKGROUND: ABCC4 (ATP-binding cassette sub-family C member 4) is a transporter protein that is primarily localized to the plasma membrane, and its efflux activity is associated with the progression ...BACKGROUND: ABCC4 (ATP-binding cassette sub-family C member 4) is a transporter protein that is primarily localized to the plasma membrane, and its efflux activity is associated with the progression of various cancers and the development of drug resistance. Cyclic adenosine monophosphate (cAMP) is an important biomolecule that is considered a transport substrate of ABCC4. However, there is currently no direct structural understanding of how ABCC4 binds cAMP, and the mechanisms by which it recognizes a diverse range of substrate ligands remain poorly understood. Some studies have indicated that, under physiological conditions, cAMP does not significantly stimulate the ATPase activity of ABCC4, making the commonly used ATPase activity assays for ABC proteins unsuitable for studying cAMP.
RESULTS: Here, we successfully resolved the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the human ABCC4-cAMP (hABCC4-cAMP) complex, revealing how hABCC4 binds to cAMP and identifying the key ...RESULTS: Here, we successfully resolved the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the human ABCC4-cAMP (hABCC4-cAMP) complex, revealing how hABCC4 binds to cAMP and identifying the key residues involved. This structure was compared with two other hABCC4 complex structures we obtained (Methotrexate and Prostaglandin E) and with previously published structures. We discovered some new structural insights into how hABCC4 binds ligands. On the basis of the structural information obtained, we confirmed the feasibility of using 8-[Fluo]-cAMP in a transport assay to detect cAMP translocation and found that some challenges remain to be addressed.
CONCLUSIONS: These results suggest that hABCC4 can bind cAMP and exhibits varying degrees of flexibility when binding with different substrates, including cAMP. These findings expand our ...CONCLUSIONS: These results suggest that hABCC4 can bind cAMP and exhibits varying degrees of flexibility when binding with different substrates, including cAMP. These findings expand our understanding of the structural biology of ABCC4.
履歴
登録2024年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-binding cassette sub-family C member 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,6941
ポリマ－149,6941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ATP-binding cassette sub-family C member 4 / MRP/cMOAT-related ABC transporter / Multi-specific organic anion transporter B / MOAT-B / Multidrug ...MRP/cMOAT-related ABC transporter / Multi-specific organic anion transporter B / MOAT-B / Multidrug resistance-associated protein 4


分子量: 149693.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCC4, MOATB, MRP4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15439, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う, ABC-type xenobiotic transporter, ABC-type glutathione-S-conjugate transporter
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human ABCC4 (Apo state) / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: membrane
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 111741 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0027744
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4610504
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.2554608
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391225
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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