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- PDB-9kqb: PSII-FCPII supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kqb
タイトルPSII-FCPII supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII- ...) x 4
  • (Photosystem II ...) x 13
  • Light harvesting protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem II / chlorophyll / light-harvesting complex / energy transfer / LHCII / FCPII / coccolithophore / haptophyte
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chloroplast thylakoid membrane ...thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem II reaction center / photosystem II / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / : / photosynthesis / chloroplast / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II protein D1 ...Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A86 / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE ...Chem-A86 / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein T / Light harvesting protein / Photosystem II protein D1 / H(+)-exporting diphosphatase / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chrysotila roscoffensis (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者La Rocca, R. / Kato, K. / Tsai, P.-C. / Nakajima, Y. / Akita, F. / Shen, J.-R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure of a photosystem II-FCPII supercomplex from a haptophyte reveals a distinct antenna organization.
著者: Romain La Rocca / Koji Kato / Pi-Cheng Tsai / Yoshiki Nakajima / Fusamichi Akita / Jian-Ren Shen /
要旨: Haptophytes are unicellular algae that produce 30 to 50% of biomass in oceans. Among haptophytes, a subset named coccolithophores is characterized by calcified scales. Despite the importance of ...Haptophytes are unicellular algae that produce 30 to 50% of biomass in oceans. Among haptophytes, a subset named coccolithophores is characterized by calcified scales. Despite the importance of coccolithophores in global carbon fixation and CaCO production, their energy conversion system is still poorly known. Here we report a cryo-electron microscopic structure of photosystem II (PSII)-fucoxanthin chlorophyll c-binding protein (FCPII) supercomplex from Chyrostila roscoffensis, a representative of coccolithophores. This complex has two sets of six dimeric and monomeric FCPIIs, with distinct orientations. Interfaces of both FCPII/FCPII and FCPII/core differ from previously reported. We also determine the sequence of Psb36, a subunit previously found in diatoms and red algae. The principal excitation energy transfer (EET) pathways involve mainly 5 FCPIIs, where one FCPII monomer mediates EET to CP47. Our findings provide a solid structural basis for EET and energy dissipation pathways occurring in coccolithophores.
履歴
登録2024年11月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-1)
6: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-5)
7: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-1)
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H (psbH)
I: Photosystem II reaction center protein I (psbI)
J: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-5)
K: Photosystem II reaction center protein K (psbK)
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M (psbM)
N: Photosystem II reaction center protein Psb36
T: Photosystem II reaction center protein T
W: Photosystem II reaction center protein W (psbW)
X: Photosystem II reaction center protein X (psbX)
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H (psbH)
i: Photosystem II reaction center protein I (psbI)
k: Photosystem II reaction center protein K (psbK)
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M (psbM)
n: Photosystem II reaction center protein Psb36
t: Photosystem II reaction center protein T
w: Photosystem II reaction center protein W (psbW)
x: Photosystem II reaction center protein X (psbX)
2: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-2)
8: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-2)
D: Photosystem II D2 protein
d: Photosystem II D2 protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
9: Light harvesting protein
3: Light harvesting protein
4: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-4)
5: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-1)
g: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-1)
G: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)977,752347
ポリマ－741,00042
非ポリマー236,752305
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII- ... , 4種, 10分子 175g6J284G

#1: タンパク質
Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-1)


分子量: 18307.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#2: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-5)


分子量: 18451.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#16: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-2)


分子量: 24920.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#20: タンパク質 Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-4)


分子量: 18438.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)

-
Photosystem II ... , 13種, 26分子 AaBbHhIiKkLlMmNnTtWwXxDdCc

#3: タンパク質 Photosystem II protein D1


分子量: 39588.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物) / 参照: UniProt: A0A7S4BZA9
#4: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56324.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物) / 参照: UniProt: Q4G3C5
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H (psbH)


分子量: 7259.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I (psbI)


分子量: 4461.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K (psbK)


分子量: 4461.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4393.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物) / 参照: UniProt: D9MYJ9
#11: タンパク質 Photosystem II reaction center protein M (psbM)


分子量: 13414.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Psb36


分子量: 3458.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物) / 参照: UniProt: A0A7S4C3N2
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3776.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物) / 参照: UniProt: A0A3S6R2W1
#14: タンパク質 Photosystem II reaction center protein W (psbW)


分子量: 5643.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein X (psbX)


分子量: 3674.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物)
#17: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39143.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物) / 参照: UniProt: Q4G395, photosystem II
#18: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 48733.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物) / 参照: UniProt: A0A075DWU3

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9220.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物) / 参照: UniProt: Q4G380
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4858.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物) / 参照: UniProt: Q4G381

-
タンパク質 , 1種, 2分子 93

#19: タンパク質 Light harvesting protein


分子量: 23662.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chrysotila roscoffensis (真核生物) / 参照: UniProt: A0A7S4BJL5

-
糖 , 2種, 17分子

#29: 糖
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#30: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 14種, 469分子

#21: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物...
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物...
ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1


分子量: 610.941 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#25: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#34: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#35: 化合物 ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem II (PSII)-fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII) supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
タイプ: COMPLEX
詳細: PSII-FCPII supercomplex containing two sets of 6 symmetrical FCPII.
Entity ID: #5-#11, #13-#15 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
250 mMsodium chlorideNaCl1
30.05 %n-Dodecyl alpha-maltosidealpha-DDM1
試料濃度: 1.53 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K / 詳細: Light was turned off during the blot.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称
1PHENIX
2EPU
3cryoSPARC
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38582 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 12 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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