PDB-9kri: human creatine transporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kri

タイトル

human creatine transporter

要素

Sodium- and chloride-dependent creatine transporter 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / creatine / transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

creatine transmembrane transporter activity / creatine:sodium symporter activity / creatine transmembrane transport / nitrogen compound transport / creatine metabolic process / Creatine metabolism / gamma-aminobutyric acid:sodium:chloride symporter activity / neurotransmitter transport / amino acid transport / sodium ion transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å

データ登録者

Yu, J. / Ge, J.P. / Chen, J.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Transport and inhibition mechanisms of human creatine transporter.
著者: Jiahui Chen / Yimin Zhang / Nanhao Chen / Jingpeng Ge / Jie Yu /

履歴

登録	2024年11月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年5月21日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年11月26日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.1	2025年11月26日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kri.cif.gz	117.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kri.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kri_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kri_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9kri_validation.xml.gz	31.4 KB	表示
CIF形式データ	9kri_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/9kri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/9kri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62528MC 62521C 62527C 9kr7C 9krhC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (6) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (5) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Sodium- and chloride-dependent creatine transporter 1

ヘテロ分子

70.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Sodium- and chloride-dependent creatine transporter 1 / CT1 / Creatine transporter 1 / Solute carrier family 6 member 8 分子量: 70568.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48029
#2: 化合物	ChemComp-A1D9S / 3-carbamimidamidopropanoic acid / beta-Guanidinopropionic acid / Guanidinopropionic acid / ompenaclid 分子量: 131.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉N₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Creatine transporter / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Human Embryonic Kidney Cells 293
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 262011 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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