[日本語] English
万見
- PDB-9kqo: cryo-EM structure of RNF20/RNF40-RAD6A-Ub in complex with H2BS112... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kqo
タイトルcryo-EM structure of RNF20/RNF40-RAD6A-Ub in complex with H2BS112GlcNAc nucleosome
要素
  • (DNA (147-MER)) x 2
  • (E3 ubiquitin-protein ligase ...) x 2
  • Histone H2A type 1-B/E
  • Histone H2B type 1-K
  • Histone H3
  • Histone H4
  • Polyubiquitin-B
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A
キーワードNUCLEAR PROTEIN / RNF20 / RNF40 / H2BS112GlcNAc / O-GlcNAcylation / ubiquitination / H2BK120Ub
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2B C-terminal K residue ubiquitin ligase activity / HULC complex / polytene chromosome / positive regulation of mitophagy / protein K11-linked ubiquitination / DNA damage tolerance / RHOBTB1 GTPase cycle / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / ubiquitin ligase complex ...histone H2B C-terminal K residue ubiquitin ligase activity / HULC complex / polytene chromosome / positive regulation of mitophagy / protein K11-linked ubiquitination / DNA damage tolerance / RHOBTB1 GTPase cycle / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / ubiquitin ligase complex / response to UV / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / protein K48-linked ubiquitination / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / RNA Polymerase I Promoter Opening / Inhibition of DNA recombination at telomere / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Meiotic synapsis / negative regulation of cell migration / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / mRNA 3'-UTR binding / ubiquitin binding / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RING-type E3 ubiquitin transferase / G2/M DNA damage checkpoint / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / NoRC negatively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Meiotic recombination / G2/M transition of mitotic cell cycle / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Metalloprotease DUBs / RMTs methylate histone arginines / HCMV Early Events / protein polyubiquitination / p53 binding / ubiquitin-protein transferase activity / structural constituent of chromatin / ubiquitin protein ligase activity / UCH proteinases / late endosome / nucleosome / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heterochromatin formation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nucleosome assembly / antibacterial humoral response / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / HATs acetylate histones / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / histone binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitochondrial outer membrane / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / lysosome / Ub-specific processing proteases
類似検索 - 分子機能
: / : / BRE1B-like domain / Bre1, coiled-coil containing domain / E3 ubiquitin ligase Bre1 / : / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. ...: / : / BRE1B-like domain / Bre1, coiled-coil containing domain / E3 ubiquitin ligase Bre1 / : / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Ubiquitin domain / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H3 / Ubiquitin B / Histone H2B type 1-K / E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B / Histone H2A type 1-B/E / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A / Histone H4 / E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Deng, Z.H. / Ai, H.S. / Liu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22137005, 92253302, 22227810 and T2488301, to L.L.; 32501108, to H.A.; 22207065, to Y.L.; 22277073, to M.P 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2026
タイトル: Allosteric activation of RNF20/RNF40-RAD6A-mediated H2BK120 monoubiquitylation by H2BS112 GlcNAcylation.
著者: Zhiheng Deng / Shixian Tao / Yunxiang Du / Yulei Li / Liying Zhang / Qiang Shi / Xiaoru Du / Maoshen Sun / Zebin Tong / Man Pan / Lei Liu / Huasong Ai /
要旨: The activation of H2B K120 monoubiquitylation (H2BK120ub) by H2B S112 GlcNAcylation (H2BS112GlcNAc) has an important role in regulating transcriptional activation, yet its mechanism remains unclear. ...The activation of H2B K120 monoubiquitylation (H2BK120ub) by H2B S112 GlcNAcylation (H2BS112GlcNAc) has an important role in regulating transcriptional activation, yet its mechanism remains unclear. Here we chemically synthesized H2BS112GlcNAc-modified nucleosomes and quantitatively evaluated how H2BS112GlcNAc stimulates ubiquitylation by RNF20/RNF40-RAD6A E3-E2 enzymes. Cryo-electron microscopy determination of a chemically trapped RNF20/RNF40-RAD6A-Ub-H2BS112GlcNAc nucleosome complex revealed that the H2BS112GlcNAc moiety interacts with the E2 enzyme RAD6A but not the E3 ligase RNF20/RNF40. Mutagenesis and kinetics analyses demonstrated that H2BS112GlcNAc allosterically stimulates ubiquitin transfer from the RAD6A~Ub thioester to H2B K120 by enhancing the nucleophilicity of H2B K120. Structure‒activity relationship analysis further identified the essential roles of the C2 N-acetyl group and the β-configuration of C1 on the H2BS112GlcNAc moiety. These findings provide the structural evidence of histone posttranslational modification crosstalk involving O-GlcNAcylation and reveal how O-GlcNAcylation can allosterically stimulate enzyme activity through substrate modification.
履歴
登録2024年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年2月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B
B: Polyubiquitin-B
C: Histone H2A type 1-B/E
D: Histone H2B type 1-K
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A type 1-B/E
H: Histone H2B type 1-K
I: DNA (147-MER)
J: DNA (147-MER)
K: Histone H3
L: Histone H4
M: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A
R: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,80219
ポリマ－239,31914
非ポリマー4835
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
E3 ubiquitin-protein ligase ... , 2種, 2分子 AM

