PDB-9kqd: YcfA-D19A-ATP-GTP complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kqd

タイトル

YcfA-D19A-ATP-GTP complex

要素

Asparagine synthetase domain-containing protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / adenylation activity / L-Cys addition / YcfA-YcfC bipartite enzyme system / tetradecamer / 6-Thioguanine biosynthesis

機能・相同性

Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Asparagine synthetase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Erwinia amylovora ATCC 49946 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zhang, L. / Dou, C. / Zheng, Y.H. / Zhu, X.F. / Cheng, W.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: The mechanism of thioamide formation by the YcfA-YcfC system in 6-thioguanine biosynthesis.
著者: Zhang, L. / Dou, C. / Yan, W. / Chen, P. / Jia, X. / Zhang, N. / Zhou, D. / Long, Z. / Zhang, L. / Zhu, X. / Cheng, W.

履歴

登録	2024年11月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb9kqd.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	9kqd_full_validation.pdf.gz	14.9 MB	表示
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CIF形式データ	9kqd_validation.cif.gz	205.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/9kqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/9kqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9kq4C 9kq6C 9kq7C 9kq9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Asparagine synthetase domain-containing protein

D: Asparagine synthetase domain-containing protein

G: Asparagine synthetase domain-containing protein

I: Asparagine synthetase domain-containing protein

J: Asparagine synthetase domain-containing protein

K: Asparagine synthetase domain-containing protein

M: Asparagine synthetase domain-containing protein

A: Asparagine synthetase domain-containing protein

C: Asparagine synthetase domain-containing protein

E: Asparagine synthetase domain-containing protein

F: Asparagine synthetase domain-containing protein

H: Asparagine synthetase domain-containing protein

L: Asparagine synthetase domain-containing protein

N: Asparagine synthetase domain-containing protein

ヘテロ分子

381 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Asparagine synthetase domain-containing protein

D: Asparagine synthetase domain-containing protein

G: Asparagine synthetase domain-containing protein

I: Asparagine synthetase domain-containing protein

J: Asparagine synthetase domain-containing protein

K: Asparagine synthetase domain-containing protein

M: Asparagine synthetase domain-containing protein

ヘテロ分子

B: Asparagine synthetase domain-containing protein

D: Asparagine synthetase domain-containing protein

G: Asparagine synthetase domain-containing protein

I: Asparagine synthetase domain-containing protein

J: Asparagine synthetase domain-containing protein

K: Asparagine synthetase domain-containing protein

M: Asparagine synthetase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: microscopy
381 kDa, 14 ポリマー
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2

A: Asparagine synthetase domain-containing protein

C: Asparagine synthetase domain-containing protein

E: Asparagine synthetase domain-containing protein

F: Asparagine synthetase domain-containing protein

H: Asparagine synthetase domain-containing protein

L: Asparagine synthetase domain-containing protein

N: Asparagine synthetase domain-containing protein

ヘテロ分子

A: Asparagine synthetase domain-containing protein

C: Asparagine synthetase domain-containing protein

E: Asparagine synthetase domain-containing protein

F: Asparagine synthetase domain-containing protein

H: Asparagine synthetase domain-containing protein

L: Asparagine synthetase domain-containing protein

N: Asparagine synthetase domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
381 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.163, 135.089, 234.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	K-545- HOH
2	1	E-554- HOH

#1: タンパク質	Asparagine synthetase domain-containing protein 分子量: 26137.902 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence reference for Erwinia amylovora (strain ATCC 49946) (716540) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID A0A831ERP2. 由来: (組換発現) Erwinia amylovora ATCC 49946 (バクテリア) 遺伝子: BN437_1047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A831ERP2
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.180 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 7.0 and 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.89 Å / Num. obs: 268269 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.53
反射シェル	解像度: 2.1→2.151 Å / Num. unique obs: 25828 / CC_1/2: 0.692

