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- PDB-9kql: The crystal structure of MORC2_CC3 domain at 3.1 Angstroms resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kql
タイトルThe crystal structure of MORC2_CC3 domain at 3.1 Angstroms resolution
要素ATPase MORC2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / dimer / regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


constitutive heterochromatin formation / transposable element silencing by heterochromatin formation / Fatty acyl-CoA biosynthesis / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / heterochromatin / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / fatty acid metabolic process / nuclear matrix / chromatin remodeling / DNA damage response ...constitutive heterochromatin formation / transposable element silencing by heterochromatin formation / Fatty acyl-CoA biosynthesis / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / heterochromatin / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / fatty acid metabolic process / nuclear matrix / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / ATPase MORC2, chromo domain-like / Morc, S5 domain 2-like / Morc6 ribosomal protein S5 domain 2-like / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang, Y.S. / Xu, W.Y. / Huang, C.D. / Wang, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of MORC2_CC3 domain at 3.1 Angstroms resolution
著者: Zhang, Y.S. / Xu, W.Y. / Huang, C.D. / Wang, C.
履歴
登録2024年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase MORC2
B: ATPase MORC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7462
ポリマ－24,7462
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.253, 130.253, 40.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 ATPase MORC2 / MORC family CW-type zinc finger protein 2 / Zinc finger CW-type coiled-coil domain protein 1


分子量: 12372.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MORC2, KIAA0852, ZCWCC1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y6X9, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.04 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Citric acid(pH 3.5) 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 6774 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.906 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 85583
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.05-3.110.51.2143330.7030.9090.3881.2750.952100
3.1-3.16121.1673470.7920.940.3471.2180.961100
3.16-3.2212.70.9393210.8840.9690.2720.9780.902100
3.22-3.2913.40.8043310.9170.9780.2270.8360.935100
3.29-3.3613.40.6623490.9420.9850.1870.6880.951100
3.36-3.4313.10.5393310.9540.9880.1550.5610.94100
3.43-3.52130.4273320.9690.9920.1220.4450.993100
3.52-3.6212.40.3473290.9750.9940.1020.3620.94100
3.62-3.7212.20.2473410.9740.9930.0740.2590.98100
3.72-3.8412.30.193290.9840.9960.0570.1990.986100
3.84-3.9813.20.1513350.9920.9980.0430.1570.963100
3.98-4.1413.40.123430.9960.9990.0340.1250.94499.4
4.14-4.3313.20.1093270.9960.9990.0310.1131.004100
4.33-4.5613.30.0863430.9960.9990.0240.0890.901100
4.56-4.8412.20.0763310.9970.9990.0220.0790.906100
4.84-5.2112.50.0663480.9970.9990.0190.0690.762100
5.21-5.7413.50.0713430.9970.9990.020.0740.738100
5.74-6.5713.10.063470.9970.9990.0170.0630.655100
6.57-8.2711.90.0473460.99910.0140.0490.635100
8.27-5011.60.0623680.9970.9990.0190.0651.09199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→32.56 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 349 5.43 %
Rwork0.1981 --
obs0.2008 6429 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→32.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1667 0 0 2 1669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6272271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.776225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006293
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.90.27261790.23832992X-RAY DIFFRACTION100
3.9-32.560.23271700.17613088X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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