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B / BRE1-B / 95 kDa retinoblastoma-associated protein / RBP95 / RING finger protein 40 / RING-type E3 ...BRE1-B / 95 kDa retinoblastoma-associated protein / RBP95 / RING finger protein 40 / RING-type E3 ubiquitin transferase BRE1B


分子量: 7120.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF40, BRE1B, KIAA0661 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75150, RING-type E3 ubiquitin transferase
#9: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A / BRE1-A / hBRE1 / RING finger protein 20 / RING-type E3 ubiquitin transferase BRE1A


分子量: 7144.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF20, BRE1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5VTR2, RING-type E3 ubiquitin transferase

-
タンパク質 , 6種, 10分子 BCGDHEKFLR

#2: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8519.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39
#3: タンパク質 Histone H2A type 1-B/E / Histone H2A.2 / Histone H2A/a / Histone H2A/m


分子量: 14034.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AC4, H2AFM, HIST1H2AB, H2AC8, H2AFA, HIST1H2AE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04908
#4: タンパク質 Histone H2B type 1-K / H2B K / HIRA-interacting protein 1


分子量: 13763.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2BC12, H2BFT, HIRIP1, HIST1H2BK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60814
#5: タンパク質 Histone H3


分子量: 15273.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALMAC_LOCUS17614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A653DHJ5
#6: タンパク質 Histone H4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, ...遺伝子: H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, HIST1H4H, H4C9, H4/M, H4FM, HIST1H4I, H4C11, H4/E, H4FE, HIST1H4J, H4C12, H4/D, H4FD, HIST1H4K, H4C13, H4/K, H4FK, HIST1H4L, H4C14, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4A, H4C15, H4/O, H4FO, HIST2H4B, H4C16, H4-16, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#10: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A / E2 ubiquitin-conjugating enzyme A / RAD6 homolog A / HR6A / hHR6A / Ubiquitin carrier protein A / ...E2 ubiquitin-conjugating enzyme A / RAD6 homolog A / HR6A / hHR6A / Ubiquitin carrier protein A / Ubiquitin-protein ligase A


分子量: 17114.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2A, RAD6A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49459, E2 ubiquitin-conjugating enzyme

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#7: DNA鎖 DNA (147-MER)


分子量: 45604.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#8: DNA鎖 DNA (147-MER)


分子量: 45145.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー / 糖 , 2種, 5分子

#11: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: RNF20/RNF40-RAD6A-Ub bound to H2BS112GlcNAc nucleosome
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 18000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImage processing-ID
1RELION3.1粒子像選択1
2PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
13RELION3.1３次元再構成1
14RELION3.1粒子像選択2
19RELION3.1３次元再構成2
画像処理
IDImage recording-ID
11
21
CTF補正
IDEM image processing-IDタイプ
11NONE
22NONE
3次元再構成
ID解像度 (Å)解像度の算出法粒子像の数Image processing-IDEntry-ID対称性のタイプ
13.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
23.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
33.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
43.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
53.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
63.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
73.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
83.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
93.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
103.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
113.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
123.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
133.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
143.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
153.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
163.48FSC 0.143 CUT-OFF11960219KQOPOINT
173.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
183.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
193.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
203.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
213.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
223.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
233.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
243.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
253.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
263.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
273.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
283.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
293.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
303.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
313.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
323.48FSC 0.143 CUT-OFF11960229KQOPOINT
精密化最高解像度: 3.48 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00415564
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60922295
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d28.7384455
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0422533
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061815

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る