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→48.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 7.591 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19226	13266	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16595	-	-	-
obs	0.16725	255003	99.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.465 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7 Å²	0 Å²	0.19 Å²
2-	-	0.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→48.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24281	0	896	2451	27628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	25708
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	23995
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.238	1.823	35016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.727	1.747	55140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.272	5	3077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.772	5	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.52	10	4282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	4006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	29516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5834
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.347	1.991	12353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.346	1.991	12353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.13	3.555	15415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.13	3.555	15416
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.744	2.487	13355
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.744	2.487	13355
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.341	4.433	19602
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.894	28.2	30402
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.831	26.18	29705
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.151 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	965	-
R_work	0.266	17373	-
obs	-	-	92.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5268	0.348	0.5778	0.6045	1.0079	1.8551	-0.0581	0.1048	0.1742	-0.1296	-0.0861	0.1483	-0.2338	-0.0363	0.1442	0.1783	0.0342	0.0028	0.1821	-0.1193	0.3307	12.0431	-169.0605	211.4433
2	0.6856	-0.0967	0.1182	1.5893	0.9646	1.0332	0.0082	-0.0884	0.172	-0.0647	-0.0093	0.0607	-0.1142	-0.0055	0.0011	0.0594	0.0103	-0.0178	0.1236	-0.0791	0.1032	5.4214	-207.5737	195.939
3	0.4725	-0.4404	0.2936	1.9209	-0.8483	1.0291	0.0442	0.0148	-0.0795	-0.0845	-0.0047	0.0154	0.169	-0.1585	-0.0395	0.1615	-0.0757	-0.0176	0.1999	-0.0057	0.0676	12.4993	-245.064	213.6126
4	0.5441	-0.2237	-0.0199	2.684	-0.4804	0.5447	-0.024	-0.1069	0.132	0.2199	0.0292	-0.1692	-0.1794	0.0615	-0.0052	0.1673	0.0262	0.0092	0.1318	0.0571	0.1403	40.5284	-184.2186	279.9135
5	1.2901	0.4116	0.4951	1.2547	0.5929	1.577	0.019	0.0977	-0.0427	-0.0238	0.0085	-0.031	0.1122	0.0583	-0.0276	0.0682	-0.0042	-0.0001	0.0492	0.0209	0.0163	41.1747	-226.2391	280.6938
6	0.6397	-0.3789	0.1422	1.0991	-0.7608	1.6311	-0.0839	-0.0984	-0.0567	0.0687	-0.046	-0.1171	-0.1654	0.0239	0.1299	0.1712	0.0217	0.0015	0.0698	-0.0134	0.1776	27.7162	-158.6423	249.0916
7	0.7258	0.2067	0.8215	0.2975	-0.2581	2.0453	0.0287	0.0777	-0.1055	-0.124	-0.0256	-0.0534	0.377	0.0733	-0.0031	0.2933	-0.0244	0.0047	0.1764	-0.0351	0.1364	28.9468	-254.1021	251.6979
8	1.2873	-0.4139	-0.5333	1.2621	0.6764	1.6655	0.0197	-0.1096	0.0545	0.0048	0.0161	-0.0366	-0.1046	0.0599	-0.0358	0.0751	-0.0035	-0.0267	0.0478	0.0174	0.027	-70.0677	-94.0377	306.2975
9	0.3931	0.0954	0.0324	2.5764	-0.5841	0.5444	-0.0469	0.1219	-0.1327	-0.2119	0.0483	-0.1839	0.1899	0.0667	-0.0014	0.168	-0.0277	-0.0374	0.1356	0.0464	0.1575	-70.6365	-136.1019	307.0762
10	0.6641	0.3867	-0.2311	1.1734	-0.68	1.739	-0.0878	0.1003	0.0515	-0.0712	-0.0524	-0.1056	0.152	0.0035	0.1401	0.1656	-0.0256	-0.0305	0.0703	-0.0189	0.1726	-83.6258	-161.517	337.8309
11	0.4926	0.4849	-0.2809	1.7511	-0.8768	0.9569	0.0474	-0.0328	0.0867	0.0782	-0.02	0.01	-0.1811	-0.1551	-0.0273	0.1723	0.0778	-0.0131	0.1983	-0.002	0.0722	-98.6903	-75.1601	373.4052
12	0.7561	0.0716	-0.1432	1.6821	0.9849	1.062	0.0009	0.0975	-0.1847	0.0662	-0.0097	0.0565	0.1143	-0.0075	0.0088	0.0547	-0.0085	-0.0153	0.1205	-0.0767	0.1001	-105.8359	-112.7265	390.9789
13	0.6848	-0.2198	-0.827	0.2587	-0.1795	2.0922	0.0291	-0.0589	0.0874	0.1205	-0.0057	-0.0502	-0.3912	0.0436	-0.0234	0.295	0.0207	-0.0297	0.1727	-0.0252	0.133	-82.4994	-66.3682	335.2585
14	0.53	-0.3978	-0.6644	0.7152	1.0764	2.0458	-0.068	-0.0965	-0.1751	0.1424	-0.0788	0.163	0.2461	-0.0406	0.1469	0.1732	-0.0456	-0.028	0.1768	-0.1252	0.3253	-99.1862	-151.2046	375.5521

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	6 - 302
2	X-RAY DIFFRACTION	2	D	7 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	3	G	6 - 302
4	X-RAY DIFFRACTION	4	I	6 - 302
5	X-RAY DIFFRACTION	5	J	6 - 302
6	X-RAY DIFFRACTION	6	K	6 - 302
7	X-RAY DIFFRACTION	7	M	6 - 302
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	6 - 302
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	7 - 302
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	5 - 302
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	7 - 302
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	6 - 302
13	X-RAY DIFFRACTION	13	L	6 - 302
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	6 - 302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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